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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
30/05/2016 |
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Data da última atualização: |
26/07/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, I. de O. N.; SCHLIEP, A.; CARVALHO, A. P. de L. F. de. |
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Afiliação: |
IVANI DE OLIVEIRA NEGRAO LOPES, CNPSO; ALEXANDER SCHLIEP, Rutgers University, USA; ANDRÉ P. DE L. F. de CARVALHO, Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, São Carlos. |
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Título: |
Automatic learning of pre-miRNAs from different species. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Bioinformatics, v. 17, n. 224, 18 p., 2016. |
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ISSN: |
1471-2105 |
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DOI: |
10.1186/s12859-016-1036-3 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Discovery of microRNAs (miRNAs) relies on predictive models for characteristic features from miRNA precursors (pre-miRNAs). The short length of miRNA genes and the lack of pronounced sequence features complicate this task. To accommodate the peculiarities of plant and animal miRNAs systems, tools for both systems have evolved differently. However, these tools are biased towards the species for which they were primarily developed and, consequently, their predictive performance on data sets from other species of the same kingdom might be lower. While these biases are intrinsic to the species, their characterization can lead to computational approaches capable of diminishing their negative effect on the accuracy of pre-miRNAs predictive models. We investigate in this study how 45 predictive models induced for data sets from 45 species, distributed in eight subphyla/classes, perform when applied to a species different from the species used in its induction. Results: Our computational experiments show that the separability of pre-miRNAs and pseudo pre-miRNAs instances is species-dependent and no feature set performs well for all species, even within the same subphylum/class. Mitigating this species dependency, we show that an ensemble of classifiers reduced the classification errors for all 45 species. As the ensemble members were obtained using meaningful, and yet computationally viable feature sets, the ensembles also have a lower computational cost than individual classifiers that rely on energy stability parameters, which are of prohibitive computational cost in large scale applications. Conclusion: In this study, the combination of multiple pre-miRNAs feature sets and multiple learning biases enhanced the predictive accuracy of pre-miRNAs classifiers of 45 species. This is certainly a promising approach to be incorporated in miRNA discovery tools towards more accurate and less species-dependent tools. MenosDiscovery of microRNAs (miRNAs) relies on predictive models for characteristic features from miRNA precursors (pre-miRNAs). The short length of miRNA genes and the lack of pronounced sequence features complicate this task. To accommodate the peculiarities of plant and animal miRNAs systems, tools for both systems have evolved differently. However, these tools are biased towards the species for which they were primarily developed and, consequently, their predictive performance on data sets from other species of the same kingdom might be lower. While these biases are intrinsic to the species, their characterization can lead to computational approaches capable of diminishing their negative effect on the accuracy of pre-miRNAs predictive models. We investigate in this study how 45 predictive models induced for data sets from 45 species, distributed in eight subphyla/classes, perform when applied to a species different from the species used in its induction. Results: Our computational experiments show that the separability of pre-miRNAs and pseudo pre-miRNAs instances is species-dependent and no feature set performs well for all species, even within the same subphylum/class. Mitigating this species dependency, we show that an ensemble of classifiers reduced the classification errors for all 45 species. As the ensemble members were obtained using meaningful, and yet computationally viable feature sets, the ensembles also have a lower computational cost than individual classifiers ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Automação; Biologia. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Biological Sciences. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/143864/1/Automatic-learning-of-pre-miRNAs-from-different-species.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
