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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
20/11/2017 |
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Data da última atualização: |
20/11/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MÜLLER, B. S. F.; NEVES, L. G.; ALMEIDA FILHO, J. E. de; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; MUÑOZ, P. R.; SANTOS, P. E. T. dos; PALUDZYSZYN FILHO, E.; KIRST, M.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
Bárbara S. F. Müller, UnB; Leandro G. Neves, RAPiD Genomics LLC; Janeo E. de Almeida Filho, University of Florida; Márcio F. R. Resende Junior, RAPiD Genomics LLC; Patricio R. Muñoz, University of Florida; PAULO EDUARDO TELLES DOS SANTOS, CNPF; ESTEFANO PALUDZYSZYN FILHO, CNPF; Matias Kirst, University of Florida; DARIO GRATTAPAGLIA, Cenargen. |
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Título: |
Genomic prediction in contrast to a genome-wide association study in explaining heritable variation of complex growth traits in breeding populations of Eucalyptus. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 18, article 524, 2017. 17 p. |
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DOI: |
10.1186/s12864-017-3920-2 |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
Background: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic prediction models using ~5000?10,000 SNPs provided predictive abilities equivalent to using all 13,787 and 19,506 SNPs genotyped in the E. benthamii and E. pellita populations, respectively. No difference was detected in predictive ability when different sets of SNPs were utilized, based on position (equidistantly genome-wide, inside genes, linkage disequilibrium pruned or on single chromosomes), as long as the total number of SNPs used was above ~5000. Predictive abilities obtained by removing relatedness between training and validation sets fell near zero for E. benthamii and were halved for E. pellita. These results corroborate the current view that relatedness is the main driver of genomic prediction, although some short-range historical linkage disequilibrium (LD) was likely captured for E. pellita. A GWAS identified only one significant association for volume growth in E. pellita, illustrating the fact that while genome-wide regression is able to account for large proportions of the heritability, very little or none of it is captured into significant associations using GWAS in breeding populations of the size evaluated in this study. Conclusions: This study provides further experimental data supporting positive prospects of using genome-wide data to capture large proportions of trait heritability and predict growth traits in trees with accuracies equal or better than those attainable by phenotypic selection. Additionally, our results document the superiority of the whole-genome regression approach in accounting for large proportions of the heritability of complex traits such as growth in contrast to the limited value of the local GWAS approach toward breeding applications in forest trees. MenosBackground: The advent of high-throughput genotyping technologies coupled to genomic prediction methods established a new paradigm to integrate genomics and breeding. We carried out whole-genome prediction and contrasted it to a genome-wide association study (GWAS) for growth traits in breeding populations of Eucalyptus benthamii (n =505) and Eucalyptus pellita (n =732). Both species are of increasing commercial interest for the development of germplasm adapted to environmental stresses. Results: Predictive ability reached 0.16 in E. benthamii and 0.44 in E. pellita for diameter growth. Predictive abilities using either Genomic BLUP or different Bayesian methods were similar, suggesting that growth adequately fits the infinitesimal model. Genomic prediction models using ~5000?10,000 SNPs provided predictive abilities equivalent to using all 13,787 and 19,506 SNPs genotyped in the E. benthamii and E. pellita populations, respectively. No difference was detected in predictive ability when different sets of SNPs were utilized, based on position (equidistantly genome-wide, inside genes, linkage disequilibrium pruned or on single chromosomes), as long as the total number of SNPs used was above ~5000. Predictive abilities obtained by removing relatedness between training and validation sets fell near zero for E. benthamii and were halved for E. pellita. These results corroborate the current view that relatedness is the main driver of genomic prediction, although some short-range h... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Espécie exótica; Genomic selection; GWAS; Seleção genômica; SNP genotyping. |
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Thesagro: |
Eucalipto; Melhoramento genético vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Eucalyptus benthamii; Eucalyptus pellita; genetic relationships; marker-assisted selection; plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/166929/1/2017-PauloE-BMCG-Genomic-prediction.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/181027/1/s12864-017-3920-2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| 2. |  | CAMARGO, L. S. de A.; MUNK, M.; SALES, J. N.; WOHLRES-VIANA, S.; QUINTAO, C. C. R.; VIANA, J. H. M. Differential gene expression between in vivo and in vitro maturation: a comparative study with bovine oocytes derived from the same donor pool. JBRA Assisted Reproduction, v. 23, n. 1, p. 7-14, 2019. Na publicação: Luiz Sergio Almeida Camargo.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 3. | | BRANDAO, H. de M.; MADUREIRA, E. H.; SOUSA, R. V.; WOUTERS, F.; VARGAS, E. L.; SALES, J. N.; TRALDI, A. S. Influence of several insulin plasma concentration on progesterone production and histology of corpora lutea in superovulated ewes. In: ANNUAL CONFERENCE OT THE INTERNATIONAL EMBRYO TRANSFER SOCIETY, 36., 2010, Cordoba. Proceedings... Córdoba: ITES, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | MARSICO, T. V.; SALES, J. N. de S.; FERREIRA, C. R.; SUDANO, M. J.; VIANA, J. H. M.; CAMARGO, L. S. de A.; EBERLIN, M. N.; SENEDA, M. M.; BARUSELLI, P. S. Characteristic MALDI-MS lipid profiles of Gir, Holstein and crossbred (Gir x Holstein) oocytes recovered by ovum pick-up. Livestock Science, v. 243, 104380, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | SALES, J. N. S.; IGUMA, L. T.; BATISTA, R. I. T. P.; GAMA, M. A. S. da; CAMARGO, L. S. de A.; GIMENES, L. U.; MARQUES, M. G.; SIMOES, R.; FERNANDES, C. B.; VIANA, J. H. M.; BARUSELLI, P. S. Effect of different energy levels diet on oocyte quantity and quality of non lactating cows (Bos indicus and Bos taurus) submitted to ovum pick-up. Acta Scientiae Veterinariae, v. 38, p. s765, 2010. Supl.2.
