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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. |
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Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCÃO, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
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Título: |
Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Pôster 1017. |
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Conteúdo: |
Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of the Brazil, and bioinformatic becames necessary in many of the projects developed all over the centers, most using considerable computational resources. How is inviable to replicate the HPC infrastructure in every locations, the practical solution is concentrate computational resources at a unique point and provide remote access to them. At human resources perspective, Embrapa has bioinformatics professionals working directly in the units, and is very important ensure they will communicate appropriately. LMB is a convergent point for bioinformaticians in the organization. Finally, The LMB has critical mass to explore complex problems in bioinformatics area. LMB´s infrastructure includes two HPC servers, each one with 512 GB RAM and 48 cores; one storage system and one tape library for backup. The users can execute their jobs by directly accessing the system through a ssh connection or using the Galaxy web system. LMB is also committed to education and training in bioinformatics by providing workshops and courses. MenosRecently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of the Brazil, and bioinformatic becames necessary in many of the projects developed all over the centers, most using considerable computational resources. How is inviable to replicate the HPC infrastructure in every locations, the practical solution is concentrate computational resources at a unique point and provide remote access to them. At human resources perspective, Embrapa has bioinformatics professionals working directly in the units, and is very important ensure they will communicate appropriately. LMB is a convergent point for bioinformaticians in the organization. Finally, The LMB has critical mass to explore complex problems in bioinformatics area. LMB´s infrastructure includes two HPC servers, each one with 512 G... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Laboratório Multiusuário de Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94602/1/P1017.odt
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Marc: |
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300 $aNão paginado.
500 $aPôster 1017.
520 $aRecently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of the Brazil, and bioinformatic becames necessary in many of the projects developed all over the centers, most using considerable computational resources. How is inviable to replicate the HPC infrastructure in every locations, the practical solution is concentrate computational resources at a unique point and provide remote access to them. At human resources perspective, Embrapa has bioinformatics professionals working directly in the units, and is very important ensure they will communicate appropriately. LMB is a convergent point for bioinformaticians in the organization. Finally, The LMB has critical mass to explore complex problems in bioinformatics area. LMB´s infrastructure includes two HPC servers, each one with 512 GB RAM and 48 cores; one storage system and one tape library for backup. The users can execute their jobs by directly accessing the system through a ssh connection or using the Galaxy web system. LMB is also committed to education and training in bioinformatics by providing workshops and courses.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 46. | | GASPAROTTO, F. A.; NAVARRETE, A. A.; SOUZA, F. A. de; TSAI, S. M. Técnicas moleculares aplicadas ao estudo de micorrizas. In: SIQUEIRA, J. O.; SOUZA, F. A. de; CARDOSO, E. J. B. N.; TSAI, S. M. (Ed.). Micorrizas: 30 anos de pesquisas no Brasil. Lavras: UFLA, 2010. cap. 19, p. 551-581.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 48. | | LIMA, A. B.; CANNAVAN, F. S.; NAVARRETE, A. A.; TEIXEIRA, W. G.; KURAMAE, E. E.; TSAI, S. M. Amazonian dark earth and plant species from the Amazon region contribute to shape rhizosphere bacterial communities. Microbial Ecology, v. 69, n. 4, p. 855-866, May 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 51. | | BORGES, C. D.; TOMAZI, M.; SOUZA, D. G. de; TAKEZAWA, D. O.; SALTON, J. C.; TSAI, S. M. Bactérias indicadoras da emissão de N2O em solo de pastagens afetado por urina de bovinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 34., 2013, Florianópolis. Ciência do solo: para quê e para quem: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 53. | | FRANCO, M. C.; CASSINI, S. T. A.; OLIVEIRA, V. R. de; CRUZ, C. D.; VIEIRA, C.; TSAI, S. M. Avaliacao da capacidade combinatoria para nodulacao em feijao. In: ENCONTRO CIENTIFICO DOS POS-GRADUADOS DO CENA/USP, 2., 1996, Piracicaba. Resumos... Piracicaba: CENA, 1996. p. 7.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 54. | | AGUIAR, C. L.; BAPTISTA, A. S.; WALDER, J. M. M.; TSAI, S. M.; CARRÃO-PANIZZI, M. C.; KITAJIMA, E. W. Changes in isoflavone profiles of soybean treated with gamma irradiation. International Journal of Food Sciences and Nutrition, Oxfordshire, v. 60, n. 5, p. 387-394, Aug. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 55. | | SANTOS, J. L. S.; BORGES, C. D.; CALDAS, D. G. G.; TSAI, S. M.; MADARI, B. E. Efeito do biocarvão nas comunidades bacterianas, estrutura do solo e sistema radicular de soja (G. max). In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 7., 2013, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2013. p. 99. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 292). Pôster - pós-graduação.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 56. | | ANDREOTE, F. D.; DIAS, A. C. F.; TAKETANI, R. G.; TSAI, S. M.; AZEVEDO, J. L.; MELO, I. S. de. The diversity of ammonium-oxidizing archaea and anammox bacteria in brazilian mangroves sediments. In: SYMPOSIUM ON AQUATIC MICROBIAL ECOLOGY, 11., 2009, Piran, Slovenia. Abstract book. Piran: National Institute of Biology, 2009. 1 CD-ROM. p. 127| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 57. | | BRAGA, L. P.; TANENTZAP, A. J.; LEE, B.; TSAI, S. M.; RAAIJMAKERS, J. M.; MENDES, R.; MENDES, L. W. Diversity of viruses and viroids in the rhizosphere of common bean cultivars differing in resistance to the fungal root pathogen Fusarium oxysporum. Applied Soil Ecology, v. 190, article 105018, 2023.| Tipo: Nota Técnica/Nota Científica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 58. | | VIEIRA, R. F.; TANAKA, R.; TSAI, S. M.; PEREZ, D. V.; SILVA, C. M. M. de S. Disponibilidade de nutrientes no solo, qualidade de grãos e produtividade da soja em solo adubado com lodo de esgoto. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n.9, p. 919-926, set. 2005.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 59. | | VIEIRA, R. F.; TANAKA, R. T.; TSAI, S. M.; PEREZ, D. V.; SILVA, C. M. M. de S. Disponibilidade de nutrientes no solo, qualidade de grãos e produtividade da soja em solo adubado com lodo de esgoto. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 40, n. 9, p. 919-926, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Solos; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 60. | | MARTINATI, J. C.; LACAVA, P. T.; MIYASAWA, S. K. S.; GUZZO, S. D.; AZEVEDO, J. L.; TSAI, S. M. Redução dos sintomas causados pela Xylella fastidiosa subsp. pauca por meio de aplicação de benzotiadiazole e silício Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 42, n. 8, p. 1083-1089, ago. 2007 Título em inglês: Redution of the symptons caused by Xylella fastidiosa subsp. pauca through application of benzothiadiazole and silicon.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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