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| Registros recuperados : 42 | |
| 4. |  | PINTO, M. de O.; GOOD-GOD, P. I. V.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Associação de marcadores moleculares SNP com o conteúdo de ácido linolênico em sementes de soja. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 48, n. 3, p. 263-269, mar. 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 9. | | SILVA, A. P. M.; PINTO, M. de O.; CRUZ, M. F. A.; SOARES, C. Q. G.; PINHEIRO, J. B.; MOREIRA, M. A.; BARROS, E. G. de. Expressão de genes de referência para uso em reações de qPCR em genótipos de soja contrastantes para o conteúdo de ácido oléico cultivados sob diferentes temperaturas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 319-322.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | OLIVEIRA, A. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, C. T.; GUIMARAES, P. E. de O.; PINTO, M. de O.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A. Single nucleotide polymorphism calling and imputation strategies for cost-effective genotyping in a tropical maize breeding program. Crop Science, v. 60, n. 6, p. 3066-3082, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 11. | | PINTO, M. de O.; ROCHA, D. D. D.; SILVA, L. F.; BERNARDINO, K. C.; PASTINA, M. M.; MAGALHAES, J. V. de; SCHAFFERT, R. E. Identification of QTLS associated with percentage of dry matter and midrib color in sorghum. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 6., 2017, Ouro Preto. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 12. | | PINTO, M. de O.; SOUZA, I. R. P. de; PAULA, A. L. S. P.; GUIMARAES, P. E. de O.; TRINDADE, R. dos S.; GUIMARAES, L. J. M. Introgressão da resistência ao mosaico-comum em milho assistida por marcadores SNP. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 282.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | SOUZA, I. R. P. de; GUILHEN, J. H. S.; ANDRADE, C. de L. T. de; PINTO, M. de O.; LANA, U. G. de P.; PASTINA, M. M. Major effect qtl on chromosome 3 conferring maize resistance to Sugarcane mosaic virus. Revista Brasileira de Milho e Sorgo, v. 18, n. 3, p. 322-339, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 17. | | MENDES, G. S. B.; OLIVEIRA, R. P. de; BARROS, B. de A.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARÃES, C. T. Associação de polimorfismos no gene ZmAATE1 com a tolerância ao alumínio em genótipos de milho de ampla diversidade. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 33., 2022, Sete Lagoas. Brasil: 200 anos de independência: sustentabilidade e desafios para a cadeia produtiva de grãos: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2022. Evento online.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | APOLINÁRIO, L. C.; BARROS, B. de A.; PINTO, M. de O.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, F. F. M.; GUIMARÃES, C. T. Aumento da tolerância ao alumínio em linhagens elites de milho conferido pela introgressão do alelo superior do gene ZmMATE1. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 32., 2018, Lavras. Soluções integradas para os sistemas de produção de milho e sorgo no Brasil: resumos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2018. p. 237.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | APOLINÁRIO, L. da C.; PINTO, M. de O.; BARROS, B. de A.; GUIMARAES, L. J. M.; MAGALHAES, J. V. de; GUIMARÃES, C. T. Obtenção de linhagens-elites de milho introgredidas com o gene ZmMATE1 que confere tolerância ao alumínio. In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA PIBIC/CNPq, 13., 2018, Sete Lagoas. [Trabalhos apresentados]. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| Registros recuperados : 42 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
18/09/2020 |
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Data da última atualização: |
20/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
OLIVEIRA, A. A. de; GUIMARAES, L. J. M.; GUIMARÃES, C. T.; GUIMARAES, P. E. de O.; PINTO, M. de O.; PASTINA, M. M.; MARGARIDO, G. R. A. |
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Afiliação: |
Amanda Avelar de Oliveira, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz"; LAURO JOSE MOREIRA GUIMARAES, CNPMS; CLAUDIA TEIXEIRA GUIMARAES, CNPMS; PAULO EVARISTO DE O GUIMARAES, CNPMS; MARCOS DE OLIVEIRA PINTO, CNPMS; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; Gabriel Rodrigues Alves Margarido, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz". |
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Título: |
Single nucleotide polymorphism calling and imputation strategies for cost-effective genotyping in a tropical maize breeding program. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 60, n. 6, p. 3066-3082, 2020. |
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DOI: |
