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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
01/10/2012 |
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Data da última atualização: |
07/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ARAÚJO, C. de L.; AQUINO, D. A. L. de; SENA, E. M. N. de; LIRA, I. C. de S. A.; PASSOS, L. R. G.; SILVA, M. L. da; FERREIRA, M. A. J. F. |
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Afiliação: |
CAROENE DE LIMA ARAÚJO; DEISY AIANE L. DE AQUINO; ELIZA MAIARA N. DE SENA; IRLANE CRISTINE DE S. A. LIRA; LEILA REGINA G. PASSOS; MARIA LUCIENE DA SILVA; MARIA ALDETE JUSTINIANO F FERREIRA, CPATSA. |
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Título: |
Guardiões e variedades locais de hortaliças em comunidades rurais do Semiárido brasileiro. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Horticultura Brasileira, v. 30, n. 2, p. S4420-S4425, jul. 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Suplemento. Edição dos Anais do 52 Congresso Brasileiro de Olericultura, Salvador, jul. 2012. |
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Conteúdo: |
O presente trabalho teve como objetivo identificar guardiões e variedades locais (VLs) de hortaliças, bem como o seu uso em quatro comunidades do semiárido brasileiro (Comunidade Cacimba do Baltazar, Comunidade Caiçara, ambas em Petrolina-PE; Tanque Novo, Casa Nova-BA e Vereda do Mari, Sento Sé-BA). O registro é importante para proteger o material genético contra a biopirataria, monitorar a erosão genética e preparar as unidades de produção familiares para o desenvolvimento de ações de conservação, além de conscientizar a sociedade sobre a contribuição dos guardiões de sementes na conservação dos recursos genéticos. A metodologia consistiu na aplicação de ferramentas comunitárias e questionários com agricultores familiares no período de setembro de 010 à fevereiro de 2012 . Foi registrada a existência de 32 guardiões de 83 variedades locais, conservadas há pelo menos 10 anos, sendo um agricultor da comunidade Cacimba do Baltazar, um da Comunidade Caiçara, oito agricultores da Comunidade Tanque Novo e 22 da Comunidade Vereda do Mari. As variedades locais identificadas foram: abóbora (26), batata doce (5), caxixe (3), chuchu (1), maxixe (1), melancia (46) e melão (1). Assim, constatou-se que 96,5% das sementes tiveram como origem os parentes, amigos ou vizinhos, que são utilizadas principalmente para alimentação da família e de animais. Destas apenas 43% são comercializadas. Portanto, o fortalecimento das comunidades nos processos de conservação possibilitará um melhor entendimento dos agricultores acerca dos seus recursos genéticos, refletindo na conservação de VLs, que, se estudadas e melhor exploradas, poderão promover a auto- sustentabilidade da comunidade. MenosO presente trabalho teve como objetivo identificar guardiões e variedades locais (VLs) de hortaliças, bem como o seu uso em quatro comunidades do semiárido brasileiro (Comunidade Cacimba do Baltazar, Comunidade Caiçara, ambas em Petrolina-PE; Tanque Novo, Casa Nova-BA e Vereda do Mari, Sento Sé-BA). O registro é importante para proteger o material genético contra a biopirataria, monitorar a erosão genética e preparar as unidades de produção familiares para o desenvolvimento de ações de conservação, além de conscientizar a sociedade sobre a contribuição dos guardiões de sementes na conservação dos recursos genéticos. A metodologia consistiu na aplicação de ferramentas comunitárias e questionários com agricultores familiares no período de setembro de 010 à fevereiro de 2012 . Foi registrada a existência de 32 guardiões de 83 variedades locais, conservadas há pelo menos 10 anos, sendo um agricultor da comunidade Cacimba do Baltazar, um da Comunidade Caiçara, oito agricultores da Comunidade Tanque Novo e 22 da Comunidade Vereda do Mari. As variedades locais identificadas foram: abóbora (26), batata doce (5), caxixe (3), chuchu (1), maxixe (1), melancia (46) e melão (1). Assim, constatou-se que 96,5% das sementes tiveram como origem os parentes, amigos ou vizinhos, que são utilizadas principalmente para alimentação da família e de animais. Destas apenas 43% são comercializadas. Portanto, o fortalecimento das comunidades nos processos de conservação possibilitará um melhor entendi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Agrobiodiversidade; Comunidades tradicionais; Vegetable. |
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Thesagro: |
Agricultura Familiar; Hortaliça. |
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Thesaurus Nal: |
Vegetables. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/67210/1/Aldete2.pdf
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Marc: |
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520 $aO presente trabalho teve como objetivo identificar guardiões e variedades locais (VLs) de hortaliças, bem como o seu uso em quatro comunidades do semiárido brasileiro (Comunidade Cacimba do Baltazar, Comunidade Caiçara, ambas em Petrolina-PE; Tanque Novo, Casa Nova-BA e Vereda do Mari, Sento Sé-BA). O registro é importante para proteger o material genético contra a biopirataria, monitorar a erosão genética e preparar as unidades de produção familiares para o desenvolvimento de ações de conservação, além de conscientizar a sociedade sobre a contribuição dos guardiões de sementes na conservação dos recursos genéticos. A metodologia consistiu na aplicação de ferramentas comunitárias e questionários com agricultores familiares no período de setembro de 010 à fevereiro de 2012 . Foi