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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
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Data corrente: |
24/09/2014 |
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Data da última atualização: |
24/09/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PICCOLI, M. L.; BRACINNI NETO, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S. |
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Afiliação: |
MARIO LUIZ PICCOLI, UFRGS; JOSÉ BRACINNI NETO, UFRGS; FERNANDO FLORES CARDOSO, CPPSUL; M. SARGOLZAEI, University of Guelph; FLÁVIO S. SCHENKEL, University of Guelph. |
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Título: |
Accuracy of genotype imputation with different low density panels in Braford and Hereford cattle. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of 0.977, with 93.3% of the animals imputed with a concordance rate above 0.95. The concordance rates for the other SNP panels were 0.872, 0.952, 0.957 and 0.958 for 3K, 6K, 8K and 20K SNP panel, respectively. Therefore, in the Braford/Hereford population considered in this study, all the alternative panels denser than 3K could be used for imputing to the 50K SNP panel with an overall high imputation accuracy. However, the best results were obtained with the customized 15K SNP instead of the alternative commercial panels. The use of Nellore sire genotypes and pedigree information did not increase accuracy of imputation in this population. |
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Palavras-Chave: |
Seleção genômica. |
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Thesagro: |
Gado de corte. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/109000/1/Piccoli-et-al.pdf
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Marc: |
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520 $aThe main objective of this research was to test alternative low density SNP panels to impute Illumina 50K SNP panel genotypes in Braford and Hereford cattle. Genotypes from 3,768 Hereford, Braford and Nellore animals were used for testing imputation from low density SNP panels (3K, 6K, 8K, 15K and 20K) to the Illumina 50K SNP panel, under four different scenarios: including or not Nellore genotypes in the reference population in combination with the use or not of pedigree information. There were no significant differences in imputation accuracy among these four scenarios within each panel. However, significant differences between panels were found. The best accuracy was given by a customized 15K SNP panel, with an overall genotype concordance rate of 0.977, with 93.3% of the animals imputed with a concordance rate above 0.95. The concordance rates for the other SNP panels were 0.872, 0.952, 0.957 and 0.958 for 3K, 6K, 8K and 20K SNP panel, respectively. Therefore, in the Braford/Hereford population considered in this study, all the alternative panels denser than 3K could be used for imputing to the 50K SNP panel with an overall high imputation accuracy. However, the best results were obtained with the customized 15K SNP instead of the alternative commercial panels. The use of Nellore sire genotypes and pedigree information did not increase accuracy of imputation in this population.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
20/03/2015 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
SANTOS, M. M. P.; DAHER, R. F.; PONCIANO, N. J.; GRAVINA, G. de A.; PEREIRA, A. V.; SANT'ANA, J. A. de A.; SANTOS, C. L. |
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Afiliação: |
MARCIA MARIA PAES SANTOS, UENF; IFES; ROGÉRIO FIGUEIREDO DAHER, UENF; NIRALDO JOSÉ PONCIANO, UFV; GERALDO DE AMARAL GRAVINA, UFV; ANTONIO VANDER PEREIRA, CNPGL; JOSÉ AUGUSTO DE ALMEIDA SANT'ANA, UENF; CARLOS LACY SANTOS, UFES. |
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Título: |
Características produtivas de capim-elefante sob doses de fósforo e nitrogênio para fins energéticos. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Científica - Revista de Ciências Agrárias, v. 42, n. 4, p. 354-365, 2014. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em busca de fontes de energia mais eficientes, a biomassa do capim-elefante é uma alternativa. Objetivou-se avaliar efeitos de doses de fósforo e de nitrogênio em cultivares de capim-elefante, em delineamento de blocos casualizados, com esquema de parcelas subsubdivididas, com três repetições. As cultivares constituíram as parcelas, o fósforo as subparcelas e o nitrogênio as subsubparcelas. Observou-se ausência de significância para fósforo e suas interações, e significância para outros fatores. Pelo teste de Tukey a 5%, ‘Cameroon-Piracicaba’ diferiu das demais no diâmetro do colmo e no número de plantas, e na largura de lâmina diferiu nas doses de 500 e 1.500 kg ha-1 de N. Na dose de 500 kg ha-1 de N, diferiu de ‘Cana-D’África’ na largura de lâmina, e esta diferiu de ‘Guaçu/IZ.2’ sem adubação nitrogenada. Na produção de matéria seca, o modelo ajustado para todas as cultivares foi o de segundo grau. As produtividades máximas de 15,62; 15,59 e 16,29 t ha-1 foram obtidas com adubação de 817,13; 1.039,47 e 1.004,43 kg ha-1 de N, respectivamente. A cv. Cana-D’África apresentou ajuste significativo (segundo grau) para número de plantas, com perfilhamento máximo de 33 plantas m-1 , na dose de 1.146,13 kg ha-1 de N, e linear para largura de lâmina. Entretanto, ‘Cameroon-Piracicaba’ teve largura máxima da lâmina foliar de 6,52 cm com 1.238,62 kg ha-1 de N. |
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Palavras-Chave: |
Análise de regressão; Características morfoagronômicas; Cultivares. |
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Thesagro: |
Biomassa; Pennisetum Purpureum. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/120779/1/Cnpgl-2014-Cientifica-Caracteristicas.pdf
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Marc: |
LEADER 02229naa a2200253 a 4500
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520 $aEm busca de fontes de energia mais eficientes, a biomassa do capim-elefante é uma alternativa. Objetivou-se avaliar efeitos de doses de fósforo e de nitrogênio em cultivares de capim-elefante, em delineamento de blocos casualizados, com esquema de parcelas subsubdivididas, com três repetições. As cultivares constituíram as parcelas, o fósforo as subparcelas e o nitrogênio as subsubparcelas. Observou-se ausência de significância para fósforo e suas interações, e significância para outros fatores. Pelo teste de Tukey a 5%, ‘Cameroon-Piracicaba’ diferiu das demais no diâmetro do colmo e no número de plantas, e na largura de lâmina diferiu nas doses de 500 e 1.500 kg ha-1 de N. Na dose de 500 kg ha-1 de N, diferiu de ‘Cana-D’África’ na largura de lâmina, e esta diferiu de ‘Guaçu/IZ.2’ sem adubação nitrogenada. Na produção de matéria seca, o modelo ajustado para todas as cultivares foi o de segundo grau. As produtividades máximas de 15,62; 15,59 e 16,29 t ha-1 foram obtidas com adubação de 817,13; 1.039,47 e 1.004,43 kg ha-1 de N, respectivamente. A cv. Cana-D’África apresentou ajuste significativo (segundo grau) para número de plantas, com perfilhamento máximo de 33 plantas m-1 , na dose de 1.146,13 kg ha-1 de N, e linear para largura de lâmina. Entretanto, ‘Cameroon-Piracicaba’ teve largura máxima da lâmina foliar de 6,52 cm com 1.238,62 kg ha-1 de N.
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650 $aPennisetum Purpureum
653 $aAnálise de regressão
653 $aCaracterísticas morfoagronômicas
653 $aCultivares
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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