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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ROBERTO H. HERAI, IB/UNICAMP; MICHEL E. B. YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 18., 2010, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
P869. PAG-XVIII. |
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Conteúdo: |
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.). MenosTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, jus... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Algoritmo; Bioinformática. |
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Thesaurus Nal: |
Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/91866/1/869.pdf
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Marc: |
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520 $aTrans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high quality reference genome, otherwise the number of false positive candidate sequences turned the analysis prohibitive. The problem is that many important model organisms have only draft assemblies. In order to overcome this problem, we extended our bioinformatics methodology applying additional filtering criteria and ad hoc algorithms necessary to deal with those cases. Using 83,048 bovine FlcDNA transcripts (NCBI, MGC, BGD) and Bos taurus UMD 3.0 genome assembly, our extended methodology successfully found 12 hybrid mRNAs which may be the first instances of bovine inter-chromosomal trans-splicing sequences, since the single reported bovine trans-splicing evidence was an intra-chromosomal instance (Roux et al.). Furthermore, just like in the human case, the bovine candidate sequence gene loci had many inverted repeat sequences which may support the conjecture that those sequences may be part of a non-spliceosome mediated trans-splicing mechanism (Di Segni et al.).
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
09/11/2011 |
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Data da última atualização: |
09/11/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
GARCIA, A. L. A.; GARCIA, A. W. R.; PADILHA, L.; REIS JUNIOR, R. P.; SOUZA, T. |
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Afiliação: |
ANDRÉ LUÍZ ALVARENGA GARCIA, Fundação Procafé; ANTÔNIO WANDERE RAFAEL GARCIA, Fundação Procafé; LILIAN PADILHA, SAPC; ROGÉRIO PINTO REIS JUNIOR, Fundação Procafé; TIAGO SOUZA, Fundação Procafé. |
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Título: |
Aplicação de uréia com inibidor de urease em mudas de cafeeiro. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil, 5., 2007, Águas de Lindóia. Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O nitrogênio é o nutriente mais exigido pelo cafeeiro, e sua aplicação é geralmente realizada na forma de uréia. Apesar da facilidade de aplicação, podem ocorrer perdas significativas de N para a atmosfera devido a transformação da uréia em amônia, em conseqüência da ação da urease, uma enzima produzida por microorganismos do solo. Este trabalho objetivou avaliar a eficiência do NBPT, um inibidor da ação da urease, na redução das perdas de N por volatilização. O trabalho foi desenvolvido em casa de vegetação em um esquema fatorial, com três doses de N na forma de uréia na presença e na ausência de NBPT, divididas em dois parcelamentos, e com duas épocas de fornecimento de água, antes e após a aplicação do fertilizante. O fatorial foi acrescido de três tratamentos adicionais sendo, testemunha sem nitrogênio e 7,2g de N em uma única aplicação, com e sem NBPT. Quatro meses após o segundo parcelamento foram avaliados a matéria seca total (M.S.) e o nitrogênio mobilizado. A adição do inibidor de urease a uréia aumentou significativamente a M.S. e nitrogênio mobilizado pelas plantas, com resposta proporcional à dose de N aplicada. A época de irrigação, antes ou após a cobertura, não influenciou em nenhum dos parâmetros avaliados. A testemunha teve comportamento inferior a todos os outros tratamentos, e os tratamentos em dose única, provocaram morte das plantas no segundo dia após aplicação para uréia e no sexto dia em presença do inibidor, o que confirma o modo de liberação lenta do adubo. MenosO nitrogênio é o nutriente mais exigido pelo cafeeiro, e sua aplicação é geralmente realizada na forma de uréia. Apesar da facilidade de aplicação, podem ocorrer perdas significativas de N para a atmosfera devido a transformação da uréia em amônia, em conseqüência da ação da urease, uma enzima produzida por microorganismos do solo. Este trabalho objetivou avaliar a eficiência do NBPT, um inibidor da ação da urease, na redução das perdas de N por volatilização. O trabalho foi desenvolvido em casa de vegetação em um esquema fatorial, com três doses de N na forma de uréia na presença e na ausência de NBPT, divididas em dois parcelamentos, e com duas épocas de fornecimento de água, antes e após a aplicação do fertilizante. O fatorial foi acrescido de três tratamentos adicionais sendo, testemunha sem nitrogênio e 7,2g de N em uma única aplicação, com e sem NBPT. Quatro meses após o segundo parcelamento foram avaliados a matéria seca total (M.S.) e o nitrogênio mobilizado. A adição do inibidor de urease a uréia aumentou significativamente a M.S. e nitrogênio mobilizado pelas plantas, com resposta proporcional à dose de N aplicada. A época de irrigação, antes ou após a cobertura, não influenciou em nenhum dos parâmetros avaliados. A testemunha teve comportamento inferior a todos os outros tratamentos, e os tratamentos em dose única, provocaram morte das plantas no segundo dia após aplicação para uréia e no sexto dia em presença do inibidor, o que confirma o modo de liberação lenta ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Perdas por valatilização. |
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Thesagro: |
Café; Nitrogênio. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/45993/1/Aplicacao-de-ureia-com-inibidor.pdf
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Marc: |
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650 $aCafé
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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