Data/hora: 22/06/2024 16:48:05

Biblioteca(s): | Embrapa Café.
Data corrente: | 21/10/2011
Data da última atualização: | 21/10/2011
Autoria: | PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S.
Afiliação: | Guilherme Ferreira Pena, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; Juliano Lino Ferreira, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; Eunize Maciel Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; Laércio Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Universidade Federal de Viçosa.
Título: | Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café.
Ano de publicação: | 2009
Fonte/Imprenta: | In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.
Idioma: | Português
Conteúdo: | Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs.
Palavras-Chave: | EST-SSR; SSR.
Thesagro: | Marcador Molecular.
Thesaurus Nal: | Coffea.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44115/1/Identificacao-e-caracterizacao-de-microssatelites.pdf
Registro original: | Embrapa Café (CNPCa)
Exemplares: | CNPCa - (314-1) - UPC - AA - DD -  -  -  - DIS