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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
09/11/2021 |
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Data da última atualização: |
09/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOARES, I. C.; PACHECO, R. S.; SILVA, C. G. N. da; SANTOS, R. S.; BALDANI, J. I.; URQUIAGA, S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. |
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Afiliação: |
ISIS CAPELLA SOARES, UFRRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFLA; RAFAEL SALAZAR SANTOS, UFRRJ; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
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Título: |
Real-time PCR method to quantify Sp245 strain of Azospirillum baldaniorum on Brachiaria grasses under field conditions. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant and Soil, 06 September 2021 |
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ISSN: |
0032-079X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11104-021-05137-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments. MenosBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find pot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Azospirillum baldanioru; Plant growth promoting bacteria; Quantification; Signal grass. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 1. |  | CAVALHEIRO, J. C. T.; OTSUBO, I. M. N.; PELEGRIN, R. de; MERCANTE, F. M. Isolamento e seleção de rizóbios de solos de Mato Grosso Do Sul para inoculação em feijoeiro comum In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 27.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 11.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 9.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 6., 2006, Bonito, MS. A busca das raízes: anais. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2006. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 82). 1 CD-ROM. FERTBIO| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 3. | | PELEGRIN, R. de; MERCANTE, F. M.; OTSUBO, I. M. N.; OTSUBO, A. A. Resposta da cultura do feijoeiro à adubação nitrogenada e à inoculação com rizóbio. In: REUNIÃO DA REDE DE LABORATÓRIOS PARA RECOMENDAÇÃO, PADRONIZAÇÃO E DIFUSÃO DE TECNOLOGIA DE INOCULANTES MICROBIOLÓGICOS DE INTERESSE AGRÍCOLA, 15., 2010, Curitiba. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 35-36 Organizado por: Fábio Martins Mercante e Oscar Fontão de Lima Filho. RELARE.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 5. | | MERCANTE, F. M.; OTSUBO, I. M. N.; PELEGRIN, R.; TARASIUK, V. A.; SILVA JÚNIOR, A. Seleção de estirpes de rizóbio para inoculação em feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.). In: REUNIÃO DA REDE DE LABORATÓRIOS PARA RECOMENDAÇÃO, PADRONIZAÇÃO E DIFUSÃO DE TECNOLOGIA DE INOCULANTES MICROBIANOS DE INTERESSE AGRÍCOLA (RELARE), 13., 2007, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 2007. p. 38 (Embrapa Soja. Documentos, 290). Organizadores: Rubens José Campo; Mariângela Hungria.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 6. | | MATOS, J. S.; GALHARINI, L. G. S.; UTIDA, D.; OTSUBO, I. M. N.; SOUZA, A.; OTSUBO. A. A. Avaliação de linhagens de feijão (phaseolus vulgaris l) do grupo carioca, em Dourados-MS. In: SEMINÁRIO INTERNO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIDERP, 1., 2006, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande, MS: UNIDERP, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 7. | | GALHARINI, L. G. S.; MATOS, J. S.; UTIDA, D.; OTSUBO, I. M. N.; SOUZA, A.; OTSUBO. A. A. Avaliação de linhagens de feijão (phaseolus vulgaris l) do grupo preto, em Dourados-MS. In: SEMINÁRIO INTERNO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIDERP, 1., 2006, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande, MS: UNIDERP, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 9. | | UTIDA, D.; OTSUBO, I. M. N.; MATOS, J. S.; GALHARINI, L. G. S.; SOUZA, A.; OTSUBO. A. A. Teste avançado de linhagens de feijoeiro (phaseolus vulgaris l), em Dourados-MS. In: SEMINÁRIO INTERNO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UNIDERP, 1., 2006, Campo Grande, MS. Anais... Campo Grande, MS: UNIDERP, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 10. | | OTSUBO, A. A.; SAGRILO, E.; LORENZI, J. O.; GALHARINI, L. G.; OTSUBO, I. M. N.; MATOS, J. S; UTIDA, D.; FUJINAKA, J. Avaliação de clones de mandioca visando o processamento industrial em Dourados, MS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 12., 2007, Paranavaí. Mandioca: bioenergia, alimento e renda: anais. Paranavaí: Prefeitura: Sociedade Brasileira de Mandioca: IAPAR: CETEM, 2007. 1 CD-ROM. Publicado também na: RAT: Revista Raízes e Amidos Tropicais, v. 3, 2007. (SEP 036).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 11. | | OTSUBO, A. A.; FRANCELINO, C. S. F.; BORGES, C. D.; MERCANTE, F. M.; OTSUBO, I. M. N.; CAVALHEIRO, J. C. T.; SILVA, R. F. da. Avaliações fitotécnicas da cultura da mandioca sob diferentes coberturas de solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 11., 2005, Campo Grande, MS. Ciência e tecnologia para a raiz do Brasil: anais. Campo Grande, MS: Governo do Estado; Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2005. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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