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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
07/01/2010 |
Data da última atualização: |
15/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
HIGA, R. H.; TOZZI, C. L. |
Afiliação: |
ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; CLÉSIO LUIS TOZZI, FEEC/UNICAMP. |
Título: |
Prediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters. |
Ano de publicação: |
2008 |
Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. |
Páginas: |
Não paginado. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
X-meeting 2008. |
Conteúdo: |
In this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on the structure of the protein in complex, so that the predictor can also be used when the interface region is unknown. Despite the fact that no information concerning proteins in complex is used for prediction, the application of the method to a compiled dataset described in the literature achieved a performance of 60.4 percent, as measured by F-Measure, corresponding to a recall of 78.1 percent and a precision of 49.5 percent. This result is higher than those reported by previous studies using the same data set. |
Palavras-Chave: |
Estrutura proteica; Hot spot residues; Hot spots; Hot spots prediction; Interações proteína-proteína. |
Thesaurus Nal: |
Protein structure. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
Marc: |
LEADER 01492nam a2200217 a 4500 001 1579862 005 2020-01-15 008 2008 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aHIGA, R. H. 245 $aPrediction of binding hot spot residues by using structural and evolutionary parameters.$h[electronic resource] 260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C$c2008 300 $aNão paginado. 500 $aX-meeting 2008. 520 $aIn this work, we present a method for predicting hot spot residues by using a set of structural and evolutionary parameters. Unlike previous studies, we use a set of parameters which do not depend on the structure of the protein in complex, so that the predictor can also be used when the interface region is unknown. Despite the fact that no information concerning proteins in complex is used for prediction, the application of the method to a compiled dataset described in the literature achieved a performance of 60.4 percent, as measured by F-Measure, corresponding to a recall of 78.1 percent and a precision of 49.5 percent. This result is higher than those reported by previous studies using the same data set. 650 $aProtein structure 653 $aEstrutura proteica 653 $aHot spot residues 653 $aHot spots 653 $aHot spots prediction 653 $aInterações proteína-proteína 700 1 $aTOZZI, C. L.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registros recuperados : 9 | |
3. |  | REIS, C. R. G. dos; MARQUES, R.; KELMER, G. A. R; CHIAVEGATTO, R. B.; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Efeito da pré-suplementação com ferro no estudo da toxidez por alumínio em Brachiaria brizantha. In: SIMPÓSIO MINEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 2010, Viçosa, MG. Anais... Viçosa: UFV, 2010. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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4. |  | CHIAVEGATTO, R. B.; MARQUES, R.; REIS, C. R. G. dos; SILVA, C. O.; CAMPOS, F. V. de; COSTA, A. M. da; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Efeitos da toxidez por cromo em caracteres relacionados ao sistema radicular de Brachiaria ruziziensis. In: MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 16.; SEMANA DE BIOLOGIA, 32., 2010, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de Fora, 2010. p. 67-72.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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5. |  | MARQUES, R.; REIS, C. R. G. dos; CHIAVEGATTO, R. B.; SILVA, C. O.; CAMPOS, F. V. de; COSTA, A. M. da; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Acúmulo de biomassa em Brachiaria ruziziensis sob estresse por CR (III). In: MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 16.; SEMANA DE BIOLOGIA, 33., 2010, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de Fora, 2010. p. 91-95.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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6. |  | SILVA, C. O.; MARQUES, R.; REIS, C. R. G. dos; CHIAVEGATTO, R. B.; CAMPOS, F. V. de; MITTELMANN, A.; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Avaliação do teor de carboidratos ácido-digeríveis em genótipos de azevém (Lollium multiflorum). In: MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 16.; SEMANA DE BIOLOGIA, 33., 2010, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de Fora, 2010. p. 73-78.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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7. |  | CAMPOS, F. V. de; MARQUES, R.; REIS, C. R. G. dos; CHIAVEGATTO, R. B.; SILVA, C. O.; COSTA, A. M. da; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Teor de clorofila e taxa de transpiração em cana-de-açúcar sob estresse por alumínio tóxico. In: MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 16.; SEMANA DE BIOLOGIA DA UFJF, 33., 2010, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de fora, 2010. p. 79-84.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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8. |  | REIS, C. R. G. dos; MARQUES, R.; CHIAVEGATTO, R. B.; SILVA, C. O.; CAMPOS, F. V. de; COSTA, A. M. da; PASSOS, L. P.; KOPP, M. M. Utilização do ácido peracético na desinfestação de explantes de Pennisetum purpureum schum. para cultivo in vitro. In: MOSTRA DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 16.; SEMANA DE BIOLOGIA, 33., 2010, Juiz de Fora. Anais... Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de Fora, 2010. p. 85-90.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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9. |  | PASSOS, L. P.; REIS, C. R. G. DOS; SUZUKI, L. S.; AZEVEDO, A. B. R. DE; LIZARDO, D. P.; MITTELMANN, A.; CAETANO, L. F.; FONSECA, C. S.; SILVA, D. P. DA. Characterization of nutrient deficiency symptoms in annual ryegrass. In: ASA, CSSA & SSSA INTERNATIONAL ANNUAL MEETINGS, 2013, Tampa. Water, food, energy & inovation for a sustainable world. Madison: ASA: CSSA: SSSA, 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Gado de Leite. |
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Registros recuperados : 9 | |
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