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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
19/12/2018 |
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Data da última atualização: |
07/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
MAZONI, I. |
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Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA. |
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Título: |
Análise do nano-ambiente propício para nucleação e manutenção dos elementos da estrutura secundária no contexto estrutural das proteínas funcionais. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
2018. |
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Páginas: |
220 p. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas. Orientador: Goran Neshich. |
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Conteúdo: |
As proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se desses alinhamentos os dados referentes aos descritores físico-químicos e estruturais que descrevem o nano-ambiente onde se insere o EES. Esse processo foi usado na busca dos "sinais". Este trabalho descreve como os dados contidos nesses Datamarts foram selecionados, preparados, analisados e interpretados. Baseado nos resultados obtidos, concluímos que o nano-ambiente pode ser descrito não por um descritor, mas por um conjunto de descritores, e que essa descrição varia de acordo com o EES estudado. Isso diferencia o nano-ambiente do restante da proteína, e não apenas entre os diferentes tipos de EES. MenosAs proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Alpha-helical; Análise multivariada; Beta-strand; Bioinformática; Conformação proteica em alfa-hélice; Conformação proteica em folha beta; Estrutura proteica. |
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Thesagro: |
Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Multivariate analysis; Protein conformation; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aAs proteínas exercem um papel vital na manutenção da vida. Entre as diversas funções que as proteínas têm, destacam-se, por exemplo: proteínas estruturais, de transporte, proteção e defesa, controle e regulação de expressão, catálise, movimento e armazenamento. Para um entendimento melhor da relação entre a sequência de aminoácidos de uma proteína, sua estrutura tridimensional e a função desempenhada por ela, foi proposta a análise do nanoambiente proteico onde os EES ?-hélice, folha-?; e turn estão inseridos. A hipótese que motivou essa abordagem é a existência de um sinal, ou seja, uma variação nos valores dos descritores físico-químicos e estruturais que distinguem o local específico onde determinado EES está inserido no arcabouço da proteína inteira. Entender como são formados os EES abrirá o caminho para compreendermos como as proteínas assumem sua estrutura final, e consequentemente, sua função. Neste trabalho utilizamos o STING_RDB , uma base de dados única no mundo, que reúne em um único repositório mais de 1500 descritores físico-químicos e estruturais de todos os resíduos de aminoácidos para cada cadeia de todas as estruturas proteicas depositadas no PDB (Protein Data Bank). As estruturas armazenadas no STING_RDB foram separadas em diferentes Datamarts, que são porções extraídas desta base de dados após uma seleção rígida. As estruturas selecionadas e guardadas nesses Datamarts foram então alinhadas posicionalmente pelo respectivo EES, e posteriormente extraíram-se desses alinhamentos os dados referentes aos descritores físico-químicos e estruturais que descrevem o nano-ambiente onde se insere o EES. Esse processo foi usado na busca dos "sinais". Este trabalho descreve como os dados contidos nesses Datamarts foram selecionados, preparados, analisados e interpretados. Baseado nos resultados obtidos, concluímos que o nano-ambiente pode ser descrito não por um descritor, mas por um conjunto de descritores, e que essa descrição varia de acordo com o EES estudado. Isso diferencia o nano-ambiente do restante da proteína, e não apenas entre os diferentes tipos de EES.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Registro |
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| Registros recuperados : 15 | |
