| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pecuária Sul. Para informações adicionais entre em contato com cppsul.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
|
Data corrente: |
08/10/2020 |
|
Data da última atualização: |
08/10/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
CAMPOS, G. S.; SOLLERO, B. P.; REIMANN, F. A.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, L. L.; YOKOO, M. J. I.; BOLIGON, A. A.; BRACCINI, J.; CARDOSO, F. F. |
|
Afiliação: |
Gabriel Soares Campos, UFPEL; BRUNA PENA SOLLERO, CPPSUL; Fernando Antonio Reimann, UFPEL; Vinicius Silva Junqueira, UFV; Leandro Lunardini Cardoso, UFPEL; MARCOS JUN ITI YOKOO, CPPSUL; Arione Augusti Boligon, UFPEL; José Braccini, UFRGS; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL. |
|
Título: |
Tag-SNP selection using Bayesian genomewide association study for growth traits in Hereford and Braford cattle. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, p. 449-467, Sept. 2020. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1111/jbg.12458 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
The aim of this study was to perform a Bayesian genomewide association study (GWAS) to identify genomic regions associated with growth traits in Hereford and Braford cattle, and to select Tag‐SNPs to represent these regions in low‐density panels useful for genomic predictions. In addition, we propose candidate genes through functional enrichment analysis associated with growth traits using Medical Subject Headings (MeSH). Phenotypic data from 126,290 animals and genotypes for 131 sires and 3,545 animals were used. The Tag‐SNPs were selected with BayesB (π = 0.995) method to compose low‐density panels. The number of Tag‐single nucleotide polymorphism (SNP) ranged between 79 and 103 SNP for the growth traits at weaning and between 78 and 100 SNP for the yearling growth traits. The average proportion of variance explained by Tag‐SNP with BayesA was 0.29, 0.23, 0.32 and 0.19 for birthweight (BW), weaning weight (WW205), yearling weight (YW550) and postweaning gain (PWG345), respectively. For Tag‐SNP with BayesA method accuracy values ranged from 0.13 to 0.30 for k‐means and from 0.30 to 0.65 for random clustering of animals to compose reference and validation groups. Although genomic prediction accuracies were higher with the full marker panel, predictions with low‐density panels retained on average 76% of the accuracy obtained with BayesB with full markers for growth traits. The MeSH analysis was able to translate genomic information providing biological meanings of more specific gene products related to the growth traits. The proposed Tag‐SNP panels may be useful for future fine mapping studies and for lower‐cost commercial genomic prediction applications. MenosThe aim of this study was to perform a Bayesian genomewide association study (GWAS) to identify genomic regions associated with growth traits in Hereford and Braford cattle, and to select Tag‐SNPs to represent these regions in low‐density panels useful for genomic predictions. In addition, we propose candidate genes through functional enrichment analysis associated with growth traits using Medical Subject Headings (MeSH). Phenotypic data from 126,290 animals and genotypes for 131 sires and 3,545 animals were used. The Tag‐SNPs were selected with BayesB (π = 0.995) method to compose low‐density panels. The number of Tag‐single nucleotide polymorphism (SNP) ranged between 79 and 103 SNP for the growth traits at weaning and between 78 and 100 SNP for the yearling growth traits. The average proportion of variance explained by Tag‐SNP with BayesA was 0.29, 0.23, 0.32 and 0.19 for birthweight (BW), weaning weight (WW205), yearling weight (YW550) and postweaning gain (PWG345), respectively. For Tag‐SNP with BayesA method accuracy values ranged from 0.13 to 0.30 for k‐means and from 0.30 to 0.65 for random clustering of animals to compose reference and validation groups. Although genomic prediction accuracies were higher with the full marker panel, predictions with low‐density panels retained on average 76% of the accuracy obtained with BayesB with full markers for growth traits. The MeSH analysis was able to translate genom... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Gado Braford. |
|
Thesagro: |
Gado de Corte; Gado Hereford; Seleção. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02608naa a2200277 a 4500
001 2125369
005 2020-10-08
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1111/jbg.12458$2DOI
100 1 $aCAMPOS, G. S.
245 $aTag-SNP selection using Bayesian genomewide association study for growth traits in Hereford and Braford cattle.$h[electronic resource]
260 $c2020
520 $aThe aim of this study was to perform a Bayesian genomewide association study (GWAS) to identify genomic regions associated with growth traits in Hereford and Braford cattle, and to select Tag‐SNPs to represent these regions in low‐density panels useful for genomic predictions. In addition, we propose candidate genes through functional enrichment analysis associated with growth traits using Medical Subject Headings (MeSH). Phenotypic data from 126,290 animals and genotypes for 131 sires and 3,545 animals were used. The Tag‐SNPs were selected with BayesB (π = 0.995) method to compose low‐density panels. The number of Tag‐single nucleotide polymorphism (SNP) ranged between 79 and 103 SNP for the growth traits at weaning and between 78 and 100 SNP for the yearling growth traits. The average proportion of variance explained by Tag‐SNP with BayesA was 0.29, 0.23, 0.32 and 0.19 for birthweight (BW), weaning weight (WW205), yearling weight (YW550) and postweaning gain (PWG345), respectively. For Tag‐SNP with BayesA method accuracy values ranged from 0.13 to 0.30 for k‐means and from 0.30 to 0.65 for random clustering of animals to compose reference and validation groups. Although genomic prediction accuracies were higher with the full marker panel, predictions with low‐density panels retained on average 76% of the accuracy obtained with BayesB with full markers for growth traits. The MeSH analysis was able to translate genomic information providing biological meanings of more specific gene products related to the growth traits. The proposed Tag‐SNP panels may be useful for future fine mapping studies and for lower‐cost commercial genomic prediction applications.
