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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
25/01/2022 |
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Data da última atualização: |
11/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CINTRA, L. A.; SOUZA, T. B. de; PARTEKA, L. M.; BARRETO, L. M.; PEREIRA, L. F. P.; GAETA, M. L.; GUYOT, R.; VANZELA, A. L. L. |
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Afiliação: |
LEONARDO ADABO CINTRA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; THAÍSSA BOLDIERI DE SOUZA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LETÍCIA MARIA PARTEKA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUCAS MESQUITA BARRETO, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, CNPCa; MARCOS LETAIF GAETA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA; ROMAIN GUYOT, CIRAD; ANDRÉ LUÍS LAFORGA VANZELA, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE LONDRINA. |
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Título: |
An 82 bp tandem repeat family typical of 3' non-coding end of Gypsy/TAT LTR retrotransposons is conserved in Coffea spp. pericentromeres. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome, v.65, n. 3, p. 137-181, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1139/gen-2021-0045 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Date of Electronic Publication: 2021 Nov 02. |
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Conteúdo: |
Coffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres. MenosCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typi... Mostrar Tudo |
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Thesaurus Nal: |
Chromosomes; Coffea; DNA probes; Genome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aCoffea spp. chromosomes are very small and accumulate a variety of repetitive DNA families around the centromeres. However, the proximal regions of Coffea chromosomes remain poorly understood, especially regarding the nature and organisation of the sequences. Taking advantage of the genome sequences of C. arabica (2n = 44), C. canephora, and C. eugenioides (C. arabica progenitors with 2n = 22) and good coverage genome sequencing of dozens of other wild Coffea spp., repetitive DNA sequences were identified, and the genomes were compared to decipher particularities of pericentromeric structures. The searches revealed a short tandem repeat (82 bp length) typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, named Coffea_sat11. This repeat organises clusters with fragments of other transposable elements, comprising regions of non-coding RNA production. Cytogenomic analyses showed that Coffea_sat11 extends from the pericentromeres towards the middle of the chromosomal arms. This arrangement was observed in the allotetraploid C. arabica chromosomes, as well as in its progenitors. This study improves our understanding of the role of the Gypsy/TAT LTR retrotransposon lineage in the organisation of Coffea pericentromeres, as well as the conservation of Coffea_sat11 within the genus. The relationships between fragments of other transposable elements and the functional aspects of these sequences on the pericentromere chromatin were also evaluated. Highlights: A scattered short tandem repeat, typical of Gypsy/TAT LTR retrotransposons, associated with several fragments of other transposable elements, accumulates in the pericentromeres of Coffea chromosomes. This arrangement is preserved in all clades of the genus and appears to have a strong regulatory role in the organisation of chromatin around centromeres.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 34 | |
| 3. |  | ITO, E. N.; PEREIRA, L. M.; MARCONCINI, J. M. Study of dispersion and compatibilization of sugarcane bagasse fibers (SF) embedded in matrix of poly(ethylene terephthalate) recycled (PETrec) during processing. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON FOOD AND AGRICULTURE APPLICATIONS OF NANOTECHNOLOGIES - NanoAgri, 2010, São Pedro, SP. [Anais…] São Pedro: Aptor Software, 2010. Editors: Caue Ribeiro, Odílio Benedito Garrido de Assis, Luiz Henrique Capparelli Mattoso, Sérgio Mascarenhas.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 11. | | PEREIRA, L. M.; CORRÊA, A. C.; SOUZA FILHO, M. de S. M. de; ROSA, M. de F.; ITO, E. N. Rheological, morphological and mechanical characterization of recycled poly (ethylene terephthalate) blends and composites. Materials Research, São Carlos, v. 20, n. 3, p. 791-800, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria Tropical. |
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| 12. | | PEREIRA, L. M.; BRITO, J. C; BRAGA, M. de M.; CARDOSO, M. J.; ARAUJO NETO, R. B. de. Produtividade de genótipos de milho consorciado com Urochloa ruziziensis no sul maranhense. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 7., 2021, Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2023. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 287). p. 31.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 13. | | BRITO, J. C.; PEREIRA, L. M.; CARDOSO, M. J.; ARAUJO NETO, R. B. de; BRAGA, M. de M. Produtividade de milho em função da densidade de plantio de Urochloa ruziziensis no leste maranhense. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 7., 2021, Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2023. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 287). p. 32.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 14. | | SOUZA, I. G. de B.; SANTOS, M. F. dos; PEREIRA, L. M.; SITTOLIN, I. M.; LIMA, P. S. da C. Uso de marcadores RAPD e ISSR na análise da variabilidade genética de genótipos de babaçu (Orbignya phalerata Mart). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 3 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 15. | | PEREIRA, L. M.; SILVA, F. G. de O. e; BRITO, J. C.; ARAUJO NETO, R. B. de; CARVALHO, G. M. C.; AZEVEDO, D. M. M. R. Acurácia de parâmetros fisiológicos para expressar estresse por calor de bovinos aos trópicos. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 8., 2022, Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2023. p. 15. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 291).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 16. | | SILVA, F. G. de O.; PEREIRA, L. M.; BRITO, J. C.; ARAUJO NETO, R. B. de; CARVALHO, G. M. C.; AZEVEDO, D. M. M. R. Adaptabilidade de bovinos Curraleiro Pé-Duro e Tropical às condições climáticas de Feira Nova, Maranhão. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 8., 2022, Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2023. p. 16. (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 291).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 17. | | MESQUITA, D. L.; ANTONIASSI, R.; BIZZO, H. R.; JUNQUEIRA, N. T. V.; DUBOC, E.; PEREIRA, L. M.; LOPES, P. S. N. Rendimento de óleo e composição em ácidos graxos de pequi (Caryocar spp.). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 5., 2009, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: Instituto Militar de Engenharia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 18. | | SANTOS, R. S.; PEREIRA, L. M. de S.; MARQUES, F. de M.; COSTA, N. C. F. da; OLIVEIRA, P. S. de. Perfil socioeconômico e expectativa docente de ingressantes no curso de licenciatura em Ciências Biológicas. Revista Eletrônica de Educação, São Carlos, v. 8, n. 2, p.293-303, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 19. | | CRUZ, M. R. DA; PEREIRA, L. M.; MORAIS, J. P. S.; BRÍGIDA, A. I. S.; ITO, E. N.; ROSA, M. de F. Obtenção de nanocelulose de línter utilizando rotas alternativas de hidrólise ácida. In: WORKSHOP DA REDE DE NANOTECNOLOGIA APLICADA AO AGRONEGÓCIO 2012, 6., 2012, Fortaleza. São Carlos: Embrapa Instrumentação; Fortaleza: Embrapa Agroindústria Tropical, 2012. p. 234-236| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 20. | | CARVALHO, A. D. F. de; SILVA, G. O. da; LUZ, J. M. Q.; OLIVEIRA, R. C. de; PEREIRA, L. M.; NETO CABRAL, L. D.; MACIEL, G. M. Multivariate techniques for identifying potential carrot hybrids. Australian Journal of Crop Science, v. 15, n. 10, p. 1246-1251, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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