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| Registros recuperados : 555 | |
| 501. |  | SILVA, M. V. G. B.; PAIVA, L. DE C.; CEMBRANELLI, M. DE A. R.; MARTINS, M. F.; FREITAS, A. F. DE; RODRIGUES, W. B. R.; BRUNELI, F. A. T.; ARBEX, W. A.; CANAZA-CAYO, A. W.; PANETTO, J. C. do C.; COSTA, C. N.; SANTOS, G. G. dos; CARVALHO, B. C. de; FERREIRA, M. B. D. Programa de melhoramento genético da raça girolando - Sumário de touros - Resultado do teste de progênie - julho 2012. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2012. 52 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 154).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 502. | | SILVA, M. V. G. B. da; PAIVA, L. de C.; CEMBRANELLI, M. de A. R.; MARTINS, M. F.; RODRIGUES, W. B. R.; ARBEX, W. A.; BRUNELI, F. A. T.; PANETTO, J. C. do C.; COSTA, C. N.; SANTOS, G. G. dos; CARVALHO, B. C. de (ed.). Programa de melhoramento genético da Raça Girolando: sumário de touros: resultado do teste de progênie - julho/2012. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2012. 52 p. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 154).| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 503. | | SILVA, M. V. G. B.; FREITAS, A. F. de; PAIVA, L. de C.; MENEZES, C. R. A. de; COSTA, C. N.; GUIMARAES, M. F. M.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; ARBEX, W. A.; JUNQUEIRA, A. N.; MOURA, L. F. de M.; AZEVEDO, A. A. Programa de melhoramento genético da raça Girolando: teste de progênie: Sumário de Touros 2010. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 48 p. il. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 139).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 504. | | VIEIRA, J. I. G.; BRAGA, L. G.; CHU, T. C. S.; FERREIRA, P. H.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, D. B. dos S.; BONAFÉ, C. M.; MAGALHÃES, A. F. B.; SILVA, M. V. G. B.; VERARDO, L. L. Resequencing of Brazilian locally adapted cattle breeds revealed variants in candidate genes and transcription factors for meat fatty acid profile. Journal of Animal Breeding and Genetics, 2024. First online.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 505. | | FONSECA, P. A. de S.; SANTOS, F. C. dos; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; PENNA, V. M.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; CARVALHO, M. R. S.; PEIXOTO, M. G. C. D. Retelling the recent evolution of genetic diversity for Guzerá: Inferences from LD decay, runs of homozygosity and Ne over the generations. Livestock Science, v. 193, p. 110-117, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 506. | | MALUF, V. H. H. K.; LIMA, T. R. de; CAMPOS, R. A.; SOARES, I. K. de A.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Desenvolvimento de teste de genotipagem em bovinos para o SNP A1/A2 do gene da beta caseína, usando a técnica de tetra-primer ARMS-PCR. In: PASSOS, L. P. (ed.). Coletânea de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite-PIBIC CNPq 2020-2021. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2021. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 262).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 507. | | PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; ANDRADE. L. G.; GUEDES, E.; MCMANUS, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; LOBO, R. N. B.; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Development of a low density SNP panel for parentage and traceability testing in brazilian sheep breeds for optimization of breeding and conservation programs. In: Conference International Plant & Animal Genomes, 19., 2011, San Diego.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 508. | | GARCIA, A. O.; OTTO, P. I.; GLATZL JUNIOR, L. A.; ROCHA, R. de F. B.; SANTOS, M. G. dos; OLIVEIRA, D. A. de; SILVA, M. V. G. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARÃES, S. E. F. Pedigree reconstruction and population structure using SNP markers in Gir cattle. Journal of Applied Genetics, v. 64, p. 329-340, 2023.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 509. | | ROSSE, I. C.; ASSIS, J. G.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. S.; GUIMARÃES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the Guzerá breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 74. Engemig 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 510. | | ROSSE, I. C.; OLIVEIRA, F. S.; LEITE, L. R.; ARAUJO, F.; ZERLOTINI NETO, A.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; GUIMARAES, M. F. M.; SILVA, M. V. G. B.; COIMBRA, R. S.; OLIVEIRA, G.; CARVALHO, M. R. S. Novel polymorphisms in genes associated with milk and meat production and disease resistance in the guzera breed identified by whole-genome sequencing. In: ENCONTRO DE GENÉTICA DE MINAS GERAIS: PESQUISA E PÓS GRADUAÇÃO, 5., 2014, Belo Horizonte. Anais... Belo Horizonte: Sociedade Brasileira de Genética, 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 511. | | ROCHA, R. de F. B.; GARCIA, A. O.; SANTOS, M. G. dos; OTTO, P. I.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; CALUS, M. P. L.; VANDENPLAS, J.; GUIMARÃES, S. E. F. Parent-of-origin effects for the number of oocytes and embryos in Gir cattle. Livestock Science, v. 280, 105412, 2024.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 512. | | LIMA, T. R. de; MALUF, V. H. H. K.; CAMPOS, R. A.; SOARES, I. K. de A.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A. Pesquisa do alelo B de beta-caseína em touros da raça Girolando por tetraprimer ARMS-PCR1. In: PASSOS, L. P. (ed.). Coletânea de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite-PIBIC CNPq 2020-2021. