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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte; Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
29/08/2024 |
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Data da última atualização: |
07/01/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BITTENCOURT, A.; EGITO, A. A. do; SUNIGA, P. A. P.; SANTIAGO, G. G.; SANTOS, R. M. dos; CARDOSO, E. P.; VERARDO, L. L.; SILVA, M. V. G. B.; TORAL, F. L. B. |
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Afiliação: |
ANGELA BITTENCOURT, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; PAULA ADAS PEREIRA SUNIGA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; GUSTAVO GARCIA SANTIAGO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO MATO GROSSO DO SUL; RAFAEL MONTEIRO DOS SANTOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS; EDUARDO PENTEADO CARDOSO, FAZENDA MUNDO NOVO; LUCAS LIMA VERARDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIO LUIZ BURANELO TORAL, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS. |
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Título: |
Genome-wide assessment of runs of homozygosity to estimate inbreeding in a closed Nellore herd. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 288, 105547, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.livsci.2024.105547 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a candidate gene (HTR1A) for docility in this Nellore herd. MenosThe objective of this study was to compare the inbreeding coefficients estimated from pedigree data (FPED), traditionally used for internal monitoring by herds and breeding programs, with genomic estimates through the genomic relationship matrix (FGRM) and runs of homozygosity (FROH). Besides, we used the genotype data to obtain the linkage disequilibrium (LD), population effective size (Ne), runs of homozygosity (ROH) islands and functional analysis of the genes presented in ROH islands. Male calves and sires from a closed Nellore herd (Lemgruber line) were genotyped with the Z-chip v2 (Neogen, Lincoln, Nebraska, USA) that contains approximately 30 thousand SNP markers. After quality control, 1088 animals and 21,351 SNPs remained for analysis. Runs of homozygosity (ROH) segments were identified in all analyzed animals, with an average number of 57.93 and average length of 2.95 Mb. We observed a higher occurrence of ROH up to 9 Mb, suggesting a proper mating scheme, which corroborate with LD and Ne analysis results. Estimates of FPED, FGRM and FROH ranged from 0 to 0.2856, from 0.0705 to 0.3686 and from 0.0229 to 0.2762, respectively. Low to moderate correlations were observed between FPED and FGRM (0.17, P < 0.001); FPED and FROH (0.20, P < 0.001) and FGRM and FROH (0.92, P < 0.001). Nevertheless, considering our results we were successful in use runs of homozygosity for estimating autozygosity in a closed Nellore herd. Besides, from ROH islands, we were able to identify a ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Autozygosity; Inbreeding coefficients; Inbreeding Genomic; SNP. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bovino. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
null
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 25 | |
| 1. |  | ARAUJO, C. R. de. Caatinga: conhecer para preservar. Portal Dia de Campo. Disponível em: <http://www.diadecampo.com.br/zpublisher/materias/Materia.asp?id=28226&secao=Artigos%20Especiais>. Acesso em: 25 abr. 2013.| Tipo: Artigo de Divulgação na Mídia |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 5. | | AZEVEDO, S. G. de; PIRAUX, M.; ARAÚJO, C. R. de. O papel e os desafios do fórum no enfoque de desenvolvimento territorial: a experiência de Acauã. In: MENEZES, A. H. N.; ARAÚJO, C. R. de; SOUZA, C. M. de; OLIVEIRA, L. M. S. R. de; OLIVEIRA, L. S. de; PIRAUX, M.; RAMOS, P. R.; AZEVEDO, S. G. de. Formação de agentes de desenvolvimento sustentável: diálogos entre o fazer técnico e o saber humanista. Juazeiro, BA: Franciscana; Petrolina: Embrapa Semi-Árido: CIRAD: UNIVASF, 2007. cap. 1, p. 10-48.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 9. | | QUEIROZ, D. L. de; TAVARES, W. de S.; ARAUJO, C. R. de; BURCKHARDT, D. New country, Brazilian states and host records of the eucalypt shoot psyllid Blastopsylla occidentalis Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 38, e201701533, 2018. 4 p. Novos registros de países, estados brasileiros e hospedeiros para o psilídeo das ponteiras do eucalipto Blastopsylla occidentalis. Pesquisa Florestal Brasileira, Colombo, v. 38, e201701533, 2018. 4 p. Pesquisa Florestal Brasileira, v. 38,...| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 11. | | SILVA, E. A.; PESSOA, R.; NAIS, J.; ARAÚJO, C. R. de; BUSOLI, A. C. Parasitismo natural de ovos de Alabama argillacea por Trichogramma pretiosum na variedade NuOPAL (BOLLGARD I) e em outras variedades comerciais de algodoeiro na região de Chapadão do Sul, MS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 6., 2007, Uberlândia. Resumos... Uberlândia, 2007. p. 1-6 1 CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 14. | | SILVA, A. de C.; ARAUJO, C. R. de; VÁZQUES, L. L. Oleraceous. In: SOUZA, B.; VÁZQUES, L. .; MARUCCI, R. C. ( Eds.). Natural enemies of insect pests in neotropical agroecosystems: biological control and functional biodiversity. London: Cham, Switzerland, 2019. p.341-354 Chapter 28.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 16. | | TONNEAU, J.-P.; PIRAUX, M.; COUDEL, E.; SILVA, P. C. G. da; AZEVEDO, S. G. de; ARAÚJO, C. R. de. Dificeis inovações territóriais: uma experiência de articulação e construção de competências no Território do Alto Sertão do Piauí e de Pernambuco. In: NASCIMENTO, P. P.; SICOLI, A. H.; MARTINS, M. A. G.; BALSADI, O. V.; SILVA JÚNIOR, C. D. da. (Ed.). Inovações em desenvolvimento territorial: novos desafios para a Embrapa. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica: Embrapa Departamento de Transferência de Tecnologia, 2011. p. 343-361.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 18. | | RODRIGUES, R. A.; OLIVEIRA, L. T. S.; SILVA, V. K.; KIMPARA, J. M.; ARAUJO, C. R. de. Efeito do uso de farinha de feijão-caupi no desenvolvimento e reprodução de Tenebrio molitor (L.) (Coleoptera: Tenebrionidae). In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 3., 2017, Teresina, PI. Anais da III Jornada Científica da Embrapa Meio-Norte. Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2017. p. 52.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 19. | | ARAUJO, C. R. de; TEODORO, M. S.; TAVARES, A. A.; ARAUJO, A. de M.; SILVA, G. N. Formigas (Hymenoptera, Formicidae) associadas à cobertura de solo com adubos verdes. Cadernos de Agroecologia, v. 11, n. 2, p. 1-8, 2016. Edição dos Anais do 2º Seminário internacional de Agroecologia da América do Sul; 1º Jornada Internacional de Educação do Campo; 6º Seminário de Agroecologia de Mato Grosso do Sul; 5º Encontro de produtores agroecológicos de mato grosso...| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 20. | | MOURA NETO, J. B. de; MOREIRA, J. N.; AZEVEDO, S. G. de; ARAÚJO, C. R. de; FRANÇA, C. A. de. Avaliação econômica e de desempenho de quatro rações utilizadas na engorda de ovinos para o semi-arido. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 5.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 11.; SIMPÓSIO SERGIPANO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 1., 2008, Aracaju. Anais... Aracaju: Sociedade Nordestina de Produção Animal; Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2008. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| Registros recuperados : 25 | |
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