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| Registros recuperados : 129 | |
| 81. |  | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; SILVA, J. T. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; CAMPOS, A. D. S. de. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 11., 2019, Balneário Camboriú. Inovação e desenvolvimento na orizicultura: anais eletrônico. Itajaí: Epagri/Sosbai, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 82. | | FAGUNDES, P. R. R.; MATTOS, M. L. T.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; GARCIA, N. da S.; KNABAH, O. W. Resposta de genótipos de arroz irrigado à fixação biológica de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 83. | | GOMES, A. da S.; PETRINI, J. A.; SCIVITTARO, W. B.; FERREIRA, L. E. G.; KABKE, R.; CHIARELO, C.; SANTOS, L. O. dos; PIMENTA, R. P.; HANNEMANN, M. A.; OSSANES, L. da S. Estratégias para o aumento da eficiência do uso da água pelo arroz: efeito de sistemas alternativos de irrigação. In: CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 18., 2008, São Mateus. O equilíbrio do fluxo hídrico para uma agricultura irrigada sustentável. São Mateus: ABID, 2008. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 84. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 85. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. da S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeira externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 86. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. de S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeria externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 88. | | BRITO, G. G. de; FAGUNDES, P. R. R.; TELÓ, G. M.; ABREU, A. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; PARFITT, J. M. B.; KUHN, R. A.; PETRINI, J. A. Impact of Supra-Optimal Temperatures on Physiology and Yield in Rice Field. Journal of Agricultural Science, v. 8, n. 2, p. 27-37, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 89. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: versão completa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 360 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 90. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: Versão Resumida. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. p. 111 (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 91. | | STEINMETZ, S.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SCIVITTARO, W. B.; RANDIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da. Uso de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 92. | | STEINMETZ, S.; PICADA, G. L. N.; GADEA, H. M.; KROEFF, R. M.; BORGES, V. M. P.; HERNANDES, G. C.; DEIBLER, A. N.; PILON, M.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SILVA, M. F. da. Validação do método de graus-dia para estimar a data de diferenciação da panícula de cultivares de arroz irrigado em condições de lavoura no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 93. | | WANDER, A. E.; AZAMBUJA, I. H. V.; SCIVITTARO, W. B.; SILVA, J. J. C. da; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F. da S.; FAGUNDES, P. R. R.; STONE, L. F. Viabilidade econômica do uso de cultivares mais precoces como alternativa de redução da água de irrigação para o arroz irrigado no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 767-770.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 94. | | BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161-162.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 95. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,...| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 96. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; FRANCO, D. F.; AZAMBUJA, I. H. V.; MARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A.; FILIPPINI ALBA, J. M.; MATTOS, M. L. T.; BRITO, G. G. de; SCIVITTARO, W. B.; ANDRES, A. Arroz irrigado: tipos especiais de arroz e sua aplicação na agricultura familiar. In: WOLFF, L. F.; MEDEIROS, C. A. B. (Ed.). Alternativas para a diversificação da agricultura familiar de base ecológica. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2017. 145 p. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 443). 124-135| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 97. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 98. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 99. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D. da S.; MALHEIROS, J.; ANDRADE, B. G.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L. L; REGITANO, L. C. de A. Differential allelic expression and co-expression revealed oxidative stress-dependent proteolysis as a key regulator of nelore beef tenderness. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 207. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 100. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| Registros recuperados : 129 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500
001 2148053
005 2022-11-07
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886$2DOI
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245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits.
650 $aCattle
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700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aDINIZ, W. J. da S.
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700 1 $aSOUZA, M. M. de
700 1 $aPETRINI, J.
700 1 $aANDRADE, B. G. N.
700 1 $aSILVA, V. H. da
700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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