Data/hora: 04/06/2024 13:23:53

Biblioteca(s): | Embrapa Unidades Centrais.
Data corrente: | 16/02/2012
Data da última atualização: | 17/04/2018
Autoria: | NASCIMENTO, M.; SÁFADI, T.; SILVA, F. F. e.
Afiliação: | Moysés Nascimento, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística; Thelma Sáfadi, Universidade Federal de Lavras, Departamento de Ciências Exatas; Fabyano Fonseca e Silva, Universidade Federal de Viçosa, Departamento de Estatística.
Título: | Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel.
Ano de publicação: | 2011
Fonte/Imprenta: | Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 11, p. 1489-1495, nov. 2011
Idioma: | Português
Notas: | Título em inglês: Application of cluster analysis of temporal gene expression data to panel data.
Conteúdo: | O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").
Palavras-Chave: | Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal; Tocher’s method.
Thesaurus Nal: | bioinformatics.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54279/1/46n11a10.pdf
Registro original: | Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE)
Exemplares: | AI-SEDE - (52628-1) - UPE - AP - PP - 630.72081 - P474 -  - DIS