BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Agrobiologia.
Data corrente:  27/12/2017
Data da última atualização:  03/01/2018
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  POLESE, V.; SOARES, C. de P.; SILVA, P. R. A. da; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S.
Afiliação:  VALÉRIA POLESE, UFRRJ; LEITON DE PAULA SOARES, UFRRJ; PAULA RENATA ALVES DA SILVA, UFRRJ; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB.
Título:  Selection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103.
Ano de publicação:  2017
Fonte/Imprenta:  Antonie van Leeuwenhoekv, 110, n. 12, p. 1555-1568, 2017.
ISSN:  1572-9699
DOI:  https://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Toget... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Internal normalizing; Organic acids; Relative expression; Sugar transport.
Thesaurus Nal:  nitrogen fixation.
Categoria do assunto:  S Ciências Biológicas
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agrobiologia (CNPAB)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPAB40665 - 1UPCAP - DD2017.001612017.00161
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Registros recuperados : 14
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1.Imagem marcado/desmarcadoRICCI, M. S. F.; MENEZES, M. B.; COSTA, J. R. Influência do sombreamento de cafeeiros manejados em sistema orgânico na região serrana do estado do Rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SISTEMAS AGROFLORESTAIS, 7., 22 a 26 de junho de 2009, Luziânia, Goiás. [ Anais...]Goiânia: Sociedade Brasileira de Sistemas Agroflorestais, 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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2.Imagem marcado/desmarcadoRICCI, M. S. F.; RODRIGUES, M. B.; COSTA, J. R. Influência do sombreamento de cafeeiros manejados em sistema orgânico na região serrana do Estado do Rio de Janeiro. Seropécia: Embrapa Agrobiologia, 2009. Trabalho apresentado no VII Congresso Brasileiro de Sistemas Agroflorestais, realizado em Brasília de 22 a 26 de junho de 2009.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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3.Imagem marcado/desmarcadoSAGGIN-JÚNIOR, O. J.; MIRANDA, S. C. de; RICCI, M. S. F. Avaliação da micorrização de mudas de cafeeiros em substratos orgânicos alternativos para tubetes. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2002. 1 p. Trabalho apresentado FERTBIO 2002, Rio de Janeiro/RJ, 2002.
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, L. E.; JUCKSCH, I.; RICCI, M. S. F.; ALVAREZ V, V. H. Comparação de diferentes metodos de determinação de carbono orgânico em amostras de solos. R. Brasileira de Ciências do Solo, Campinas, v. 15, n. 2, p. 157-162, 1991.
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, F. F. de; RICCI, M. S. F.; ALVES, B. J. R.; MIRANDA, S. C. de. Influência da adubação verde sobre o crescimento, Estado nutricional e produtividade do café cultivado em sistema orgânico de produção. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2003. 6 p.
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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6.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, F. F. de; RICCI, M. S. F.; ALVES, B. J. R.; MIRANDA, S. C. de. Influência da adubação verde sobre o crescimento, estado nutricional e produtividade do café cultivado em sistema orgânico de produção. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 29., 2003, Ribeirão Preto. Resumos... Botucatu: SBCS, 2003. 4 p.
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoVIANA, A. J. S.; RICCI, M. S. F.; ROWS, J. R. C. Produção de biomassa e ciclagem de nutrientes pela vegetação espontânea em áreas sob cultivo de café orgânico. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 7., 2007, Seropédica, RJ. Resumos... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 1 CD-ROM. Parceria: UFRRJ
Tipo: Resumo em Anais de CongressoCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoCAMPOS, M. E. S.; RODRIGUES, M. B.; RICCI, M. S. F.; GUERRA, J. G. M.; RIBEIRO, R. L. D. Controle de broca da batata doce cultivada sob manejo orgânico por meio do uso de cobertura plástica In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009 01 01
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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9.Imagem marcado/desmarcadoRESENDE, A. L. S.; OLIVEIRA, R. J.; CAMPOS, M. E. S. L.; SOUZA, B.; RICCI, M. S. F.; AGUIAR-MENEZES, E.L. Abundância de crisopídeos em sistema orgânico de café com diferentes níveis de diversificação vegetal. Rio de Janeiro: Embrapa Agrobiologia, 2009.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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10.Imagem marcado/desmarcadoRICCI, M. S. F.; ALMEIDA, F. M. F. D.; GUERRA, J. G. M.; GOCHETO JUNIOR, D. G.; RIBEIRO, R. L. D. Cultivo orgânico de cultivares de cebola nas condições da Baixada Fluminense. Horticultura Brasileira, Brasília, DF v. 32, n. 1, p. 120-124, jan./mar. 2014.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: B - 1
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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11.Imagem marcado/desmarcadoCAMPOS, M. E. S. L.; OLIVEIRA, R. J.; RESENDE, A. L. S.; SOUZA, B.; RICCI, M. S. F.; AGUIAR-MENEZES, E.L. Eficiência de dois métodos de amostragem de chrysopidae em cultivo orgânico de café. Rio de Janeiro: Embrapa Agrobiologia, 2009.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoFREITAS-SILVA, O.; OLIVEIRA, T. Q.; CUNHA, F. Q.; SOUZA, M. L. M.; GODOY, R. L. O.; RICCI, M. S. F. Quality of shaded and unshaded organic coffee: presence of fungi, ochratoxin A and caffeine content. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas. Programme. Abstracts. Lausanne: Association for Science and Information on Coffee, 2008. p. 122, PC752.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos.
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13.Imagem marcado/desmarcadoAGUIAR-MENEZES, E. de L.; SOUZA, S. A. S.; SANTOS, C. M. A.; RESENDE, A. L. S.; CAMPOS, J. M.; LIXA, A. T.; COSTA, J. R.; RICCI, M. S. F. Ocorrência de parasitóides de moscas-das-frutas (Diptera: tephritoidea) em seis cultivares de café Arábica sob manejo orgânico arborizado e a pleno sol. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2007. 4 p. Parceria: UFRRJ. Trabalho apresentado no SICONBIOL, Brasília/DF, 30/06 a 04/07/2007.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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14.Imagem marcado/desmarcadoAGUIAR-MENEZES, E. de L.; SOUZA, S. A. S.; SANTOS, C. M. A. dos; RESENDE, A. L. dos S.; CAMPOS, J. M.; LIXA, A. T.; COSTA, J. R.; RICCI, M. S. F. Ocorrência de parasitóides de moscas-das-frutas (Diptera: Tephritoidea) em seis cultivares de café arábica sob manejo orgânico arborizado e a pleno sol. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. 1 p. 1 CD-ROM. SICONBIOL. Parceria: UFRRJ
Tipo: Resumo em Anais de CongressoCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia.
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