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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
26/02/2016 |
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
IANELLA, P.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, F. S. de; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
Afiliação: |
PATRICIA IANELLA, CENARGEN; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; LUCIANA CRISTINE VASQUES VILLELA, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; FERNANDA STRINGASSI DE OLIVEIRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
Título: |
SNP discovery in the South American freshwater fish tambaqui (Colossoma macropomum) by deep sequencing of reduced representation libraries. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
PAG 2016. Pôster P0484. |
Conteúdo: |
Tambaqui is the most important native fresh water fish species cultured in Brazil, with current yearly production levels exceeding 200.000mt. Efforts to structure genetic improvement programs for increasing productivity are recent and will greatly benefit from the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Recent efforts have produced a draft genome sequence for this species. Reduced representation libraries of varying fragment sizes were produced with bulked DNA samples and sequenced with 2x160bp Illumina protocols to produce >720million reads. Generated reads were aligned with the draft reference genome sequence using BWA and SNP discovery was performed using Freebayes. An estimated 12% of the tambaqui genome was sequenced with a depth of >100 reads. A total of 993.935 SNPs were observed with read depths >60 (median: 438) and minor allele frequencies >0.05 (MAF 0.05-0.15: 94.102 SNPs; 0.15-0.25: 326.575; 0.25-0.35: 255.967; 0.35-0.45: 215.054; 0.45-0.50: 102.237).This represents the first report of an extensive effort to identify SNP markers for this species and will be a valuable source of information for designing marker panels with varying applications. |
Palavras-Chave: |
Genômica; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Colossoma Macropomum. |
Thesaurus Nal: |
Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140249/1/PAG-p0484.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
14/01/1997 |
Data da última atualização: |
06/09/2019 |
Autoria: |
SILVA, J. G. C. da. |
Afiliação: |
João Gilberto Corrêa da Silva, Universidade Federal de Pelotas - UFPel/Instituto de Física e Matemática. |
Título: |
Análise da adaptabilidade através de regressão linear segmentada. 1. Fundamentos. |
Ano de publicação: |
1995 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 30, n. 4, p. 435-448, abr. 1995. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Título em inglês: Analysis of adaptation through segmented linear regression. I. Foundations. |
Conteúdo: |
O método de regressão linear simples de Finlay & Wilkinson (1963), estendido por Eberhart & Russel (1966), tem sido o mais utilizado para caracterização da estabilidade fenotípica e adaptabilidade de plantas cultivadas. Este método, entretanto, não permite a identificação dos distintos comportamentos das respostas de genótipos a variação de ambiente. Em particular, ele não e apropriado para identificar genótipos com as características desejáveis, isto e, que sejam responsivos a ambientes favoráveis ou melhorados e mantenham produção razoável em ambientes adversos. Com esse argumento, Silva & Barreto (1985) propõem representar a resposta de um genótipo a gama de ambientes por um gráfico composto de dois segmentos de reta, conectados no ponto correspondente ao índice de ambiente nulo. Este artigo expõe os fundamentos deste método e sua abordagem como uma extensão do método de regressão linear simples para proporcionar mais ampla flexibilidade para a caracterização dos distintos comportamentos das respostas de genótipos a variação de ambientes. A aplicação do método será ilustrada em artigo que segue. |
Palavras-Chave: |
Adaptabilidade ao ambiente; Environmental adaptation; Estabilidade fenotipica; Genotype x environment interaction; Interacao genotipo x ambiente; Phenotypic stability. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/AI-SEDE/19403/1/pab03_abr_95.pdf
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Marc: |
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