registrada a existência de 32 guardiões de 83 variedades locais, conservadas há pelo menos 10 anos, sendo um agricultor da comunidade Cacimba do Baltazar, um da Comunidade Caiçara, oito agricultores da Comunidade Tanque Novo e 22 da Comunidade Vereda do Mari. As variedades locais identificadas foram: abóbora (26), batata doce (5), caxixe (3), chuchu (1), maxixe (1), melancia (46) e melão (1). Assim, constatou-se que 96,5% das sementes tiveram como origem os parentes, amigos ou vizinhos, que são utilizadas principalmente para alimentação da família e de animais. Destas apenas 43% são comercializadas. Portanto, o fortalecimento das comunidades nos processos de conservação possibilitará um melhor entendimento dos agricultores acerca dos seus recursos genéticos, refletindo na conservação de VLs, que, se estudadas e melhor exploradas, poderão promover a auto- sustentabilidade da comunidade.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
26/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
RIBEIRO, I. M.; BORGES, C. C. H.; SILVA, B. Z.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
A genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista de Informática Teórica e Aplicada, v. 25, n. 2, p. 85-92, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of heritability is proposed. The developing model is a aplication of genetic programming with a specialized initialization for the initial population consisting of a random forest strategy. The initialization process aims to rank the most important SNPs increasing the probability of their insertion in the initial population of the genetic programming model. The expected behavior of the presented model for the obtainment of the causal markers intends to be robust in relation to the heritability level. The simulated experiments are case-control type with heritability level of 0.4, 0.3, 0.2 and 0.1 considering scenarios with 100 and 1000 markers. Our approach was compared with the GPAS software and a genetic programming algorithm without the initialization step. The results show that the use of an efficient population initialization method based on ranking strategy is very promising compared to other models. MenosAbstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of heritability is proposed. The developing model is a aplication of genetic programming with a specialized initialization for the initial population consisting of a random forest strategy. The initialization process aims to rank the most important SNPs increasing the probability of their insertion in the initial population of the genetic programming model. The expected behavior of the presented model for the obtainment of the causal markers intends to be robust in relation to the heritability level. The simulated experiments are case-control type with heritability level of 0.4, 0.3, 0.2 and 0.1 considering scenarios with 100 and 1000 markers. Our approach was compared with the GPAS software and a genetic programming algorithm without... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Computational Modeling; Genetic Programming; GWAS; Mathematical Modeling; Random Forest; SNP. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/189322/1/Artigo-RevInfTeorApl.pdf
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Marc: |
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245 $aA genetic programming model for association studies to detect epistasis in low heritability data.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aAbstract The genome-wide associations studies (GWAS) aims to identify the most influential markers in relation to the phenotype values. One of the substantial challenges is to find a non-linear mapping between genotype and phenotype, also known as epistasis, that usually becomes the process of searching and identifying functional SNPs more complex. Some diseases such as cervical cancer, leukemia and type 2 diabetes have low heritability. The heritability of the sample is directly related to the explanation defined by the genotype, so the lower the heritability the greater the influence of the environmental factors and the less the genotypic explanation. In this work, an algorithm capable of identifying epistatic associations at different levels of heritability is proposed. The developing model is a aplication of genetic programming with a specialized initialization for the initial population consisting of a random forest strategy. The initialization process aims to rank the most important SNPs increasing the probability of their insertion in the initial population of the genetic programming model. The expected behavior of the presented model for the obtainment of the causal markers intends to be robust in relation to the heritability level. The simulated experiments are case-control type with heritability level of 0.4, 0.3, 0.2 and 0.1 considering scenarios with 100 and 1000 markers. Our approach was compared with the GPAS software and a genetic programming algorithm without the initialization step. The results show that the use of an efficient population initialization method based on ranking strategy is very promising compared to other models.
650 $aBioinformatics
653 $aComputational Modeling
653 $aGenetic Programming
653 $aGWAS
653 $aMathematical Modeling
653 $aRandom Forest
653 $aSNP
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700 1 $aSILVA, B. Z.
700 1 $aARBEX, W. A.
773 $tRevista de Informática Teórica e Aplicada$gv. 25, n. 2, p. 85-92, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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