| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
26/03/2019 |
|
Data da última atualização: |
21/06/2022 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
|
Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, Cenargen. |
|
Título: |
A phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
|
Ano de publicação: |
2019 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Proceedings... Livingston, NJ: Scherago, 2019 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Plant and Animal Genome XXVII Conference (PAG). |
|
Conteúdo: |
Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, anchoring of contigs in linkage maps, and Hi-C scaffolding. A high-quality, chromosome-scale genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosRuzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Brasil. |
|
Thesagro: |
Capim Urochloa; Genoma. |
|
Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/194810/1/abstract-PAG-XXVII.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02499nam a2200205 a 4500
001 2107476
005 2022-06-21
008 2019 bl uuuu u01u1 u #d
100 1 $aPESSOA FILHO, M. A. C. de P.
245 $aA phased diploid genome assembly for the forage grass urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing.$h[electronic resource]
260 $aIn: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Proceedings... Livingston, NJ: Scherago$c2019
500 $aPlant and Animal Genome XXVII Conference (PAG).
520 $aRuzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, known for its high nutritional quality. It is closely related to important forage species of Urochloa, and plays a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, mostly focused on inter-specific hybirds. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species (Silva et al., 2013), as well as in assessments of germplasm diversity and structure (Pessoa-Filho et al., 2015). Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence (Pessoa-Filho et al., 2017). Here, we present a near-complete phased diploid genome assembly of the heterozygous ruzigrass clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million long reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current diploid assembly using FALCON-Unzip contains ~603 Mbp in 3,539 primary contigs, with NG50 of 286 kbp, and covers 98.2% of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass. In addition, 82% of the assembly could be phased as separate haplotypes, with ~500 Mbp resolved as haplotigs. Assessment of assembly completeness showed 95.2% BUSCO matches as complete, and 83.3% as complete single-copy. Ongoing research includes transcriptome assembly to aid gene prediction and annotation, anchoring of contigs in linkage maps, and Hi-C scaffolding. A high-quality, chromosome-scale genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses.
650 $aCapim Urochloa
650 $aGenoma
653 $aBrasil
700 1 $aSOUZA SOBRINHO, F. de
700 1 $aFRAGOSO, R. da R.
700 1 $aSILVA JUNIOR, O. B. da
700 1 $aFERREIRA, M. E.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 41 | |
| 21. |  | PIRAUX, M.; TONNEAU, J.-P; AZEVEDO, S. G. de; OLIVEIRA, L. M. S. R. de. Le développement territorial durable : le cas d'une expérience dans le Nordeste du Brésil. In: COLLOQUE DE L?ASRDLF, 43., 2007, Grenoble, Chambéry. Les dynamiques territoriales: débats et enjeux entre les différentes approches disciplinaires. Grenoble, Chambéry: Association de Science Régionale de Langue Française: Universités Joseph Fourier et Pierre Mendes France: Université de Savoie, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
|    |
| 28. | | TONNEAU, J.-P.; PIRAUX, M.; COUDEL, E.; SILVA, P. C. G. da; AZEVEDO, S. G. de; ARAÚJO, C. R. de. Dificeis inovações territóriais: uma experiência de articulação e construção de competências no Território do Alto Sertão do Piauí e de Pernambuco. In: NASCIMENTO, P. P.; SICOLI, A. H.; MARTINS, M. A. G.; BALSADI, O. V.; SILVA JÚNIOR, C. D. da. (Ed.). Inovações em desenvolvimento territorial: novos desafios para a Embrapa. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica: Embrapa Departamento de Transferência de Tecnologia, 2011. p. 343-361.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 30. | | TONNEAU, J.-P.; SILVA, P. C. G. da; BARROS, E. da R.; PIRAUX, M.; AZEVEDO, S. G. de. Pesquisa, desenvolvimento e inovação para o desenvolvimento territorial e convivência com o Semiárido brasileiro: metodologia de pesquisa participativa. In: NASCIMENTO, P. P.; SICOLI, A. H.; MARTINS, M. A. G.; BALSADI, O. V.; SILVA JÚNIOR, C. D. da. (Ed.). Inovações em desenvolvimento territorial: novos desafios para a Embrapa. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica: Embrapa Departamento de Transferência de Tecnologia, 2011. cap. 3, p. 91-111. il.