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| Registros recuperados : 476 | |
| 461. |  | PAIM, T. do P.; McMANUS, C.; VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M.; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; ARAÚJO, A. M. de; MORAES, J. C. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; CARNEIRO, P. L. S.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R. Validation of a customized subset of SNPs for sheep breed assignment in Brazil. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 54, p. 1-5, 2019. Article number: e00506. Título em português: Validação de um subconjunto de SNPs específicos para certificação racial de ovinos no Brasil.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 462. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; McMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; ARAUJO, A. M.; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. Validation of a low density SNP panel for breed certification testing in Brazilian sheep (Ovis aries) breeds as a tool for flock genetic management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. p. 1. Pôster.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 463. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; McMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H.; ARAUJO, A. M.; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. Validation of a low density SNP panel for breed certification testing in Brazilian sheep (Ovis aries) breeds as a tool for flock genetic management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. p. 1. Pôster.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 464. | | PAIVA, S. R.; VIEIRA, F. D.; YAMAGISHI, M. E. B.; LACERDA, T. S.; VASCONCELOS, C.; TANNO, P.; HIGA, R. H.; MCMANUS, C. M.; CARNEIRO, P. L.; AZEVEDO, H. C.; FACO, O.; SOUZA, C. J. H. de; ARAUJO, A. M. de; MARTINS, V. M. V.; CAETANO, A. R. Validation of a Low Density SNP Panel for Breed Certification Testing in Brazilian Sheep (Ovis aries) Breeds as a Tool for Flock Genetic Management. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstract... Jersey City: Scherago International, 2012. Não paginado. 1 pôster. P581.| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 465. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A. do; MARQUES, J. R. F.; CIAMPI, A. Y.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; COSTA, M. R. T. da R.; PAIVA, S. R.; SILVA, A. M. da; CONTEL, E. P. B. Variabilidade genética em búfalos estimada por marcadores RAPD. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 41, n. 4, p. 623-628, abr. 2006 Título em inglês: Genetic variability of buffaloes estimated by RAPD markers.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 466. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; EGITO, A. A.; MARQUES, J. R. F.; PAIVA, S. R. de; PAIVA, D. A. F.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; CASTRO, S. T. R.; COSTA, M. R.; SILVA, A. C. M.; CONTEL, E. P. B. Variabilidade genética em búfalos usando marcadores microssatélites. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia, GO. A produção animal e o foco no agronegócio. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2005. Paginação irregular.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 467. | | PAIVA, S. R.; DIAS, C.; FARIA, D. A.; MCMANUS, C.; OLIVEIRA, A. A.; LÔBO, R. N. B.; SOUZA, W. H. de; DERGAM, J. A.; ALBUQUERQUE, M. do S. M. de; EGITO, A. A. do; CASTRO, S. R.; MARIANTE, A. da S. Y-chromosome variability of brazilian sheep breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 8., 2006, Belo Horizonte, MG. Proceedings... Belo Horizonte: Instituto Prociência, 2006. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 468. | | SIDER, L. H.; VIEIRA, L. da S.; REGITANO, L. C. de A.; ZAROS, L. G.; NEVES, M. R. M. das; BENVENUTI, C. L.; NAVARRO, A. M. do C.; VILLELA, L. C. V.; CAVALCANTE, A. C. R.; LOBO, R. N. B.; FACO, O.; NICIURA, S. C. M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; BENAVIDES, M. V.