Edição dos resumos da 24a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Tecnologia de Embriões, Porto de Galinhas, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 6. | | SERAPIÃO, R. V.; QUINTAO, C. C. R.; PEREIRA, M. M.; IGUMA, L. T.; CARVALHO, B. C.; POLISSENI, J.; SALES, J. N.; CAMPOS JUNIOR, P. H.; OLIVEIRA, A. P.; VIANA, J. H. M.; CAMARGO, L. S. de A. Desenvolvimento de embriões bovinos produzidos pela transferencia nuclear com citoplasma de oocitos maturados in vitro ou in vivo. In: SEMANA DE BIOLOGIA, 32., 2009, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: UFJF, 2009.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | SALES, J. N. S.; IGUMA, L. T.; QUINTAO, C. C. R.; GAMA, M. A. S. da; FREITAS, C. de; PEREIRA, M. M.; CAMARGO, L. S. de A.; VIANA, J. H. M.; BARUSELLI, P. S. Efeito da dieta com alta energia nos parâmetros metabólicos, endócrinos e reprodutivos de vacas Bos indicus e Bos taurus. Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Tecnologia de Embriões, 25., 2011, Cumbuco. Resumos... p. 395| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | SALES, J. N. S.; IGUMA, L. T.; BATISTA, R. I. T. P.; GAMA, M. A. S. da; CAMARGO, L. S. de A.; GIMENES, L. U.; MARQUES, M. G.; SIMOES, R.; FERNANDES, C. B.; VIANA, J. H. M.; BARUSELLI, P. S. Efeito da dieta com diferentes niveis de energia na quantidade e qualidade de oócitos de vacas não lactantes (Bos indicus e Bos taurus) submetidas a punção folicular. Acta Scientiae Veterinariae, v. 38, p. 385, 2010. Edição dos resumos da 24a Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Tecnologia de Embriões, Porto de Galinhas, 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | ANDRADE, J. P. N.; GOMEZ-LÉON, V. E.; ANDRADE, F. S.; CARVALHO, B. P.; LACOUTH, K. L.; GARCIA, F. Z.; JACOB, J. C. F.; SALES, J. N. S.; WILTBANK, M. C.; MELLO, M. R. B. Development of a novel 21-day reinsemination program, ReBreed21, in Bos indicus heifers. Theriogenology, v. 115, p. 125-131, Oct. 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 18. | | IGUMA, L. T.; PEREIRA, M. M.; WOHLRES-VIANA, S.; SALES, J. N. S.; QUINTAO, C. C. R.; PINTO, I. S. B.; SERAPIÃO, R. V.; BRITO, S. G.; CARAVALHO, B. C.; VIANA, J. H. M.; CAMARGO, L. S. de A.; MARTINS, M. F. Relative abundance of material transcripts in oocytes with and without polar body after in vitro maturation. In: Annual Meeting SBTE, 25., 2011. Abstracts...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 19. | | IGUMA, L. T.; PEREIRA, M. M.; VIANA, S. W.; SALES, J. N. S.; QUINTAO, C. C. R.; PINTO, I. S. B.; SERAPIÃO, R. V.; BRITO, S. G.; CARVALHO, B. C. de; VIANA, J. H. M.; CAMARGO, L. S. de A.; MARTINS, M. F. Quantificação relativa de transcritos maternos em oocitos bovinos com e sem corpúsculo polar após maturação in vitro. In: Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Tecnologia de Embriões, 25., 2011, Cumbuco. Resumos... p. 459| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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