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 31. | | SILVA, P. C. G. da; AZEVEDO, S. G. de; MOREIRA, J. N.; TONNEAU, J. P.; CORREIA, R. C.; SILVA, A. F. A abordagem territorial nas atividades de Pesquisa, Desenvolvimento & Inovação da Embrapa Semiárido. In: SA, I. B.; SILVA, P. C. G. da. (Ed.). Semiárido brasileiro: pesquisa, desenvolvimento e inovação. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2010. cap. 11, p. 373-402.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 32. | | BIANCHINI, P. C.; TAKAGI, M.; PIRAUX, M.; TONNEAU, J.-P.; BIANCHINI, F.; FERREIRA, M. A. J. F.; SILVA, P. C. G. da. Agricultura familiar, territórios e políticas públicas: diretrizes para uma agenda de pesquisa Petrolina: Embrapa Semiárido, 2016. 25 p. il. (Embrapa Semiárido. Documentos, 275).| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 34. | | SILVA, P. C. G. da; MOREIRA, J. N.; TONNEAU, J.-P.; PIRAUX, M.; AZEVEDO, S. G. de; BRANDAO, W. N.; SOUSA, M. F. de; JESUS JUNIOR, L. A. de; SANTOS, R. de A.; SANTOS, R. D. dos. A experiência e os resultados do Núcleo Piloto de Informação e Gestão Tecnológica para a Agricultura Familiar do Território do Sisal no Sertão da Bahia. In: NASCIMENTO, P. P.; SICOLI, A. H.; MARTINS, M. A. G.; BALSADI, O. V.; SILVA JÚNIOR, C. D. da. (Ed.). Inovações em desenvolvimento territorial: novos desafios para a Embrapa. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica: Embrapa Departamento de Transferência de Tecnologia, 2011. cap. 3, p. 203-237.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Semiárido. |
| |
| 35. | | SILVA, M. S. L. da; ROCHA, J. C. da; TONNEAU, J. P.; XENOFONTE, G. H. S.; ARAÚJO, J. A. de; ANJOS, J. B. dos; SANTOS, A. F. dos; SOUZA, M. R. V. de; SOUSA, A. F. da C.; LEITE, W. de M. Barragem subterrânea: II - Oficina de intercâmbio, uma busca de objetos de experimentação-agenda de pesquisa para Pernambuco, Paraíba e Bahia. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE CAPTAÇÃO E MANEJO DE ÁGUA DE CHUVA, 5., 2005, Teresina. Anais... Teresina: ABCMAC: Embrapa Semi-Árido: IRPAA: ASA, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 36. | | PIRAUX, M.; TONNEAU, J. P.; CARON, P.; CHIA, E.; VALLARIE, P.; COUDELE, E.; SIDERSKY, P.; FAVRE, N.; BURTE, J.; CANIELLO, M.; ARAÚJO, A. E.; SILVEIRA, L.; BARROS, E. R.; SILVA, P. C. G. da; ARAÚJO, C. R. de; CEZIMBRA, C. M.; AZEVEDO, S. G. de; SOUZA, J. de; DUARTE, L.; OLIVEIRA, L. M. S. de; CUNHA, L. H.; MALUF, R. Desenvolvimento territorial e fortalecimento da capacidade dos atores no Nordeste do Brasil. In: CIRAD. O Cirad no Brasil: relatório de atividades 2005-2007. Brasília, DF, 2007. cap. 4, p. 76-78.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 37. | | SILVA, F. B. R. e; SANTOS, J. C. P. dos; SOUZA NETO, N. C. de; SILVA, A. B. da; RICHE, G. R.; TONNEAU, J. P.; CORREIA, R. C.; BRITO, L. T. de L.; SILVA, F. H. B da; SOUZA, L. de G. M. C.; SILVA, C. P. da; LEITE, A. P.; OLIVEIRA NETO, M. B. de. Zoneamento agroecologico do Nordeste do Brasil: diagnostico e prognostico. Recife: Embrapa Solos- Escritorio Regional de Pesquisa e Desenvolvimento Nordeste; Petrolina: Embrapa Semi-Arido, 2000. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 14).| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 38. | | SILVA, F. B. R. e; SANTOS, J. C. P. dos; SOUZA NETO, N. C. de; SILVA, A. B. da; RICHE, G. R.; TONNEAU, J. P.; CORREIA, R. C.; BRITO, L. T. de L.; SILVA, F. H. B da; SOUZA, L. de G. M. C.; SILVA, C. P. da; LEITE, A. P.; OLIVEIRA NETO, M. B. de. Zoneamento agroecologico do Nordeste do Brasil: diagnostico e prognostico. Recife: Embrapa Solos- Escritorio Regional de Pesquisa e Desenvolvimento Nordeste; Petrolina: Embrapa Semi-Arido, 2000. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 14).| Biblioteca(s): Embrapa Solos / UEP-Recife. |
| |
| 39. | | SILVA, F. B. R. de; RICHÉ. G. R.; TONNEAU, J. P.; SOUZA NETO, N. C. de; BRITO, L. T. de L.; CORREIA, R. C.; CAVALCANTI, A. C.; SILVA, F. H. B. da; SILVA, A. B. da; SILVA, J. C. de A. da. Zoneamento agroecológico do Nordeste: caracterização dos recursos naturais e socioeconômicos das unidades geoambientais. Petrolina: EMBRAPA-CPATSA; Recife: EMBRAPA-SNLCS, 1992. 194 p. il.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| 40. | | SILVA, F. B. R. e; RICHE, G. R.; TONNEAU, J. P.; SOUSA NETO, N. C. de; BRITO, L. T. de L.; CORREIA, R. C.; CAVALCANTI, A. C.; SILVA, F. H. B. da; SILVA, A. B. da; SILVA, J. C. de A. Zoneamento agroecológico do Nordeste: diagnóstico do quadro natural e agrossocioeconômico. Petrolina: EMBRAPA-CPATSA; Recife: EMBRAPA-CNPS, 1992. 155 p. il.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
| |
| Registros recuperados : 41 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
