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| Registros recuperados : 241 | |
| 82. |  | COSTA, J. L. C.; OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, G. A. F.; SILVA, A. dos S.; YAMAGISHI, M. E. B. Minissatélites: novas ferramentas moleculares para o mamoeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. pdf 915| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 83. | | ARBEX, W. A.; CARVALHO, L. A. V. de; SILVA, M. V. G. B.; YAMAGISHI, M. E. B. Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 7., 2009, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: UFV, 2009. Não paginado. SBIAgro 2009. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 87. | | LOBO, I.; NASCIMENTO, A.; YAMAGISHI, M. E. B.; GUIGUEN, Y.; SILVA, G. F.; O'SULLIVAN, F. L. A. The tambaqui (Colossoma macropomum) transcriptome at sex differentiation stage. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 90. Na publicação: Yamagishi, M., Almeida, F. L. ISRPF 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 88. | | GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A. Transcriptional networks reconstruction: identification of genes involved on cattle response to tick Rhipicephalus (Boophilus) microplus infestation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 154. Na publicação: Regitano, L.C.A. X-meeting 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 91. | | QUEIROS, L. R.; VISOLI, M. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; IDE, F. H.; VACARI, I.; SANTOS, A. D. dos; COSTA, I. R. S.; BENITO, N. P. Alelo - Gestor Integrado de Recursos Genéticos - Processo Análise Quarentenária de Germoplasma Vegetal (planejamento, acompanhamento e finalização). Versão 0.32. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 96. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 97. | | BAIA, F. L.; CANIATO, F. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; ZERLOTINI NETO, A.; QUEIROZ, C. A. de; SILVA, G. F. da. Análise comparativa de genes efetores com base no genoma completo de Pseudopestalotiopsis theae e Pseudopestalotiopsis gilvanii. In: SIMPÓSIO DE BIOTECNOLOGIA DA UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS, 1., 2022, Manaus. Anais [recurso eletrônico]: resumos expandidos. Manaus: EDUA, 2022. p. 15.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 98. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 77). Na publicação: Goran Neshich.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 99. | | NARCISO, M. G.; NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer usando o software Sting. In: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT, 2006. p. 166-175. COMPSULMT 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 100. | | KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 241 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
09/01/2020 |
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Data da última atualização: |
09/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
PATRICIA IANELLA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen. |
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Título: |
Tambaqui (Colossoma macropomum) single nucleotide polymorphism discovery by reduced representation library deep sequencing. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
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Páginas: |
p. 491. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native freshwater fish farmed in Brazil. Production and supply chains are consistently growing, while current yearly production levels of this species exceed 200.000mt. Recent efforts of our research team have produced a draft genome sequence for this species. Here we describe results from SNP discovery efforts using deep sequencing of reduced representation libraries (RRLs) of varying fragment sizes. Ten micrograms of bulked DNA samples from 63 unrelated fish (males and females) were completely digested with HaeIII. Fragments between 400?500bp; 500?650 bp; and 650?850bp representing around 12% of the tambaqui genome were sequenced with a depth of >100x. Nearly 720 million reads (2x150bp) were generated with a HiSeq2000 using TruSeq v3 chemistry, 2.444.604 putative SNPs were identified and their allele frequencies estimated. A total of 2.011.219 SNPs were observed with read depths RD>150 and minor allele frequencies >0.05 (Fig. 1). This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. These results can affect the use of genomic tools in broodstock management, assisted genetic evaluations and breeding for tambaqui. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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001 2118463
005 2020-01-09
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300 $ap. 491.
520 $aTambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native freshwater fish farmed in Brazil. Production and supply chains are consistently growing, while current yearly production levels of this species exceed 200.000mt. Recent efforts of our research team have produced a draft genome sequence for this species. Here we describe results from SNP discovery efforts using deep sequencing of reduced representation libraries (RRLs) of varying fragment sizes. Ten micrograms of bulked DNA samples from 63 unrelated fish (males and females) were completely digested with HaeIII. Fragments between 400?500bp; 500?650 bp; and 650?850bp representing around 12% of the tambaqui genome were sequenced with a depth of >100x. Nearly 720 million reads (2x150bp) were generated with a HiSeq2000 using TruSeq v3 chemistry, 2.444.604 putative SNPs were identified and their allele frequencies estimated. A total of 2.011.219 SNPs were observed with read depths RD>150 and minor allele frequencies >0.05 (Fig. 1). This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. These results can affect the use of genomic tools in broodstock management, assisted genetic evaluations and breeding for tambaqui.
650 $aBioinformatics
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aColossoma Macropomum
650 $aTambaqui
653 $aBioinformática
653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aVARELA, E. S.
700 1 $aVILLELA, L. C. V.
700 1 $aPAIVA, S. R.
700 1 $aCAETANO, A. R.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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