650 $aGado de Corte
650 $aGado Hereford
650 $aSeleção
653 $aGado Braford
700 1 $aSOLLERO, B. P.
700 1 $aREIMANN, F. A.
700 1 $aJUNQUEIRA, V. S.
700 1 $aCARDOSO, L. L.
700 1 $aYOKOO, M. J. I.
700 1 $aBOLIGON, A. A.
700 1 $aBRACCINI, J.
700 1 $aCARDOSO, F. F.
773 $tJournal of Animal Breeding and Genetics$gv. 137, n. 5, p. 449-467, Sept. 2020.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Corte. Para informações adicionais entre em contato com cnpgc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
|
Data corrente: |
16/05/2010 |
|
Data da última atualização: |
16/05/2010 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
|
Autoria: |
SILVA, J. V. L. da; DALLACORT, R.; INOUE, M. H.; OLIVEIRA, M. A. de; AZEVEDO, V. H. de; ALMEIDA, R. G. de. |
|
Afiliação: |
João Vitor Lino da Silva, Universidade do Estado de Mato Grosso - Unemat, Tangará da Serra, MT.; Rivanildo Dallacort, Professor(a) do Departamento de Agronomia, Unemat,, Tangará da Serra, MT.; Miriam Hiroko Inoue, Professor(a) do Departamento de Agronomia, Unemat,, Tangará da Serra, MT.; Marco Antonio de Oliveira, Professor da SECITEC, Diamantino, MT.; Virginia Helena de Azevedo, Professor(a) do Departamento de Agronomia, Unemat,, Tangará da Serra, MT.; ROBERTO GIOLO DE ALMEIDA, CNPGC. |
|
Título: |
Produção de forragem e valor nutritivo do capim-marandu submetido a doses de torta de pinhão manso. |
|
Ano de publicação: |
2009 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009. |
|
Páginas: |
3 p. |
|
Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
O experimento foi realizado na Universidade do Estado de Mato Grosso (Unemat), Campus de Tangará da Serra, MT, no período de novembro de 2007 a abril de 2008. Objetivou-se avaliar o efeito da torta de pinhão manso sobre a produção de forragem e o valor nutritivo do capim-marandu (Brachiaria brizantha cv. Marandu). Adotou-se o delineamento em blocos completos casualizados em esquema de parcelas subdivididas no tempo, com quatro repetições. As parcelas corresponderam às doses de torta de pinhão manso (0, 3, 6, 9 e 12 t/ha), e as subparcelas, às datas de corte da forragem (fevereiro e abril de 2008). As doses de pinhão manso foram aplicadas a lanço sobre o capim-marandu já estabelecido, em novembro de 2007. Após 60 dias, foi realizado corte de uniformização a 0,20 m do nível do solo. A partir daí, os cortes para avaliação da forragem foram realizados a intervalos de 45 dias e a 0,20 m do nível do solo. Observou-se que o uso da torta de pinhão manso aumentou a altura do dossel, a massa seca de lâmina foliar, a massa seca da parte aérea e a relação folha:colmo do capim-marandu, em dois cortes durante o período das águas, e não alterou os teores de proteína bruta, de FDA, de FDN e de digestibilidade in vitro da matéria orgânica da forragem, no último corte. |
|
Palavras-Chave: |
Marandu; Pinhão manso. |
|
Thesagro: |
Forragem; Pastagem. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02107naa a2200241 a 4500
001 1853099
005 2010-05-16
008 2009 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA, J. V. L. da
245 $aProdução de forragem e valor nutritivo do capim-marandu submetido a doses de torta de pinhão manso.
260 $c2009
300 $a3 p.$c1 CD-ROM.
520 $aO experimento foi realizado na Universidade do Estado de Mato Grosso (Unemat), Campus de Tangará da Serra, MT, no período de novembro de 2007 a abril de 2008. Objetivou-se avaliar o efeito da torta de pinhão manso sobre a produção de forragem e o valor nutritivo do capim-marandu (Brachiaria brizantha cv. Marandu). Adotou-se o delineamento em blocos completos casualizados em esquema de parcelas subdivididas no tempo, com quatro repetições. As parcelas corresponderam às doses de torta de pinhão manso (0, 3, 6, 9 e 12 t/ha), e as subparcelas, às datas de corte da forragem (fevereiro e abril de 2008). As doses de pinhão manso foram aplicadas a lanço sobre o capim-marandu já estabelecido, em novembro de 2007. Após 60 dias, foi realizado corte de uniformização a 0,20 m do nível do solo. A partir daí, os cortes para avaliação da forragem foram realizados a intervalos de 45 dias e a 0,20 m do nível do solo. Observou-se que o uso da torta de pinhão manso aumentou a altura do dossel, a massa seca de lâmina foliar, a massa seca da parte aérea e a relação folha:colmo do capim-marandu, em dois cortes durante o período das águas, e não alterou os teores de proteína bruta, de FDA, de FDN e de digestibilidade in vitro da matéria orgânica da forragem, no último corte.
650 $aForragem
650 $aPastagem
653 $aMarandu
653 $aPinhão manso
700 1 $aDALLACORT, R.
700 1 $aINOUE, M. H.
700 1 $aOLIVEIRA, M. A. de
700 1 $aAZEVEDO, V. H. de
700 1 $aALMEIDA, R. G. de
773 $tIn: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Inovação científica e tecnológica em zootecnia: anais dos resumos. Maringá: SBZ: UEM, 2009.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