14/05/2020 |
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Data da última atualização: |
10/08/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, A. F.; SILVA, M. S. L. da; FELISBERTO, N. R. de O.; OLIVEIRA, L. S.; CAVALCANTE, M. C.; NOGUEIRA, D. M. |
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Afiliação: |
ALINEAUREA FLORENTINO SILVA, CPATSA; MARIA SONIA LOPES DA SILVA, CNPS; NIVEA REGINA DE OLIVEIRA FELISBERTO, CNPC; LEANDRO SILVA OLIVEIRA, CNPC; MARCELO CASIMIRO CAVALCANTE; DANIEL MAIA NOGUEIRA, CPATSA. |
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Título: |
Contribuição das políticas públicas na qualidade de vida das famílias de criadores de caprinos leiteiros. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERNACIONAL INTERDISCIPLINAR EM EXTENSÃO RURAL E DESENVOLVIMENTO, 2.; REUNIÃO DA REDE-FRANCO BRASILEIRA PELO DESENVOLVIMENTO SUSTENTÁVEL NO SEMIÁRIDO DO NORDESTE, 3.; ENCONTRO NACIONAL DA AGRICULTURA FAMILIAR, 4.; SEMINÁRIO INTERTERRITORIAL DE CAPRINOVINOCULTURA, DA BAHIA, 1.; FEIRA DE EMPREENDEDORISMO DE MULHERES, 3.; JORNADA DE AGROECOLOGIA DO SERTÃO DO SÃO FRANCISCO, 1., 2019, Juazeiro. Territorialidades, mudanças climáticas, agroecossistemas e premissas para o desenvolvimento sustentável. Petrolina: Univasf, 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Políticas públicas dirigidas à valorização da agricultura familiar e agroecologia no Semiárido brasileiro tem promovido melhoria na qualidade de vida das famílias agricultoras, sendo verdadeiro divisor de águas na vida dessas pessoas. O objetivo do presente trabalho foi analisar quais e como essas políticas públicas estão contribuindo para a melhoria da qualidade de vida das famílias de criadores de caprinos leiteiros, nas regiões do Vale do Ipojuca e Sertão do Pajeú, em Pernambuco. A linha do tempo foi a ferramenta utilizada para registrar e correlacionar os eventos que transformaram a realidade dos NSGAs no estudo. A trajetória de três NSGAs nessa análise aponta que além das possibilidades de obtenção de renda para a manutenção das famílias, a participação em espaços político-organizativos também é fundamental para o conhecimento e acesso às políticas públicas, sejam elas de investimentos em infraestrutura ou melhoria do rebanho, garantindo inclusão socioprodutiva para as famílias. |
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Palavras-Chave: |
Agroecossistema; Semiárido; Sertão do Pajeú; Vale do Ipojuca. |
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Thesagro: |
Agricultura Familiar; Caprino; Caprinocultura; Leite; Leite de Cabra; Políticas Públicas; Segurança Alimentar. |
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Thesaurus NAL: |
Family farms; Public policy. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/213003/1/Contribuicao-das-politicas-publicas.pdf
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Marc: |
LEADER 02492nam a2200325 a 4500
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520 $aPolíticas públicas dirigidas à valorização da agricultura familiar e agroecologia no Semiárido brasileiro tem promovido melhoria na qualidade de vida das famílias agricultoras, sendo verdadeiro divisor de águas na vida dessas pessoas. O objetivo do presente trabalho foi analisar quais e como essas políticas públicas estão contribuindo para a melhoria da qualidade de vida das famílias de criadores de caprinos leiteiros, nas regiões do Vale do Ipojuca e Sertão do Pajeú, em Pernambuco. A linha do tempo foi a ferramenta utilizada para registrar e correlacionar os eventos que transformaram a realidade dos NSGAs no estudo. A trajetória de três NSGAs nessa análise aponta que além das possibilidades de obtenção de renda para a manutenção das famílias, a participação em espaços político-organizativos também é fundamental para o conhecimento e acesso às políticas públicas, sejam elas de investimentos em infraestrutura ou melhoria do rebanho, garantindo inclusão socioprodutiva para as famílias.
650 $aFamily farms
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650 $aAgricultura Familiar
650 $aCaprino
650 $aCaprinocultura
650 $aLeite
650 $aLeite de Cabra
650 $aPolíticas Públicas
650 $aSegurança Alimentar
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653 $aSertão do Pajeú
653 $aVale do Ipojuca
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700 1 $aOLIVEIRA, L. S.
700 1 $aCAVALCANTE, M. C.
700 1 $aNOGUEIRA, D. M.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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