| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|
Data corrente: |
27/10/2008 |
|
Data da última atualização: |
28/06/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
OLIVEIRA, E. J. de; DANTAS, J. L. L.; CASTELLEN, M. da S.; MACHADO, M. D. |
|
Afiliação: |
Eder Jorge de Oliveira, CNPMF; Jorge Luiz Loyola Dantas, CNPMF; Milene da Silva Castellen, CNPMF; Marlos Dourado Machado, UFRB. |
|
Título: |
Identificação de microsatélites para o mamoeio por meio da exploração do banco de dados de DNA. |
|
Ano de publicação: |
2008 |
|
Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 3, p. 841-845, set. 2008. |
|
ISSN: |
0100-2945 |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Os marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank/NCBI (National Center of Biotechnology Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As sequências foram obtidas no GenBank/NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Sequências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 sequências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compstos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de sequências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas sequências disponíveis, o genoma do mamoeiro apresenta, me média, um microssatélite a cada 5,65 Kb. MenosOs marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank/NCBI (National Center of Biotechnology Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As sequências foram obtidas no GenBank/NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Sequências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 sequências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compstos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de sequências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas sequências disponíveis, o genoma do mam... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Carica papaya L; GenBank; SSR. |
|
Thesagro: |
Marcador Molecular. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02269naa a2200217 a 4500
001 1655006
005 2023-06-28
008 2008 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a0100-2945
100 1 $aOLIVEIRA, E. J. de
245 $aIdentificação de microsatélites para o mamoeio por meio da exploração do banco de dados de DNA.$h[electronic resource]
260 $c2008
520 $aOs marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank/NCBI (National Center of Biotechnology Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As sequências foram obtidas no GenBank/NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Sequências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 sequências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compstos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de sequências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas sequências disponíveis, o genoma do mamoeiro apresenta, me média, um microssatélite a cada 5,65 Kb.
650 $aMarcador Molecular
653 $aCarica papaya L
653 $aGenBank
653 $aSSR
700 1 $aDANTAS, J. L. L.
700 1 $aCASTELLEN, M. da S.
700 1 $aMACHADO, M. D.
773 $tRevista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal$gv. 30, n. 3, p. 841-845, set. 2008.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 4 | |
| 3. |  | SANGUINO, A. C.; SANTANA, A. C. de; HOMMA, A. K. O.; BARROS, P. L. C. de; KATO, O. R.; AMIN, M. M. G. H. Avaliação econômica de sistemas agroflorestais no Estado do Pará. Revista de Ciências Agrárias, Belém, PA, n. 47, p. 71-88, jan./jun. 2007. Publicado também on-line.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 4. | | SANGUINO, A. C.; SANTANA, A. C. de; HOMMA, A. K. O.; BARROS, P. L. C. de; KATO, O. R.; AMIN, M. M. G. H. Análise econômica de investimentos em sistemas de produção agroflorestal no Estado do Pará. Revista de Ciências Agrárias, Belém, PA, n. 47, p. 23-47, jan./jun. 2007. Publicado também on-line.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| Registros recuperados : 4 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
