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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
18/01/2017 |
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Data da última atualização: |
18/01/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GLÓRIA, L. S.; CRUZ, C. D.; VIEIRA, R. A. M.; RESENDE, M. D. V. de; LOPES, P. S.; SIQUEIRA, O. H. G. B. D. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Leonardo Siqueira Glória, UFV; Cosme Damião Cruz, UFV; Ricardo Augusto Mendonça Vieira, Universidade Estadual do Norte Fluminense; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Paulo Sávio Lopes, UFV; Otávio H. G. B. Dias de Siqueira, UFV; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Accessing marker effects and heritability estimates from genome prediction by Bayesian regularized neural networks. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 191, p. 91-96, Sept. 2016. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.1016/j.livsci.2016.07.015 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Recently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively to the phenotype expression when using ANN for genomic predictions. MenosRecently, there is an increasing interest on semi- and non-parametric methods for genome-enabled prediction, among which the Bayesian regularized artificial neural networks (BRANN) stand. We aimed to evaluate the predictive performance of BRANN and to exploit SNP effects and heritability estimates using two different approaches (relative importance-RI, and relative contribution-RC). Additionally, we aimed also to compare BRANN with the traditional RR-BLUP and BLASSO by using simulated datasets. The simplest BRANN (net1), RR-BLUP and BLASSO methods outperformed other more parameterized BRANN (net2, net3, ? net6) in terms of predictive ability. For both simulated traits (Y1 and Y2) the net1 provided the best h2 estimates (0.33 for both, being the true h2=0.35), whereas RR-BLUP (0.18 and 0.22 for Y1 and Y2, respectively) and BLASSO (0.20 and 0.26 for Y1 and Y2, respectively) underestimated h2. The marker effects estimated from net1 (using RI and RC approaches) and RR-BLUP were similar, but the shrinkage strength was remarkable for BLASSO on both traits. For Y1, the correlation between the true fifty QTL effects and the effects estimated for the SNPs located in the same QTL positions were 0.61, 0.60, 0.60 and 0.55, for RI, RC, RR-BLUP and BLASSO; and for Y2, these correlations were 0.81, 0.81, 0.81 and 0.71, respectively. In summary, we believe that estimates of SNP effects are promising quantitative tools to bring discussions on chromosome regions contributing most effectively ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genetic parameters; QTL; Redes neurais. |
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Thesagro: |
Parâmetro Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Marker-assisted selection; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 17 | |
| 1. |  | SOARES, C. O.; MADRUGA, C. R.; CUNHA, N. C.; MADUREIRA, R. C.; SCOFIELD, A.; SOUZA, J. C. P. Avaliação e validação de um ensaio de imunoadsorção enzimática (ELISA) indireto para detecção de anticorpos anti-Anaplasma marginale Theiler 1910. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 26., 1999, Campo Grande, MS. Resumo dos trabalhos científicos. Campo Grande, MS: SBMV: SOMVET: CRMV, 1999.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 2. | | SCOFIELD, A.; SOARES, C. O.; SOUZA, J. C. P.; MADRUGA, C. R.; FONSECA, A. H.; MASSARD~, C. L. Desenvolvimento de um ensaio de imunoadsorcao enzimatica (ELISA) indireto para deteccao de anticorpos anti-Babesia bovis (Babes, 1888). In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.199. CNPGC. Resumo TL-PB-184.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 3. | | ELISEI, C.; ARAÚJO, F. R.; SCOFIELD, A.; FERNANDES, K. R.; FORLANO, M. D.; SOARES, C. O.; MASSARD, C. L. Análise do polimorfismo de Plasmodium juxtanucleare por meio de PCR - RFLP. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, São Paulo, v.13, p. 245, 2004. Suplemento 1, ref. 156. Edição anais do XIII Congresso Brasileiro de Parasitologia Veterinária e I Simpósio Latino-Americano de Rickettsioses, Ouro Preto, MG, set. 2004. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 4. | | CUNHA-SANTOS, R; SILVA, A. M. M; CARVALHO, N.; LIMA, H. C; ARAUJO, F. R.; GÓES-CAVALCANTE, G.; SCOFIELD, A. Estudo soroepidemiológico da tristeza parasitária bovina na mesorregião sudoeste do estado do Pará. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 16., 2010, Campo Grande, MS. [Anais...]. Campo Grande, MS: Colégio Brasileiro de Parasitologia Veterinária, 2010. 1 CD-ROM. 1 p.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 5. | | BAÊTA, A. P.; SCOFIELD, A. L.; PEREZ, D. V.; FELIZZOLA, J.; AMARAL, C. M.; WAGENER, A. L. R. Caracterização de oleaginosas utilizadas na produção de biocombustíveis através da técnica de AE-EMRI (analisador elementar acoplado ao espectrômetro de massas de razão isotópica). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Solos. |