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2021. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 262).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 513. | | MACHADO, M. A.; AZEVEDO, A. L. S.; GASPARIN, G.; BERNARDO, K. B.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SILVA, M. V. G. B.; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; PIRES, M. de F. A.; REGITANO, L. C. de A.; VERNEQUE, R. da S. Fine-mapping of BTA 10 and BTA 11 for tick resistance in Gyr x Holstein cross In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9., 2010, Leipzig. Proceedings... Leipzig: German Society fo Animal Science, 2010. 1 CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 514. | | MACHADO, M. A.; AZEVEDO, A. L. S.; GASPARINI, K.; BERNARDO, K. B.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SILVA, M. V. G. B.; PRATA, M. C. de A.; FURLONG, J.; PIRES, M. de F. A.; REGITANO, L. C. de A.; VERNEQUE, R. da S. Fine-mapping of BTA 10 and BTA 11 for tick resistance in Gyr x Holstein cross. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 9., 2010, Leipzig. Proceedings... Leipzig: German Society fo Animal Science, 2010. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 515. | | MATOSINHO, C. G. R.; ROSSE, I. C.; FONSECA, P. A. S.; OLIVEIRA, F. S. de; SANTOS, F. G. dos; ARAÚJO, F. M. G.; SALIM, A. C. de M.; LOPES, B. C.; ARBEX, W. A.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; VERNEQUE, R. da S.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA, G.; PIRES, D. E. V.; CARVALHO, M. R. S. Identifcation and in silico characterization of structural and functional impacts of genetic variants in milk protein genes in the Zebu breeds Guzerat and Gyr. Tropical Animal Health and Production, v. 53, n. 6, 524, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 516. | | CAMARGO JUNIOR, R. N. C.; FERNANDES, L. da S.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; ARAUJO, C. V. de; SILVA, A. G. M. e; MARQUES, J. R. F.; SILVA, W. C. da; ARAUJO, S. I. de; CASTRO, S. R. S. de; SILVA, L. K. X.; CASTRO, S. V.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B. Heterogeneity of variance and genetic parameters for milk production in cattle, using Bayesian inference. PLoS ONE, v. 18, n. 7, e0288257, 2023.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Gado de Leite. |
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| 517. | | JENS, S. M.; NOGUEIRA, A. L.; MAGALHÃES, R. L. O. de; FRACETTI, M. E. M.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F. Identificação de portadores da deficiência do Fator XI em touros das Raças Gir e Holandesa. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE PIBIC/CNPQ, 26., 2022, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2022. p. 71-74.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 518. | | JENS, S. M.; NOGUEIRA, A. L.; MAGALHÃES, R. L. O. de; FRACETTI, M. E. M.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F. Identificação de portadores da deficiência do Fator XI em touros das Raças Gir e Holandesa. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE PIBIC/CNPQ, 26., 2022, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2022. p. 71-74.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 519. | | NOGUEIRA, A. L.; MAGALHÃES, R. L. O. de; JENS, S. M.; FRACETTI, M. E. M.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A. Identificação de portadores da síndrome de Brachyspina em touros das raças Gir e Holandesa. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE PIBIC/CNPQ, 26., 2022, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2022. p. 66-70.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 520. | | NOGUEIRA, A. L.; FERREIRA, R. C.; LIMA, L. L.; MAGALHÃES, R. L. O. de; CARVALHO, C. V. de; HONÓRIO, N. T. de B. S.; PEREIRA, H. P.; DOMINGUES, R.; REIS, D. R. de L.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MACHADO, M. A. Identificação de portadores das síndromes Brachyspina e deficiência do Fator XI em touros da raça Girolando. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 27., 2023, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2024. p. 82-87. (Embrapa Gado de Leite. Eventos Técnicos & Científicos, 2). Pibic/CNPq.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| Registros recuperados : 555 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/05/2017 |
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Data da última atualização: |
30/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva. |
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Conteúdo: |
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs. MenosWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations. |
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Thesagro: |
Gado; Variação genética. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
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Marc: |
LEADER 03086naa a2200457 a 4500
001 2086824
005 2020-12-30
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954$2DOI
100 1 $aSTAFUZZA, N. B.
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500 $aArtigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
520 $aWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs.
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700 1 $aGARRICK, D. J.
700 1 $aMACHADO, M. A.
700 1 $aMARTINS, M. F.
700 1 $aCARVALHO, M. R.
700 1 $aCOLE, J. B.
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
773 $tPlos One$gv. 12, n. 3, p. 1-15, 2017.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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