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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
06/08/2015 |
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Data da última atualização: |
01/02/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
KUBOTA, T. Y. K.; MORAES, M. A. de; SILVA, E. C. B. da; PUPIN, S.; AGUIAR, A. V. de; MORAES, M. L. T. de; FREITAS, M. L. M.; SATO, A. S.; MACHADO, J. A. R.; SEBBENN, A. M. |
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Afiliação: |
Thaisa Yuriko Kuboyama Kubota, Pós-graduanda UNESP; Marcela Aparecida de Moraes, Pós-graduanda UNESP; Erica Cristina Bueno da Silva, Pós-graduanda da UNESP; Silvelise Pupin, Pós-graduanda da UNESP; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF; Mario Luiz Teixeira de Moraes, UNESP; Miguel Luiz Menezes Freitas, Instituto Florestal; Aida Sanae Sato, Instituto Florestal; José Arimatéia Rabelo Machado, Instituto Florestal; Alexandre Magno Sebbenn, Instituto Florestal. |
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Título: |
Variabilidade genética para caracteres silviculturais em progênies de polinização aberta de Balfourodendron riedelianum (Engler). |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 43, n. 106, p. 407-415, jun. 2015. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A fragmentação das florestas naturais tem reduzido as populações de muitas espécies de árvores ao redor do mundo. Devido a isso, é fundamental a adoção de estratégias de conservação genética ex situ para garantir a perpetuação dos recursos naturais atuais. Dentro deste contexto, o objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos em um teste de procedências e progênies de Balfourodendron riedelianum , estabelecido para fins de conservação genética ex situ na Estação Experimental de Pederneiras, do Instituto Florestal de São Paulo. Os seguintes caracteres silviculturais foram avaliados: altura, diâmetro a altura do peito (DAP), forma de tronco, bifurcação, volume e sobrevivência. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos de famílias compactas, com 46 progênies de polinização aberta procedentes de três populações naturais (13 progênies de Alvorada do Sul-PR, 16 de Gália-SP e 17 de Bauru-SP, seis repetições, subparcelas de cinco plantas em linha e espaçamento de 3 x 3 m. O teste foi mensurado aos 27 anos de idade e as estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP. Foram detectadas diferenças significativas pelo teste da razão de verossimilhança na análise de deviance das procedências para todos os caracteres. O coeficiente de herdabilidade, em nível de média de progênies variou de moderado a alto para todos os caracteres (0,38 a 0,63), indicando que substancial parte da variação fenotípica entre as progênies é de origem genética. Isso sugere a possibilidade de melhorar a média populacional dos descendentes desta população, pela seleção entre progênies. As estratégias de seleção de 60% dos indivíduos para o caractere DAP, utilizando o índice de multi-efeito revelaram baixos ganhos na seleção para todas as procedências. Os resultados também sugerem que as sementes coletadas no pomar de sementes proposto devem apresentar baixos incrementos nas médias do DAP, em razão do baixo ganho de seleção. MenosA fragmentação das florestas naturais tem reduzido as populações de muitas espécies de árvores ao redor do mundo. Devido a isso, é fundamental a adoção de estratégias de conservação genética ex situ para garantir a perpetuação dos recursos naturais atuais. Dentro deste contexto, o objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos em um teste de procedências e progênies de Balfourodendron riedelianum , estabelecido para fins de conservação genética ex situ na Estação Experimental de Pederneiras, do Instituto Florestal de São Paulo. Os seguintes caracteres silviculturais foram avaliados: altura, diâmetro a altura do peito (DAP), forma de tronco, bifurcação, volume e sobrevivência. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos de famílias compactas, com 46 progênies de polinização aberta procedentes de três populações naturais (13 progênies de Alvorada do Sul-PR, 16 de Gália-SP e 17 de Bauru-SP, seis repetições, subparcelas de cinco plantas em linha e espaçamento de 3 x 3 m. O teste foi mensurado aos 27 anos de idade e as estimativas dos parâmetros genéticos foram feitas utilizando-se a metodologia de modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP. Foram detectadas diferenças significativas pelo teste da razão de verossimilhança na análise de deviance das procedências para todos os caracteres. O coeficiente de herdabilidade, em nível de média de progênies variou de moderado a alto para todos os caracteres (0,38 a 0,63), indicando que substancial parte da variaç... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Teste de procedência. |
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Thesagro: |
Balfourodendron Riedelianum; Espécie Nativa; Parâmetro Genético; Pau Marfim. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/127524/1/2015-Ananda-SF-Variabilidade.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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