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| 6. | | BAÊTA, A. P.; SCOFIELD, A. L.; PEREZ, D. V.; FELIZZOLA, J. F.; AMARAL, C. M.; WAGENER, A. L. R. Caracterização de oleaginosas utilizadas na produção de biocombustíveis através da técnica de AE-EMRI ( ANALISADOR ELEMENTAR ACOPLADO AO ESPECTRÔMETRO DE MASSAS DE RAZÃO ISOTÓPICA). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 3| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 7. | | PORCINO, W. C.; SOARES, C. O.; SOUZA, J. C. P.; SCOFIELD, A.; FONSECA, A. H.; MADRUGA, C. R. Prevalência de anticorpos anti-Anaplasma marginale Theiler, 1910 (Ricketsiales: anaplasmataceae em bovinos na mesorregião serrana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 26., 1999, Campo Grande, MS. Resumo dos trabalhos científicos. Campo Grande, MS: SBMV: SOMVET: CRMV, 1999.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | MADUREIRA, R. C.; SCOFIELD, A.; SOARES, C. O.; SOUZA, J. C. P.; MADRUGA, C. R.; PORCINO, W. C. Prevalência de anticorpos anti-Babesia bovis (Babés, 1888) (Apicomplexa: Babesiidae) em bovinos na mesorregião serrana. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 26., 1999, Campo Grande, MS. Resumo dos trabalhos científicos. Campo Grande, MS: SBMV: SOMVET: CRMV, 1999.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | ELISEI, C.; FERNANDES, K. R.; MADUREIRA, R. C.; SCOFIELD, A.; FORLANO, M. D.; SOARES, C. O.; MASSARD, C. L. Parasitemia de diferentes isolados de Plasmodium juxtanucleare. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, São Paulo, v.13, p. 246, 2004. Suplemento 1, ref. 157. Edição anais do XIII Congresso Brasileiro de Parasitologia Veterinária e I Simpósio Latino-Americano de Rickettsioses, Ouro Preto, MG, set. 2004. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | YOSHINARI, N. H.; SOARES, C. O.; FONSECA, A. H.; SCOFIELD, A.; BONALDI, V. L. N.; ABRAHAO, M.; BARROS-BATTESTI, D.M.; MADRUGA, C. R. serology for Babesia bovis in human patients with Lyne - Lyke disease syndrome,syphylis, septicemia and autoimmune diseases. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF ENTOMOLOGY, 21.; BRAZILIAN CONGRESS OF ENTOMOLOGY, 18.; 2000, Foz do Iguacu. Abstracts. Londrina: Embrapa Soja, 2000. v.2. p.820. CNPGC.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 11. | | ELISEI, C.; FERNANDES, K. R.; FORLANO, M. D.; MADUREIRA, R. C.; SCOFIELD, A.; YOTOKO, K. S. C.; SOARES, C. O.; ARAUJO, F. R.; MASSARD, C. L. Morphology and morphometry of three Plasmodium juxtanucleare (Apicomplexa: Plasmodiidae) isolates. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 16, n. 3, p. 139-144, jul./set. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | OLIVEIRA, C. A.; SILVA, A. O. F.; CERQUEIRA, V. D.; SCOFIELD, A.; ALMEIDA, M. B.; RIET-CORREA, F.; FELIPPE-BAUER, M. L.; RIET-CORREA, G. Allergic dermatitis caused by Culicoides in Texel sheep in the state of Pará, Brazil. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 4, p. 301-306, abril 2017. Título em português: Dermatite alérgica causada por Culicoides em ovinos Texel no estado do Pará.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 14. | | SOUZA, J. C. P.; SOARES, C. D.; CUNHA, N. C.; SCOFIELD, A.; MADRUGA, C. R.; MASSARD, C. L.; FONSECA, A. H. Soroprevalencia de babesia bigemina (Smith & Kilborne, 1893) (Apicomplexa: Babesiidae) em bovinos na mesorregiao norte fluminense. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.198. CNPGC. Resumo TL-PB-179.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 15. | | CUNHA, N. C.; SOUZA, J. C. P.; SOARES, C. O.; SCOFIELD, A.; MADRUGA, C. R.; MASSARD, C. L.; FONSECA, A. H. Soroprevalencia de Babesia bovis (Babes, 1888) Apicomplexa: Babesiidae) em bovinos na mesorregiao do medio Paraiba do Estado do Rio de Janeiro. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.200. CNPGC. Resumo TL-PB-187.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 16. | | SOUZA, J. C. P.; SOARES, C. O.; MADUREIRA, R. C.; CUNHA, N. C.; SCOFIELD, A.; MASSARD, C. L.; MADRUGA, C. R. Soroprevalencia de Babesia bovis (Babes, 1888) Apicomplexa: Babesiidae) em bovinos na mesorregiao norte fluminense. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.199. CNPGC. Resumo TL-PB-180.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 17. | | FORLANO, M. D.; TEIXEIRA, K. R. dos S.; SCOFIELD, A.; ELISEI, C.; YOTOKO, K. S. C.; FERNANDES, K. R.; LINHARES, G. F. C.; EWING, S. A.; MASSARD, C. L. Molecular characterization of Hepatozoon sp. from Brazilian dogs and its phylogenetic relationship with other Hepatozoon spp. Veterinary Parasitology, Amsterdam, v. 145, n. 1-2, p. 21-30, apr. 2007. Parceria: UCLA, Universidade Federal do Pará, Embrapa Gado de Corte, Universidade Católica do Rio Grande do Sul, UFRRJ, Universidade Federal de Goiás, Oklahoma State University| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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