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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
03/01/2018 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R. |
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Afiliação: |
Marcos Rodrigues Lagrotta, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri; Fabyano Fonseca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Moysés Nascimento, UFV; Darlene Ana Souza Duarte, UFV; Camila Ferreira Azevedo, UFV; Rodrigo Reis Mota, University of Liège. |
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Título: |
Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biometria, Lavras, v. 35, n. 3, p. 440-448, 2017. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a segunda referiu-se à paralelização de uma única cadeia MCMC. Utilizou-se a biblioteca MPI e o pacote OpenMPI associado ao compilador gfortran para execução em paralelo desses algoritmos. Foram utilizados dados simulados considerando 10.000 marcadores SNPs e 4.100 indivíduos. O algoritmo sequencial padrão foi processado em 77,29 horas. Ao usar múltiplas cadeias em paralelo o processamento foi 77% mais rápido (17,75hs), enquanto que a estratégia de paralelização de uma única cadeia apresentou um ganho de desempenho de 15% (65,37hs). Conclui-se que a computação paralela é eficiente e pode ser aplicada à SG. |
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Palavras-Chave: |
Marcadores SNP; Regressão Bayesiana. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic improvement; Statistics. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/170170/1/2017-M.Deon-RBM-Computacao.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 590 | |
| 201. |  | ALVARES, R. C.; MELO, P. G. S.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; MAGALDI, M. C. de S.; BRAZ, A. J. B. P.; WENDLAND, A. Interação genótipos por ambientes em ensaios de feijoeiro-comum para agricultura familiar em Goiás. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 202. | | ALVES, E. A.; MARTINS, S. M.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; COSTA, J. G. C. da; MELO, L. C. Interação de genótipos por ambientes e indicação de linhagens elite de feijoeiro comum por épocas de plantio para grandes regiões produtoras. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 13., 2021, Goiânia. Conectividade tecnológica, intensificação sustentável: resumos. Brasília, DF: Embrapa; Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 136. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 203. | | TORGA, P. P.; MELO, P. G. S.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; WENDLAND, A. Interação genótipos x ambientes em feijoeiro-comum do grupo preto na região central do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 204. | | ALMEIDA, F. J.; MARTINS, S. M.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O.; BASSINELLO, P. Z. Interação genótipos X ambientes para teores de ferro e zinco nos grãos de feijoeiro-comum. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 8., 2014, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. p. 70. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 306).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 205. | | GOMES, L. M.; SILVA, E. M. da; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SILVA FILHO, J. L. da; SOUZA, T. L. P. O. de. Interação GXA para resistência à mancha-angular em feijão-carioca precoce. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 14., 2020, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2021. p. 79. Evento online.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 206. | | REZENDE, L. C. V.; WENDLAND, A.; SILVA, L. L.; PEREIRA, R. J.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; COSTA, J. G. C. da; FERREIRA, E. P. B. Interação da severidade de crestamento bacteriano comum e produção de genótipos de feijoeiro comum. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 36, p. 238, ago. 2011. Suplemento, ref. 448. Edição dos Resumos do 44 Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Bento Gonçalves, ago. 2011. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 207. | | TORGA, P. P.; MELO, P. G. S.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; MELO, L. C. Interaction of common beans cultivars of the black group with years, locations and sowing seasons. Euphytica, Wageningen, v. 189, n . 2, p. 239-248, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 208. | | LINHARES, L. F.; PONTES JÚNIOR, V. de A.; WENDLAND, A.; SOUZA, T. L. P. O. de; FARIA, L. C. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C. Interação com ambientes e estabilidade de genótipos para qualidade de grãos em feijoeiro-comum em Goiás e Distrito Federal. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 8., 2014, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2014. p. 69. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 306).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 209. | | PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; CABRERA DIAZ, J. L.; COSTA, J. G. C. da; RAVA, C. A.; WENDLAND, A. Interação complexa em diferentes épocas de semeadura de feijoeiro comum no Paraná e Santa Catarina. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 9., 2008, Campinas. Ciência e tecnologia na cadeia produtiva do feijão. Campinas: Instituto Agronômico, 2008. (IAC. Documentos, 85).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 210. | | OLIVEIRA JÚNIOR, M. J. de; FERREIRA, E. P. de B.; KNUPP, A. M.; PEREIRA, H. S.; WENDLAND, A.; MELO, L. C. Inoculação de genótipos de feijão carioca com bactérias diazotróficas. In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 10., 2011, Goiânia. Anais... Goiânia: Embrapa Arroz e Feijão, 2011. 1 CD-ROM. CONAFE.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 211. | | OLIVEIRA JÚNIOR, M. J. de; FERREIRA, E. P. de B.; KNUPP, A. M.; PEREIRA, H. S.; WENDLAND, A.; MELO, L. C. Inoculação de genótipos de feijão carioca com bactérias diazotróficas. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 6., 2012, Santo Antônio de Goiás. Resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2012. p. 40. (Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 275).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 212. | | CAETANO, J. O.; BENITES, V. de M.; PEREIRA, H. S.; GODOY, E. R.; MERTHI, M. A.; GUIMARÃES, D. de C.; NAUMOV, A. Influência de seqüências de cultivo e calagem em um Latossolo Vermelho sobre os seus atributos químicos e produtividade de soja. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29., 2010, Guarapari, ES. Anais... Guarapari, ES: FertBio, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 213. | | GOMES-MESSIAS, L. M.; MARINHO, G. R.; RESENDE, M. P. M.; VIANELLO, R. P.; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. Inheritance of anthracnose resistance in the andean common bean cultivar BRSMG Realce. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, v. 64, p. 7-8, May 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| 215. | | PEREIRA, H. S.; ALMEIDA, V. M. de; MELO, L. C.; WENDLAND, A.; FARIA, L. C. de; DEL PELOSO, M. J.; MAGALDI, M. C. de S. Influência do ambiente em cultivares de feijoeiro-comum em cerrado com baixa altitude. Bragantia, Campinas, v. 71, n. 2, p. 165-172, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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| 216. | | BRITO, T. C.; RODRIGUES, L. L.; QUEIROZ, L. R. de; MELO, L. C.; SOUZA, T. L. P. O. de; FARIA, L. C. de; PEREIRA, H. S. Linhagens de feijão preto com altos teores de ferro e zinco avaliadas em vários ambientes. In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 13., 2019, Santo Antônio de Goiás. Resumos... Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2019. p. 56.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 217. | | WANDERLEY, F. M.; PEREIRA, H. S.; SILVA, F. de C.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; WENDLAND, A. Linhagens de feijoeiro-comum carioca avaliadas para características relacionadas à qualidade comercial dos grãos. In: CONGRESSO DE PESQUISA, ENSINO E EXTENSÃO, 9., 2012, Goiânia. Economia verde, sustentabilidade e desenvolvimento social: anais... Goiânia: UFG, 2012. Conpeex 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 218. | | COSTA, J. G. C. da; PEREIRA, H. S.; WENDLAND, A.; MELO, L. C.; MAGALDI, M. C. de S.; PURÍSSIMO, J. D. Linhagens de feijoeiro comum resistentes à murcha de fusário avaliadas quanto a caracteres de interesse agronômico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 6., 2011, Búzios. Panorama atual e perspectivas do melhoramento de plantas no Brasil. [Búzios]: SBMP, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 219. | | PONTES JÚNIOR, V. de A.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; WENDLAND, A.; MELO, P. G. S. Importância relativa de locais e anos no programa de melhoramento de feijão preto da Embrapa na Região Nordeste. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: UFG: SBMP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 220. | | MOTA, A. P. S.; BATISTA, C. E. A.; RODDRIGUES, H. S.; CRUZ, C. D.; MELO, L. C.; PEREIRA, H. S.; SOUZA, T. L. P. O. Molecular characterization and genetic diversity of brazilian common bean cultivars and elite lines. Annual Report of the Bean Improvement Cooperative, Prosser, v. 57, p. 307-308, Mar. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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