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| Registros recuperados : 241 | |
| 201. |  | PAPINE, J. M.; VIEIRA, M. S.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos. Structural analysis of proplasmepsin from the human malarial pathogen plasmodium vivax In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-34. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgar H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 202. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.; RODRIGUES, D. N.; SOUZA, K. R. R.; MORITA, D. U.; ALMEIDA, G. V.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G. STING database quality assessment. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-33. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 203. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 132. Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 204. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; FALCÃO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, p. 1-9, 2004. Na publicação: Paula R Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 205. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 206. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 207. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 208. | | LOBO, I. K. C.; NASCIMENTO, A. R. do; YAMAGISHI, M. E. B.; GUIGUEN, Y.; SILVA, G. F. da; SEVERAC, D.; AMARAL, A. da C.; REIS, V. R.; O'SULLIVAN, F. L. A. Transcriptome of tambaqui Colossoma macropomum during gonad differentiation: different molecular signals leading to sex identity. Genomics, v. 112, n. 3, p. 2478-2488, May 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 209. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 210. | | GOUVEIA, G. V.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, oct. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 211. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518?524, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 212. | | VENERONI-GOUVEIA, G.; MEIRELLES, S. L.; GROSSI, D. A.; SANTIAGO, A. C.; SONSTEGARD, T. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; MATUKUMALLI, L. K.; COUTINHO, L. L.; ALENCAR, M. M. de; OLIVEIRA, H. N.; REGITANO, L. C. de A. Whole-genome analysis for backfat thickness in a tropically adapted, composite cattle breed from Brazil. Animal Genetics, v. 43, n. 5, p. 518-524, nov. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 213. | | GOUVEIA, J. J. de S.; PAIVA, S. R.; MCMANUS, C. M.; CAETANO, A. R.; KIJAS, J. W.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAUJO, A. M. de; SOUZA, C. J. H. de; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; LOBO, R. N. B.; OLIVEIRA, S. M. P. de; SILVA, M. V. G. B. Genome-wide search for signatures of selection in three major Brazilian locally adapted sheep breeds. Livestock Science, n. 197, p. 36-45, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 214. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 215. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 216. | | PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; ANDRADE. L. G.; GUEDES, E.; MCMANUS, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; LOBO, R. N. B.; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Development of a low density SNP panel for parentage and traceability testing in brazilian sheep breeds for optimization of breeding and conservation programs. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 217. | | NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 218. | | SOUSA, T. F.; ARAÚJO JÚNIOR, M. B. de; PERES, E. G.; SOUZA, M. P.; SILVA, F. M. A. da; MEDEIROS, L. S. de; SOUZA, A. D. L. de; SOUZA, A. Q. L. de S.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; KOOLEN, H. H. F.; QUEIROZ, M. V. de. Discovery of dual PKS involved in sclerotiorin biosynthesis in Penicillium meliponae using genome mining and gene knockout. Archives of Microbiology, v. 205, n. 2, 75, Feb. 2023.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 219. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 220. | | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 241 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/04/2006 |
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Data da última atualização: |
27/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. |
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Afiliação: |
GORAN NESIC, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; FABIO DANILO VIEIRA, CNPTIA; SERGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPM; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA. |
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Título: |
What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 149. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters. |
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Conteúdo: |
We describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Descritores. |
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Thesagro: |
Aminoácido. |
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Thesaurus NAL: |
Amino acids; Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 02526nam a2200313 a 4500
001 1008738
005 2024-02-27
008 2005 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aNESHICH, G.
245 $aWhat makes the active site amino acids so different from the others$bdefining the structural descriptors specific for activity.$h[electronic resource]
260 $aIn: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional$c2005
300 $ap. 149.
500 $aNa publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.
520 $aWe describe in this paper some of the new features available in Diamond STING Suite. Also, we emphasize here the main difference which continues to work in favor of the STING and separates it from the other servers belonging to this category also available on the Internet - the capability to present the largest number of descriptors for the sequence, structure, function, stability and binding in a concise and visually compelling way, as well as the capability to select/focus for/at those residues which satisfy a user defined parameter/descriptor values. This feature allows that some very interesting and important questions can be answered, such as: Is there a set of parameters (protein structure descriptors) which can define UNIQUELY an amino acid ensemble coinciding with the active site of a given protein or coinciding with amino acids identified experimentally as crucial for the folding / stability. We present here an example where by combining selected ranges for a number of structure parameters we have obtained at the end of a Select procedure an ensemble of which coincides with the critical residues identified experimentally as the activity essential residues for number of protein families. The Select procedure used only few parameters and their numerical values/regions to achieve this objective.
650 $aAmino acids
650 $aBioinformatics
650 $aAminoácido
653 $aBioinformática
653 $aDescritores
700 1 $aFALCAO, P. R. K.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aOLIVEIRA, S. R. de M.
700 1 $aMAZONI, I.
700 1 $aSANTOS, E. H. dos
700 1 $aVIEIRA, F. D.
700 1 $aCRUZ, S. A. B. da
700 1 $aMANCINI, A. L.
700 1 $aJARDINE, J. G.
700 1 $aHIGA, R. H.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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