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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio-Norte. |
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Data corrente: |
26/02/2009 |
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Data da última atualização: |
04/03/2009 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LEGAT, A. P.; OLIVEIRA, J. A. de; ARAÚJO, A. da C.; SILVA, N. W. de O.; SOLE-CAVA, A. M.; LAZOSKI, C. V. da S.; MELO, C. M. R. de; GALVÉZ, A. O. |
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Afiliação: |
Angela Puchnick-Legat, Embrapa Meio-Norte; Jeudys Araújo de Oliveira, Embrapa; Antonio da Conceição Araújo, Embrapa Meio-Norte; Natelson Walber de Oliveira Silva Estagiário UFPI; Antonio Mateo Sole-Cava, Doutor Universidade Federal do Rio de Janeiro; Cristiano Valentim da Silva Lazoski, Professor Doutor Universidade Federal do Rio de Janeiro; Cláudio Manoel Rodrigues de Melo, Professor Doutor Universidade Federal de Santa Catarina; Alfredo Oliveira Galvéz, Professor Doutor Universidade Federal Rural de Pernambuco. |
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Título: |
Caracterização genética de ostras nativas nas regiões Nordeste e Sul do Brasil. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO DE AQUACIÊNCIA, 2008, Maringá. Desafios e inovação: resumos. Maringá: Aquabio: UEM, 2008. |
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Páginas: |
1 p. |
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Idioma: |
Português |
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Palavras-Chave: |
Cassostrea; Diferenciação genética; RFLP. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Meio-Norte (CPAMN) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
Internacional - A |
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Autoria: |
MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. |
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Afiliação: |
UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; GORAN NESHICH, CNPTIA; UFMG; UFMG; UFMG. |
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Título: |
Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins, a thrombin, a matriptase, and a kallikrein - all classified as serine proteases. We found 20 contacts conserved in trypsins and chymotrypsins and 3 specific ones are present in all the serine protease complexes studied. The method was able to identify important contacts for the protein family studied and the results are in agreement with the literature. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Contact maps; Interação proteína-proteína; Mapas de contato; Serine proteases. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; protein-protein interactions; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159705/1/AP-Finding-2007.pdf
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Marc: |
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520 $aWe propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins, a thrombin, a matriptase, and a kallikrein - all classified as serine proteases. We found 20 contacts conserved in trypsins and chymotrypsins and 3 specific ones are present in all the serine protease complexes studied. The method was able to identify important contacts for the protein family studied and the results are in agreement with the literature.
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773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 6, n. 4, p. 946-963, 2007.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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