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| Registros recuperados : 241 | |
| 201. |  | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 202. | | GOUVEIA, G. V.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, oct. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 203. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518?524, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 204. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, nov. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 205. | | PAPINE, J. M.; VIEIRA, M. S.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos. Structural analysis of proplasmepsin from the human malarial pathogen plasmodium vivax In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-34. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgar H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 206. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.; RODRIGUES, D. N.; SOUZA, K. R. R.; MORITA, D. U.; ALMEIDA, G. V.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. STING database quality assessment. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-33. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 207. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 132. Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 208. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, p. 1-9, 2004. Na publicação: Paula R Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 209. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 210. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 211. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 212. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Uma metodologia para seleção de parâmetros em modelos de classificação de proteínas. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 18 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Boletim de pesquisa e desenvolvimento, 14).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 213. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 214. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 80-81, 2017. Edição dos abstracts do Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 215. | | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 216. | | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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| 217. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 218. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 219. | | SOUSA, T. F.; ARAÚJO JÚNIOR, M. B. de; PERES, E. G.; SOUZA, M. P.; SILVA, F. M. A. da; MEDEIROS, L. S. de; SOUZA, A. D. L. de; SOUZA, A. Q. L. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; KOOLEN, H. H. F.; QUEIROZ, M. V. de. Discovery of dual PKS involved in sclerotiorin biosynthesis in Penicillium meliponae using genome mining and gene knockout. Archives of Microbiology, v. 205, n. 2, 75, Feb. 2023.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 220. | | PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; ANDRADE. L. G.; GUEDES, E.; MCMANUS, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; LOBO, R. N. B.; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Development of a low density SNP panel for parentage and traceability testing in brazilian sheep breeds for optimization of breeding and conservation programs. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| Registros recuperados : 241 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
03/08/2005 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Autoria: |
NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. |
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Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; WALTER ROCCHIA, NEST-INFM; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; RENATO FILETO; CHRISTIAN BAUDET; IVAN P. PINTO; ARNALDO J. MONTAGNER; JULIANA F. PALANDRANI; JOÃO N. KRAUCHENCO; RENATO C. TORRES; SAVIO SOUZA; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
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Título: |
Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Java Protein Dossier (JPD) is a new concept, database and visualization tool providing one of the largest collections of the physicochemical parameters describing proteins´structure, stability, function and interaction with other macromolecules. By collecting as many descriptors/parameters as possible within a single database, we can achieve a better use of the available data and information. Furthermore, data grouping allows us to generate different parameters with the potential to provide new insights into the sequence-structure-function relationship. In JPD, residue selection can be performed according to multiple criteria. JPD can simultaneously display and analyze all the physicochemical parameters of any pair of structures, using precalculated structural alignments, allowing direct parameter comparison at corresponding amino acid positions among homologous structures. In order to focus on the physicochemical (and consequently pharmacological) profile of proteins, visualization tools (showing the structure and structural parameters) also had to be optimized. Our response to this challenge was the use of Java technology with its exceptional level of interactivity. |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados; Estrutura proteica; Java. |
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Thesagro: |
Proteina. |
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Thesaurus NAL: |
Databases; Protein structure. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02185naa a2200361 a 4500
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100 1 $aNESHICH, G.
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260 $c2004
520 $aJava Protein Dossier (JPD) is a new concept, database and visualization tool providing one of the largest collections of the physicochemical parameters describing proteins´structure, stability, function and interaction with other macromolecules. By collecting as many descriptors/parameters as possible within a single database, we can achieve a better use of the available data and information. Furthermore, data grouping allows us to generate different parameters with the potential to provide new insights into the sequence-structure-function relationship. In JPD, residue selection can be performed according to multiple criteria. JPD can simultaneously display and analyze all the physicochemical parameters of any pair of structures, using precalculated structural alignments, allowing direct parameter comparison at corresponding amino acid positions among homologous structures. In order to focus on the physicochemical (and consequently pharmacological) profile of proteins, visualization tools (showing the structure and structural parameters) also had to be optimized. Our response to this challenge was the use of Java technology with its exceptional level of interactivity.
650 $aDatabases
650 $aProtein structure
650 $aProteina
653 $aBanco de dados
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653 $aJava
700 1 $aROCCHIA, W.
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700 1 $aHIGA, R. H.
773 $tNucleic Acids Research$gv. 32, W595-W601, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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