| 3. |  | BORGES FILHO, R. da C.; STURZA, V. S.; NAVA, D. E.; GUEDES, J. V. C. Bioecologia e Manejo de Pragas. In: SILVA, S. D. dos A. e; MONTERO, C. R. S.; SANTOS, R. C. dos.; NAVA, D. E.; GOMES, C. B.; ALMEIDA, I. R. de (Ed.). Sistema de produção de cana-de-açúcar no Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2016. 247 p. (Embrapa Clima Temperado. Sistemas de produção, 23.) p. 75-97| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 4. | | BORGES FILHO, R. da C.; ZANARDI, O. Z.; NAVA, D. E.; POLANCZYK, R. A.; PRATISSOLI, D. Desenvolvimento ninfal de Pachycoris torridus (Scopoli, 1772) (Hemiptera: scutelleridae) em diferentes hospedeiros. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 5. | | BORGES FILHO, R. DA C.; SMANIOTTO, G.; BORGES, J. L. F.; CUNHA, U. S. DA; NAVA, D. E. Levantamento das principais pragas e inimigos naturais na cultura da cana-de-açúcar, no município de salto do Jacuí, RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA - RS, 5.; ENCONTRO DE ENERGIAS RENOVÁVEIS NA AGRICULTURA FAMILIAR, 2., Pelotas, 2014. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2014. 1 pen card.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 6. | | BORGES FILHO, R. da C.; NAVA, D. E.; PRATISSOLI, D.; POLANCZYK, R. A.; MARANGON, R. B.; LOIÁCONO, M. Biology of Telenomus pachycoris (Hymenoptera: Scelionidae), a parasitoid of eggs of Pachycoris torridus (Hemiptera: Scutelleridae): the effects of egg age, exposure time, and temperature. Florida Entomologist, v. 100, n. 2, p. 375-379, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | STURZA, V. S.; BORGES FILHO, R. da C.; ESPINELLI, M. G. da C.; NEITZKE, C. G.; NAVA, D. E. Densidade populacional de predadores em cultivo comercial de cana-de-açúcar, em Salto do Jacuí, RS. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 15., 2017, Ribeirão Preto, SP. Os novos desafios do controle. [Ribeirão Preto]: SEB; Unesp, 2017.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | ZANARDI, O. Z.; NAVA, D. E.; BORGES FILHO, R. da C.; VERÍSSIMO, M. A. A.; SILVA, S. D. dos A. e; MACHOTA JUNIOR, R. Identificação e caracterização da época de ocorrência dos principais Artrópodes-praga do pinhão-manso no município de Pelotas, RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | MONTE, F. G.; BORGES FILHO, R. da C. B.; HUBNER, L. K.; NAVA, D. E.; MELO, M.; MARANGON, R. B.; SILVA, S. D. dos A. e. Infestação de Diatraea saccharalis em cana-de-açúcar nas safras agrícolas de 2007/08, 2008/09 e 2009/10. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA ANUAL DE AGROENERGIA, 3.; REUNIÃO TÉCNICA DA MANDIOCA, 10.; REUNIÃO TÉCNICA DA BATATA-DOCE, 2., Pelotas, 2010. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva, Ivan Rodrigues de Almeida e Ana Cláudia Barneche de Oliveira. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | ZIMMER, V.; MARANGON, R. B.; NAVA, D. E.; SILVA, S. D. dos A. e; BORGES FILHO, R. da C.; NÖRNBERG, S. D. Infestação de diatraea saccharalis (fabr., 1794) (lepidoptera: crambidae) em cana-de-açúcar no período de 2007 a 2012 no município de Pelotas-RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, AMRIGS: Porto Alegre. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva Ivan Rodrigues de Almeida.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 12. | | MARANGON, R. B.; ZIMMER, V.; NAVA, D. E.; GUEDES, J. V. C.; SILVA, S. D. dos A. e; BORGES FILHO, R. da C. Indíce de infestação de Diatraea saccharalis (fabr., 1794) (lep.: crambidae) em cana-de-açúcar nos municípios de Santa Rosa e salto do Jacuí, RS. In: SIMPÓSIO ESTADUAL DE AGROENERGIA, 4.; REUNIÃO TÉCNICA DE AGROENERGIA, 4., 2012, AMRIGS: Porto Alegre. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. Organizado por Sérgio Delmar dos Anjos e Silva Ivan Rodrigues de Almeida.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 13. | | BORGES FILHO, R. da C.; STURZA, V. S.; BERNARDI, D.; CUNHA, U. S. da; PINTO, A. S.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Population dynamics of pests and natural enemies on sugar cane grown in a subtropical region of Brazil. Florida Entomologist, v. 102, n. 3, p. 526-530, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 14. | | BORGES FILHO, R. da C.; PRATISSOLI, D. P.; NAVA, D. E.; MONTE, F. G.; GUIDONI, A. L.; SILVA, S. D. dos A. e; POLANCZYK, R. A. Development of Pachycoris torridus (Hemiptera: Scutelleridae) on Jatropha curcas (Euphorbiaceae), Psidium cattleianum (Myrtaceae) and Aleurites fordii (Euphorbiaceae). Florida Entomologist, v. 96, n. 3, p. 1149-1157, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 15. | | ZIMMES, V.; BORGES FILHO, R da C.; MONTE, F. G.; GUIDONI, A. L.; SILVA, S. D. dos A. e; NAVA, D. E. Tabela de vida de fertilidade de pachycoris torridus (hemiptera: scutelleridae) em pinhão-manso, araçá e tungue. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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