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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/02/2014 |
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Data da última atualização: |
21/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, G. T.; SILVA, C. B. C.; JANK, L.; SOUZA, A. P. |
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Afiliação: |
GUILHERME TOLEDO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil.; CLAUDIO BENICIO CARDOSO-SILVA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; LIANA JANK, CNPGC; ANETE PEREIRA SOUZA, Molecular Biology Center and Genetic Engineering (CBMEG), University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, Brazil; Department of Plant Biology, Biology Institute, University of Campinas (UNICAMP), Campinas, São Paulo, BraziL. |
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Título: |
De novo transcriptome assembly for the tropical grass Panicum maximum Jacq. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, v. 8, n. 7, p. 1-10, july 2013 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Guinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcriptome of P. maximum using highthroughput sequencing. The biological information provided here will aid in gene expression studies and marker-assisted selection-based breeding research in tropical grasses. MenosGuinea grass (Panicum maximum Jacq.) is a tropical African grass often used to feed beef cattle, which is an important economic activity in Brazil. Brazil is the leader in global meat exportation because of its exclusively pasture-raised bovine herds. Guinea grass also has potential uses in bioenergy production due to its elevated biomass generation through the C4 photosynthesis pathway. We generated approximately 13 Gb of data from Illumina sequencing of P. maximum leaves. Four different genotypes were sequenced, and the combined reads were assembled de novo into 38,192 unigenes and annotated; approximately 63% of the unigenes had homology to other proteins in the NCBI non-redundant protein database. Functional classification through COG (Clusters of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) analyses showed that the unigenes from Guinea grass leaves are involved in a wide range of biological processes and metabolic pathways, including C4 photosynthesis and lignocellulose generation, which are important for cattle grazing and bioenergy production. The most abundant transcripts were involved in carbon fixation, photosynthesis, RNA translation and heavy metal cellular homeostasis. Finally, we identified a number of potential molecular markers, including 5,035 microsatellites (SSRs) and 346,456 single nucleotide polymorphisms (SNPs). To the best of our knowledge, this is the first study to characterize the complete leaf transcrip... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Alimento animal; Carne; Graminea tropical; Panicum maximum. |
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Thesaurus Nal: |
Beef cattle; Megathyrsus maximus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98451/1/deb-pone.0070781-1..10-fetchObject.action.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Territorial. |
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Data corrente: |
11/11/2015 |
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Data da última atualização: |
03/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOURA, M. F.; TARARAM, G.; SILVA, L. A.; GONZALES, L. E.; TAKEMURA, C. M.; REZENDE, S. O.; MARCACINI, R. M.; SANTOS, F. F. DOS; EVANGELISTA, S. R. M. |
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Afiliação: |
MARIA FERNANDA MOURA, CNPTIA; GABRIEL TARARAM, BOLSISTA CNPTIA; LEANDRO ANNIBAL SILVA, BOLSISTA CNPTIA; LUIS EDUARDO GONZALES, CNPTIA; CELINA MAKI TAKEMURA, CNPM; SOLANGE OLIVEIRA REZENDE, USP; RICARDO MARCONDES MARCACINI, UFMS; FABIANO FERNANDES DOS SANTOS, USP; SILVIO ROBERTO MEDEIROS EVANGELISTA, CNPTIA. |
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Título: |
CRITIC 1.0: Ambiente Web para Busca e Análise da Informação Utilizada ou Produzida pela Rede AgroHidro. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DA REDE AGROHIDRO, 3.; WORKSHOP DO PROJETO OS IMPACTOS DA AGRICULTURA E DAS MUDANÇAS CLIMÁTICAS NOS RECURSOS HÍDRICOS, 1., 2015, Corumbá. Água na agricultura: desafios frente às mudanças climáticas e de uso da terra: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2015. |
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Páginas: |
p. 30 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
CRITIC é o nome do software que é um dos resultados do projeto CRITIC@ ? Compilação e Recuperação de Informação Técnico-científica e Indução ao Conhecimento de forma ágil na Rede AgroHidro. A proposta do projeto CRITIC@ é concentrar as ações de análise e organização sistematizada da informação utilizada e produzida pela Rede AgroHidro, como forma de melhorar a gestão do conhecimento técnico-científico na área de recursos hídricos, por meio de análises cruzadas das informações, bem como para subsidiar ações de investigação e disseminação do conhecimento na rede de pesquisa. |
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Palavras-Chave: |
Compilação e Recuperação de Informação Técnico-Científica. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/132865/1/4592.pdf
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Marc: |
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520 $aCRITIC é o nome do software que é um dos resultados do projeto CRITIC@ ? Compilação e Recuperação de Informação Técnico-científica e Indução ao Conhecimento de forma ágil na Rede AgroHidro. A proposta do projeto CRITIC@ é concentrar as ações de análise e organização sistematizada da informação utilizada e produzida pela Rede AgroHidro, como forma de melhorar a gestão do conhecimento técnico-científico na área de recursos hídricos, por meio de análises cruzadas das informações, bem como para subsidiar ações de investigação e disseminação do conhecimento na rede de pesquisa.
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700 1 $aEVANGELISTA, S. R. M.
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Registro original: |
Embrapa Territorial (CNPM) |
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