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, L. F.; CUNHA, R. M. S da; PINHEIRO, R. R. Identificação de genes candidatos associados a resistência genética à verminose gastrintestinal em caprinos por meio de ferramentas moleculares e genômicas. In: SIMPÓSIO EMBRAPA LABEX DE SANIDADE ANIMAL, 1., 2009, Campo Grande, MS. [Resumos...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 469. | | ALBUQUERQUE, M. S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M.; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. M.; ALMEIDA, M. J. O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H.; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 470. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALC| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 471. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; AZEVEDO, H. C.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. 1-2 SIRGEALC| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte; Embrapa Meio-Norte. |
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| 472. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. de A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATOS, P. S. R.; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de recursos genéticos animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 473. | | ALBUQUERQUE, M. do S. M.; RAMOS, A. F.; PAIVA, S. R.; MARQUES, J. R. F.; FACO, O.; CARNEIRO, P. C. F.; EGITO, A. A. do; VILLELA, L. C. V.; CASTRO, S. T. R.; MOREIRA, J. R. A.; COSTA, H.; COSTA, M. R. T. da R.; JULIANO, R. S.; SANTOS, S. A.; ARAUJO, A. M. de; CARVALHO, G. M. C.; PEREIRA, F. de M.; ALMEIDA, M. J. de O.; LEAL, T. M.; SOUZA, C. J. H. de; SERENO, J. R. B.; MATTOS, P. S. R. de; LEDUR, M. C.; MARIANTE, A. da S. Red Brasileña de Recursos Genéticos Animales. In: SIMPOSIO INTERNACIONAL DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 8., 2011, Quito. [Proceedings...] Quito: INIAP, 2011. SIRGEALC.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 474. | | DENG, J.; XIE, X.-L.; WANG, D.-F.; ZHAO, C.; LV, F.-H.; LI, X.; YANG, J.; YU, J.-L.; SHEN, M.; GAO, L.; YANG, J.-Q.; LIU, M.-J.; LI, W.-R.; WANG, Y.-T.; WANG, F.; LI, J.-Q.; HEHUA, E.; LIU, Y.-G.; SCHEN, Z.-Q.; REN, Y.-L.; LIU, G.-J.; CHEN, Z.-H.; GORKHALI, N. A.; RUSHDI, H. E.; SALEHIAN-DEHKORDI, H.; ESMAILIZADEH, A.; NOSRATI, M.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; STEPÁNEK, O.; OLSAKER, I.; WEIMANN, C.; ERHARDT, G.; CURIK, I.; KANTANEN, J.; MWACHARO, J. M.; HANOTTE, O.; BRUFORD, M. W.; CIANI, E.; PERIASAMY, K.; AMILLS, M.; LENSTRA, J. A.; HAN, J.-L.; ZHANG, H.-P.; LI, L.; LI, M.-H. Paternal origins and migratory episodes of domestic sheep. Current Biology, v. 30, n. 20, p. 4085-4095, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 475. | | MCCOUCH, S.; NAVABI, Z. K.; ABBERTON, M.; ANGLIN, N. L.; BARBIERI, R. L.; BAUM, M.; BETT, K.; BOOKER, H.; BROWN, G. L.; BRYAN, G. J.; CATTIVELLI, L.; CHAREST, D.; EVERSOLE, K.; FREITAS, M.; GHAMKHAR, K.; GRATTAPAGLIA, D.; HENRY, R.; INGLIS, M. C. V.; ISLAM, T.; KEHEL, Z.; KERSEY, P.; KING, G. J.; KRESOVICH, S.; MARDEN, E.; MAYES, S.; NDJIONDJOP, M. N.; NGUYEN, H. T.; PAIVA, S. R.; PAPA, R.; PHILLIPS, P. W. B.; RASHEED, A.; RICHARDS, C.; ROUARD, M.; SAMPAIO, M. J. A.; SCHOLZ, U.; SHAW, P. D.; SHERMAN, B.; STATON, S. E.; STEIN, N.; SVENSSON, J.; TESTER, M.; VALLS, J. F. M.; VARSHNEY, R.; VISSCHER, S.; WETTBERG, E. von; WAUGH, R.; WENZL, P.; RIESEBERG, L. H. Mobilizing crop biodiversity. Molecular Plant, v. 13, p. 1341-1344, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 476. | | LV, F.-H.; CAO, Y.-H.; LIU, G.-J.; LUO, L.-Y.; LU, R.; LIU, M.-J.; LI, W.-R.; ZHOU, P.; WANG, X.-H.; SHEN, M.; GAO, L.; YANG, J.-Q.; YANG, H.; YANG, Y.-L.; LIU, C.-B.; WAN, P.-C.; ZHANG, Y.-S.; PI, W.-H.; REN, Y.-L.; SHEN, Z.-Q.; WANG, F.; WANG, Y.-T.; LI, J. Q.; SALEHIAN-DEHKORDI, H.; HEHUA, E.; LIU, Y.-G.; CHEN, J.-F.; WANG, J.-K.; DENG, X.-M.; ESMAILIZADEH, A.; DEHGHANI-QANATQESTANI, M.; CHARATI, H.; NOSRATI, M.; STEPANEK, O.; RUSHDI, H. E.; OLSAKER, I.; CURIK, I.; GORKHALI, N. A.