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| Registros recuperados : 26 | |
| 4. |  | SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L. A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 8. ISAFG 2013. AB.01.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. A. Estudo de associação genômica ampla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, W.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics TACG. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | TUNIN, K. P.; PACKER, I. U.; SILVA, M. V. G. B.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L.; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; MARTINEZ, M. L. Mapeamento de QTL para resistência a carrapatos no cromossomo 23 de bovinos (BTA 23). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2007. p. 272.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | IBELLI, A. M. G.; HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, M. C. S.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A. Genes e vias metabólicas envolvidos nos mecanismos de resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 56., 2010, Guarujá. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2010. p. 74.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 10. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | URBITANI, I.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; MORKRY, F. B; REGITANO, L. C. A.; HIGA, R. H.; MUNARI, D. P. Selection signatures in Canchim beef cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | BELLI, A. M. G; GIACHETTO, P. F.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; VENERONI, G. B.; TIZIOTO, P. C.; REGITANO, L. C. A. Vias regulatórias envolvidas na resistência e susceptibilidade de bovinos infestados com carrapato Rhipicephalus (Boophilus) microplus. In: WORKSHOP EM GENÔMICA ANIMAL, 1., 2009, Ceará. Resumos... Ceará: UECE, 2009. Não paginado. WSRGA 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 13. | | MOURA, W. C.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. A.; REGITANO, L. C. A.; ALENCAR, M. M. de; SILVA, L. O. C.; FEIJÓ, G. L. D.; CARVALHO, T. D.; MACHADO, C. O. F. Análise das freqüências alélicas e genotípicas do polimorfismo LEP/Kpn2I em bovinos de corte. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008 p. 229| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 14. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A. Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçu: SBG, 2012. p. 1.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 15. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 22., 2014, Boston, USA. Program... [Boston]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISMB 2014. Pôster E13.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | IBELLI, A. M. G.; CARDOSO, F. F.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, M. C. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. R. B; ALENCAR, M. M.; GIGLIOTI, R.; REGITANO, L. C. A. Expressão gênica diferencial em bovinos nelore, angus x nelore e senepol x nelore infestados com carrapato rhipicephalus (boophilus) microplus. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINÁRIA, 16., Campo Grande. Anais... Campo Grande: CBPV, 2010. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 18. | | GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P0572.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 19. | | PEIXOTO, M. G. C. D.; AZEVEDO, A. L. S.; TEODORO, R. L.; PIRES, M. F. A.; VERNEQUE, R. S.; PRATA, M. C. A.; FURLONG, J.; REGITANO, L. C. A.; MACHADO, M. A. Identification of QTL for tick resistence using a bovine F2 populacion in tropical area. In: INTERNATIONAL CONFERENCE LIVESTOCK AND GLOBAL CLIMATE CHANGE, 2008, Hammamet. Proceedings... Hammamet/Tunisia. 2008. p. 100-102| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 20. | | REGITANO, l. C. A.; IBELLI, A. G.; GASPARIN, G.; MIYATA, M.; COUTINHO, L. L.; TEODORO, R. L.; MACHADO, M. A.; SILVA, M. V. G. B.; SONSTEGARD, T. S.; ALENCAR, M. M.; OLIVEIRA, S. On the search for markers of tick resistance in bovines. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL GENOMICS FOR ANIMAL HEALTH, 2007, Paris. Proceedings... Paris, 2007. p. 20| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| Registros recuperados : 26 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
06/09/2012 |
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Data da última atualização: |
23/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F. |
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Afiliação: |
FERNANDA C. P. PEREIRA, PUC Campinas, Bolsista PIBIC/CNPq; FABIANA B. MOKRY, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
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Título: |
Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
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Páginas: |
p. 1-10. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
CIIC 2012. No 12604. |
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Conteúdo: |
A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. MenosA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Software. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65690/1/RE12604.pdf
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Marc: |
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