10.1002/csc2.20255 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genotyping-by-sequencing (GBS) datasets typically feature high rates of missingness and heterozygote undercalling, prompting the use of data imputation. We compared the accuracy of four imputation methods?NPUTE, Beagle, knearest neighbors imputation (KNNI), and fast inbreed line library imputation (FILLIN)?using GBS data of maize (Zea mays L.) inbred lines, genotyped using different multiplexing levels. Two strategies for SNP-calling and genotype imputation were evaluated. First, only lines genotyped through 96-plex were used for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery, whereas both 96- and 384-plex were simultaneously used in the second strategy. In the first genotype imputation strategy, only the 96-plex lines were imputed, then the remaining lines were appended (96-plex-imputed plus 384-plex) and then imputed. In the second imputation strategy, we jointly imputed both datasets. We also investigated the impacts of including heterozygous genotypes and distinct rates of missing genotypes per locus. The different SNP-calling strategies and percentage of missing data did not substantially affect the imputation accuracy. However, the different imputation strategies showed a substantial effect. Generally, imputations were less accurate for heterozygotes. The scenario 96-plex-imputed plus 384-plex showed accuracies similar to the 96-plex scenario. Beagle and NPUTE produced the highest accuracies. Our results indicate that combining SNP-calling and imputation strategies can enhance genotyping in a cost-effective manner, resulting in higher imputation accuracies. MenosGenotyping-by-sequencing (GBS) datasets typically feature high rates of missingness and heterozygote undercalling, prompting the use of data imputation. We compared the accuracy of four imputation methods?NPUTE, Beagle, knearest neighbors imputation (KNNI), and fast inbreed line library imputation (FILLIN)?using GBS data of maize (Zea mays L.) inbred lines, genotyped using different multiplexing levels. Two strategies for SNP-calling and genotype imputation were evaluated. First, only lines genotyped through 96-plex were used for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery, whereas both 96- and 384-plex were simultaneously used in the second strategy. In the first genotype imputation strategy, only the 96-plex lines were imputed, then the remaining lines were appended (96-plex-imputed plus 384-plex) and then imputed. In the second imputation strategy, we jointly imputed both datasets. We also investigated the impacts of including heterozygous genotypes and distinct rates of missing genotypes per locus. The different SNP-calling strategies and percentage of missing data did not substantially affect the imputation accuracy. However, the different imputation strategies showed a substantial effect. Generally, imputations were less accurate for heterozygotes. The scenario 96-plex-imputed plus 384-plex showed accuracies similar to the 96-plex scenario. Beagle and NPUTE produced the highest accuracies. Our results indicate that combining SNP-calling and imputation strategies can... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genotipagem; Imputação. |
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Thesagro: |
Genética Vegetal; Genótipo; Melhoramento Genético Vegetal; Milho; Polimorfismo; Seleção Genótipa. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217686/1/Single-nucleotide-polymorphism.pdf
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Marc: |
LEADER 02517naa a2200301 a 4500
001 2125019
005 2020-12-20
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1002/csc2.20255$2DOI
100 1 $aOLIVEIRA, A. A. de
245 $aSingle nucleotide polymorphism calling and imputation strategies for cost-effective genotyping in a tropical maize breeding program.$h[electronic resource]
260 $c2020
520 $aGenotyping-by-sequencing (GBS) datasets typically feature high rates of missingness and heterozygote undercalling, prompting the use of data imputation. We compared the accuracy of four imputation methods?NPUTE, Beagle, knearest neighbors imputation (KNNI), and fast inbreed line library imputation (FILLIN)?using GBS data of maize (Zea mays L.) inbred lines, genotyped using different multiplexing levels. Two strategies for SNP-calling and genotype imputation were evaluated. First, only lines genotyped through 96-plex were used for single nucleotide polymorphism (SNP) discovery, whereas both 96- and 384-plex were simultaneously used in the second strategy. In the first genotype imputation strategy, only the 96-plex lines were imputed, then the remaining lines were appended (96-plex-imputed plus 384-plex) and then imputed. In the second imputation strategy, we jointly imputed both datasets. We also investigated the impacts of including heterozygous genotypes and distinct rates of missing genotypes per locus. The different SNP-calling strategies and percentage of missing data did not substantially affect the imputation accuracy. However, the different imputation strategies showed a substantial effect. Generally, imputations were less accurate for heterozygotes. The scenario 96-plex-imputed plus 384-plex showed accuracies similar to the 96-plex scenario. Beagle and NPUTE produced the highest accuracies. Our results indicate that combining SNP-calling and imputation strategies can enhance genotyping in a cost-effective manner, resulting in higher imputation accuracies.
650 $aGenética Vegetal
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773 $tCrop Science$gv. 60, n. 6, p. 3066-3082, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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