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; CIANI, E.; AMILLS, M.; WEIMANN, C.; ERHARDT, G.; AMANE, A.; MWACHARO, J. M.; HAN, J.-L.; HANOTTE, O.; PERIASAMY, K.; JOHANSSON, A. M.; HALLSSON, J. H.; KANTANEN, J.; COLTMAN, D. W.; BRUFORD, M. W.; LENSTRA, J. A.; LI, M.-H. Whole-genome resequencing of worldwide wild and domestic sheep Eeucidates genetic diversity, introgression, and agronomically important loci. Molecular Biology and Evolution, v. 39, n. 2, 2022. msab353.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| Registros recuperados : 476 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
02/01/2014 |
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Data da última atualização: |
22/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. |
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Afiliação: |
LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; ANDREA ALVES DO EGITO, CNPGC; FABIANE SIQUEIRA, CNPGC; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
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Título: |
Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Notas: |
Pôster 0522. |
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Conteúdo: |
Bos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed. MenosBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Sequenciamento de genoma. |
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Thesagro: |
Bos indicus. |
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Thesaurus NAL: |
bioinformatics; genome assembly; Nellore. |
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Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/94595/1/P0522.odt
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Marc: |
LEADER 02736nam a2200349 a 4500
001 1974758
005 2020-01-22
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245 $aSequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013.$c2013
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520 $aBos indicus cattle breeds have been extensively used for dairy and beef production in tropical climates and present several natural adaptations to biotic and abiotic stresses found in these regions of the world. As breeder associations stride towards incorporating genomic tools into ongoing genetic evaluations and breeding programs to improve productivity and beef and milk quality traits, a (B. indicus) genome assembly represents an essential tool which will be vital to help identify and understand the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle, which have diverged >250,000 years ago. DNA obtained from semen from a Nelore bull born in 1987, with an estimated cumulative inbreeding coefficient of 29.4%, and that can be traced to animals imported from India, was used to produce 100bp paired-end sequences from short (300 and 700bp) and long insert (3, 5 and 10 kbp) libraries, with an Illumina HiSeq platform. A total of 120Gbp were sequenced, corresponding to 45x raw coverage of the genome. The SOAP de novo assembler was used to build contigs and scaffolding. Several parameters sets were evaluated to obtain the best assembly based on the number of scaffolds, number of bases in scaffolds, N50, and total gap length. The best assembly obtained so far contains 2.7Gbp, 15,103 scaffolds with N50 of 649Kbp, and 756Mbp of gaps. Current results are being used to target additional sequencing of specific libraries to improve scaffold assembly. In addition, different sequencing technologies are also under evaluation for generating additional data to improve sequence assembly quality before comparisons with the reference (B. taurus) sequence are performed.
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700 1 $aEGITO, A. A. do
700 1 $aSIQUEIRA, F.
700 1 $aSILVA, N. M. A. da
700 1 $aPAIVA, S. R.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aCAETANO, A. R.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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