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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 2. |  | WEBER, F.; MOREIRA, J. U. V.; PIPOLO, A. E. BRS 313 [Tieta]: indicação de cultivo como ferramenta para manejo de mofo branco no oeste da Bahia. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 262-264. Editado por Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 3. | | ABUD, S.; SILVA NETO, S. P. da; MELO, R. A. de C. e; MOREIRA, C. T.; CORTE, J. L. D.; WEBER, F. Eficiência de fungicidas no controle da ferrugem asiática da soja - safra 2010/2011. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 179-181.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 4. | | WEBER, F. de L.; WEBER, V. A. de M; MORAES, P. H. de; MATSUBARA, E. T.; PAIVA, D. M. B.; GOMES, M. de N. B.; OLIVEIRA, L. O. F. de; MEDEIROS, S. R. de; CAGNIN, M. I. Counting cattle in UAV images using convolutional neural network. Remote Sensing Applications: Society and Environment, v. 29, article 100900, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | WEBER, F. de L.; WEBER, V. A. de M.; MENEZES, G. V.; OLIVEIRA JUNIOR, A. da S.; ALVES, D. A.; OLIVEIRA, M. V. M. de; MATSUBARA, E. T.; PISTORI, H.; ABREU, U. G. P. de. Recognition of Pantaneira cattle breed using computer vision and convolutional neural networks. Computers and Electronics in Agriculture, v. 175, 105548, p. 1-9, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 6. | | WEBER, V. A. de M.; WEBER, F. de L.; GOMES, R. da C.; OLIVEIRA JUNIOR, A. da S.; MENEZES, G. V.; ABREU, U. G. P. de; BELETE, N. A. de S.; PISTORI, H. Prediction of Girolando cattle weight by means of body measurements extracted from images. Revista Brasileira de Zootecnia. v. 49, e20190110, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pantanal. |
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| 7. | | WEBER, F. de L.; WEBER, V. A. de M.; MENEZES, G.; OLIVEIRA JUNIOR, A. da S.; ALVES, D. A.; OLIVEIRA, M. V. M. de; PISTORI, H.; ABREU, U. G. P. de. Reconhecimento de bovino pantaneiro utilizando visão computacional através da rede neural convolucional: resultados preliminares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 12., 2019, Indaiatuba. Anais... Indaiatuba: FATEC; Campinas: Embrapa Informática Agropecuária; Ponta Grossa: UEPG, 2019. p. 535-536. SBIAGRO 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 8. | | SILVA NETO, S. P.; ABUD, S.; MELO, R. A. C.; MOREIRA, C. T.; BORBA, M. A. C.; CAMARGOS, J. M. R.; CORTE, J. L. D.; PEREIRA, M. J. Z.; WEBER, F.; AFONSO, I. Parceria Embrapa Cerrados e Fundações na pesquisa com soja - resultados e desafios. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 240-242. Editado por Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 9. | | SILVA NETO, S. P. da; ABUD, S.; MELO, R. A. de C. e; MOREIRA, C. T.; BORBA, M. A. da C.; CAMARGOS, J. M. R.; CORTE, J. L. D.; PEREIRA, M. J. Z.; WEBER, F.; AFONSO, I. Parceria Embrapa Cerrados e Fundações na pesquisa com soja - resultados e desafios. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos. Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 240-242.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 10. | | SILVA NETO, S. P.; ABUD, S.; MELO, R. A. C.; MOREIRA, C. T.; BORBA, M. A. C.; CAMARGOS, J. M. R.; CORTE, J. L. D.; PEREIRA, M. J. Z.; WEBER, F.; AFONSO, I. Parceria Embrapa Cerrados e Fundações na pesquisa com soja - resultados e desafios. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 32., 2011, São Pedro, SP. Resumos expandidos... Londrina: Embrapa Soja, 2011. p. 240-242. Editado por Adilson de Oliveira Junior, Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Bôas de Campos Leite.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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