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| Registros recuperados : 129 | |
| 81. |  | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; BRITO, G. G. de; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A.; LORESON, E. V. S. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da embrapa, no rio grande do sul. Safra 2014/15. CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 9., 2015, Pelotas. Ciência e tecnologia para otimização da orizicultura: anais. Brasília, DF: Embrapa; Pelotas: Sosbai, 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 83. | | PETRINI, J. A.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; AZAMBUJA, I. H. V.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PILON, M.; KUHN, R. A. Desempenho produtivo da cultivar de arroz irrigado BRS Pampa no Rio Grande do Sul safra 2012/2013. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 84. | | VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. 15 p.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 85. | | BRITO, G. G. de; FAGUNDES, P. R. R.; TELÓ, G. M.; ABREU, A. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FRANCO, D. F.; ANDRES, A.; PARFITT, J. M. B.; KUHN, R. A.; PETRINI, J. A. Impact of Supra-Optimal Temperatures on Physiology and Yield in Rice Field. Journal of Agricultural Science, v. 8, n. 2, p. 27-37, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 86. | | STEINMETZ, S.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SCIVITTARO, W. B.; RANDIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da. Uso de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 87. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; SILVA, J. T. da S.; CAMPOS, A. D. S. de; TIMM, P. A.; AIRES, T. do A. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 21 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 307).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 88. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; SILVA, J. T. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; CAMPOS, A. D. S. de. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 11., 2019, Balneário Camboriú. Inovação e desenvolvimento na orizicultura: anais eletrônico. Itajaí: Epagri/Sosbai, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 89. | | FAGUNDES, P. R. R.; MATTOS, M. L. T.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; GARCIA, N. da S.; KNABAH, O. W. Resposta de genótipos de arroz irrigado à fixação biológica de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 90. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: versão completa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 360 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 91. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: Versão Resumida. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. p. 111 (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205).| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 92. | | STEINMETZ, S.; PICADA, G. L. N.; GADEA, H. M.; KROEFF, R. M.; BORGES, V. M. P.; HERNANDES, G. C.; DEIBLER, A. N.; PILON, M.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SILVA, M. F. da. Validação do método de graus-dia para estimar a data de diferenciação da panícula de cultivares de arroz irrigado em condições de lavoura no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 93. | | WANDER, A. E.; AZAMBUJA, I. H. V.; SCIVITTARO, W. B.; SILVA, J. J. C. da; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F. da S.; FAGUNDES, P. R. R.; STONE, L. F. Viabilidade econômica do uso de cultivares mais precoces como alternativa de redução da água de irrigação para o arroz irrigado no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 767-770.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| 94. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; FRANCO, D. F.; AZAMBUJA, I. H. V.; MARTINS, J. F. da S.; PETRINI, J. A.; FILIPPINI ALBA, J. M.; MATTOS, M. L. T.; BRITO, G. G. de; SCIVITTARO, W. B.; ANDRES, A. Arroz irrigado: tipos especiais de arroz e sua aplicação na agricultura familiar. In: WOLFF, L. F.; MEDEIROS, C. A. B. (Ed.). Alternativas para a diversificação da agricultura familiar de base ecológica. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2017. 145 p. (Embrapa Clima Temperado. Documentos, 443). 124-135| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 95. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 96. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; AFONSO, J.; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MALHEIROS, J. M.; ROCHA, M. I. P.; ZERLOTINI NETO, A.; FERRAZ, J. B. S.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. EEF1A1 transcription cofactor gene polymorphism is associated with muscle gene expression and residual feed intake in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 33, n. 4, p. 619-628, Dec. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 97. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 98. | | BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D. da S.; MALHEIROS, J.; ANDRADE, B. G.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G.; COUTINHO, L. L. L; REGITANO, L. C. de A. Differential allelic expression and co-expression revealed oxidative stress-dependent proteolysis as a key regulator of nelore beef tenderness. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 207. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 99. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 100. | | MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; RANGEL, P. H. N.; FAGUNDES, P. R. R.; COLOMBARI FILHO, J. M.; FRANCO, D. F.; CASTRO, A. P.; ANDRES, A.; NEVES, P. de C. F.; NUNES, C. D. M.; BRESEGHELLO, F.; PETRINI, J. A.; TORGA, P. P.; MARTINS, J. F. da S.; ABREU, A. G. de; FERREIRA, M. E.; MOURA NETO, F. de. 'BRS Pampa CL': Cultivar de Arroz Irrigado de Grãos Nobres para o Sistema Clearfield® no RS. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 13 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado Técnico, 364).| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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| Registros recuperados : 129 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
14/08/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
ANDRESSA O. DE LIMA, UFSCar; JAMES E. KOLTES, Iowa State University; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; PRISCILA S. N. DE OLIVEIRA; ALINE S. M. CESAR, Esalq/USP; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JULIANA AFONSO, UFSCar; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; TAINÃ F. CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ L. COUTINHO, Esalq/USP; GERSON B. MOURÃO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Feed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle. |
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Palavras-Chave: |
Biomarcadores; Expressão gênica; Feed efficiency; Hub genes; Longissimus thoracis; Systems biology; WGCNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus NAL: |
Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215312/1/AP-Potential-biomarkers-2020.pdf
|
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Marc: |
LEADER 02711naa a2200421 a 4500
001 2124356
005 2020-09-10
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189$2DOI
100 1 $aLIMA, A. O. de
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260 $c2020
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520 $aFeed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle.
650 $aGene expression
650 $aBos Indicus
653 $aBiomarcadores
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653 $aWGCNA
700 1 $aKOLTES, J. E.
700 1 $aDINIZ, W. J. S.
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700 1 $aTIZIOTO, P. L.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aSOUZA, M. de S.
700 1 $aPETRINI, J.
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tFrontiers in Genetics$gv. 11, p. 1-14, Mar. 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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