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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
09/09/2014 |
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Data da última atualização: |
23/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GAZAFFI, R.; MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M.; MOLLINARI, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
MARIA MARTA PASTINA, CNPMS. |
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Título: |
A model for quantitative trait loci mapping. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 10, p. 791-801, 2014. |
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DOI: |
10.1007/s11295-013-0664-2 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping. |
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Palavras-Chave: |
Arquitetura genética. |
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Thesagro: |
Genética; Progênie. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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005 2017-05-23
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520 $aQuantitative trait loci (QTL) mapping is an important approach for the study of the genetic architecture of quantitative traits. For perennial species, inbred lines cannot be obtained due to inbreed depression and a long juvenile period. Instead, linkage mapping can be performed by using a full-sib progeny. This creates a complex scenario because both markers and QTL alleles can have different segregation patterns as well as different linkage phases between them. We present a two-step method for QTL mapping using full-sib progeny based on composite interval mapping (i.e., interval mapping with cofactors), considering an integrated genetic map with markers with different segregation patterns and conditional probabilities obtained by a multipoint approach. The model is based on three orthogonal contrasts to estimate the additive effect (one in each parent) and dominance effect. These estimatives are obtained using the EM algorithm. In the first step, the genome is scanned to detect QTL. After, segregation pattern and linkage phases between QTL and markers are estimated. A simulated example is presented to validate the methodology. In general, the new model is more effective than existing approaches, because it can reveal QTL present in a full-sib progeny that segregates in any pattern present and can also identify dominance effects. Also, the inclusion of cofactors provided more statistical power for QTL mapping.
650 $aGenética
650 $aProgênie
653 $aArquitetura genética
700 1 $aMARGARIDO, G. R. A.
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700 1 $aGARCIA, A. A. F.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | LEGAT, A. P.; LEGAT, J. F. A.; GOMES, C. H. A. de M.; SUHNEL, S.; MELO, C. M. R. de. Anesthesia in oysters of the genus crassostrea cultured in Brazil. Boletim do Instituto de Pesca, São Paulo, v. 41, n. esp., p. 785-793, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 2. | | BOMFIM, L. S.; SOUZA, K. L. A. de; LEGAT, J. F. A.; PEREIRA, A. M. L.; SUHNEL, S. Avaliação de patógenos, predadores e parasitas na ostra nativa Crassostrea gasar cultivada em diferentes estruturas de engorda. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA TABULEIROS COSTEIROS, 12., 2023, Aracaju. Anais... Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2023. Editores Técnicos: Viviane Talamini, Ana da Silva Ledo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 4. | | LEGAT, J. F. A.; LEGAT, A. P.; FOGACA, F. H. dos S.; TURECK, C. R.; SUHNEL, S.; MELO, C. M. R. de. Growth and survival of bottom oyster Crassostrea gasar cultured in the Northeast and South of Brazil. Boletim do Instituto de Pesca, São Paulo, v. 43, n. 2, p. 172-184, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 5. | | LEGAT, J. F. A.; PUCHNICK LEGAT, A.; SUHNEL, S.; PEREIRA, A. M. L.; MAGALHAES, A. R. M.; MELO, C. M. R. de. Reproductive cycle of the mangrove oyster, Crassostrea gasar (Adanson, 1757), in tropical and temperate climates. Aquaculture Research, Oct. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 6. | | IITEMBU, J. A.; FITZGERALD, D.; ALTINTZOGLOU, T.; BOUDRY, P.; BRITZ, P.; BYRON, C. J.; DELAGO, D.; GIRARD, S.; HANNON, C.; KAFENSZTOK, M.; LAGREZE, F.; LEGAT, J. F. A.; LEGAT, A. P.; MICHAELIS, A. K.; PLEYM, I. E.; SÜHNEL, S.; WALTON, W.; STRAND, A. Comparative description and analysis of oyster aquaculture in selected Atlantic regions: production, market dynamics, and consumption patterns. Fishes, v. 8, 584, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 7. | | MACEDO, A. R. G.; SUHNEL, S.; CORDEIRO, C. A. M.; NUNES, E. S. C. L.; SOUSA, N. C.; COUTO, M. V. S.; LOPES, E. M.; PEREIRA JUNIOR, J. A.; SAMPAIO, D. S.; LEGAT, A. P.; LEGAT, J. F. A.; PAIXAO, P. E. G.; FUJIMOTO, R. Y. Growth and survival of the native oyster Crassostrea gasar cultured under different stocking densities in two grow-out systems in tropical climate. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, v. 73, n. 4, p. 893-901, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 8. | | LEGAT, J. F. A.; LEGAT, A. P.; SOUZA, K. L. A. de; PEREIRA, A. M. L.; MANOS, M. G. L.; SUHNEL, S.; CORDEIRO, C. A. M.; ANTÔNIO, I. G.; FUNO, I. C. da S. A.; SAMPAIO, D. de S.; SQUELLA, F. J. L.; SILVA, C. A. da; CARNEIRO, P. C. F.; PEREIRA JUNIOR, J. A.; BOMFIM, L. S.; LAGREZE, S. S. Recomendações para a confecção e instalação de mesas flutuantes para o cultivo de ostras em águas estuarinas tropicais. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2023. 17 p. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Circular Técnica, 97).| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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