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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
25/04/2022 |
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Data da última atualização: |
25/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LEAL, T. P.; FURLAN, V. C.; GOUVEIA, M. H.; DUARTE, J. M. S.; FONSECA, P. A. S.; TOU, R.; SCLIAR, M. de O.; ARAUJO, G. S. de; COSTA, L. F.; ZOLINI, C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; CARVALHO, M. R. dos S.; LIMA-COSTA, M. F.; GILMAN, R. H.; TARAZONA-SANTOS, E.; RODRIGUES, M. R. |
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Afiliação: |
THIAGO PEIXOTO LEAL, Universidade Federal de Minas Gerais; VINICIUS C. FURLAN, Universidade Federal de Minas Gerais; MATEUS HENRIQUE GOUVEIA, Universidade Federal de Minas Gerais; JULIA MARIA SARAIVA DUARTE, Universidade Federal de Minas Gerais; PABLO A. S. FONSECA, Universidade Federal de Minas Gerais; RAFAEL TOU, Universidade Federal de Minas Gerais; MARILIA DE OLIVEIRA SCLIAR, Universidade de São Paulo; GILDERLANIO SANTANA DE ARAUJO, Universidade Federal do Pará; LUCAS F. COSTA, Universidade Federal de Minas Gerais; CAMILA ZOLINI, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; MARIA RAQUEL SANTOS CARVALHO, Universidade Federal de Minas Gerais; MARIA FERNANDA LIMA-COSTA, Fundação Oswaldo Cruz; ROBERT H. GILMAN, Universidad Peruana Cayetano Heredia; EDUARDO TARAZONA-SANTOS, Universidade Federal de Minas Gerais; MAÍRA RIBEIRO RODRIGUES, Universidade Federal de Minas Gerais. |
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Título: |
NAToRA, a relatedness-pruning method to minimize the loss of dataset size in genetic and omics analyses. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 20, p. 1821-1828, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.04.009 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genetic and omics analyses frequently require independent observations, which is not guaranteed in real datasets. When relatedness cannot be accounted for, solutions involve removing related individuals (or observations) and, consequently, a reduction of available data. We developed a network-based relatedness-pruning method that minimizes dataset reduction while removing unwanted relationships in a dataset. It uses node degree centrality metric to identify highly connected nodes (or individuals) and implements heuristics that approximate the minimal reduction of a dataset to allow its application to complex datasets. When compared with two other popular population genetics methodologies (PLINK and KING), NAToRA shows the best combination of removing all relatives while keeping the largest possible number of individuals in all datasets tested and also, with similar effects on the allele frequency spectrum and Principal Component Analysis than PLINK and KING. NAToRA is freely available, both as a standalone tool that can be easily incorporated as part of a pipeline, and as a graphical web tool that allows visualization of the relatedness networks. NAToRA also accepts a variety of relationship metrics as input, which facilitates its use. We also release a genealogies simulator software used for different tests performed in this study. |
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Palavras-Chave: |
Complex network theory; Genealogies simulator; Genetic kinship; Genética de populações; Parentesco genético; Simulador de genealogias; Teoria de redes complexas. |
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Thesagro: |
Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Population genetics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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773 $tComputational and Structural Biotechnology Journal$gv. 20, p. 1821-1828, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
28/10/2009 |
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Data da última atualização: |
18/11/2009 |
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Autoria: |
OLIVEIRA JUNIOR, A. de. |
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Afiliação: |
ADILSON DE OLIVEIRA JUNIOR, CNPSo. |
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Título: |
Eficiência agronômica de fosfato de richa, utilizados isoladamente ou associados ao superfosfato triplo, para cultura da soja |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
2007. |
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Páginas: |
123 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Piracicaba, 2007. |
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Conteúdo: |
O fósforo (P) é considerado o nutriente mais Iimitante à produção de soja no Brasil. Isso porque, em geral os solos cultivados com essa cultura apresentam baixa disponibilidade natural de P, consequentemente, para a obtenção de produtividades economicamente aceitáveis, toma-se obrigatoriamente necessário o fornecimento de P via fertilização. Praticamente toda a adubação fosfatada da soja é realizada utilizando os fosfatos totalmente acidulados, que possuem elevada solubilidade em água, e quando aplicados no solo podem levar ao aumento demasiado da disponibilidade de P em um momento de baixa demanda pela cultura. Em alternativa, poder-se-ia associar a utilização dos superfosfatos com o uso dos fosfatos de rocha (FR) visando manejar a adubação, por meio da solubilidade diferenciada dessas fontes, de forma que minimizasse as perdas do P aplicado. Nesse sentido foram instalados dois experimentos de campo, sendo um no Estado do Maranhão (Balsas, com inicio em 2004) e o outro no Estado de São Paulo (Palmital, com inicio em 2005). Ambos tiveram como objetivo principal avaliar a eficiência agron6mica de fontes de P para a soja, em função da localização e da solubilidade dos fertilizantes. No experimento localizado em Balsas, as fontes utilizadas foram o Superfosfato Triplo - TSP e o FR Arad, aplicadas isoladamente ou de forma associada. A associação foi realizada de duas formas: i. aplicando-se as fontes separadamente, mas no mesmo tratamento; ii. na forma de misturas entre o TSP e 0 FR. No segundo experimento, as fontes de P (TSP e FR Argélia) foram misturadas em cinco proporções e granuladas, sendo aplicadas em uma dose a lanço e em três no sulco de semeadura. Logo, a Eficiência Agron6mica Relativa (EAR) foi avaliada em condições distintas quanta a localização e quanta a solubilidade das fontes/misturas. Em geral, a EAR das fontes de menor solubilidade em água foi maior quando as mesmas foram aplicadas a lanço e incorporadas ao solo. Por exemplo, no Maranhão o FR a lanço resultou em 77 % de EAR (media das três safras), ao passe que, quando aplicado no sulco a EAR desta fonte foi de 44 %. A utilização associada das fontes aplicando-se o FR a lanço e o TSP no sulco caracterizou-se como alternativa agronomicamente viável, pois, além de ter resultado em elevadas produtividades, o efeito residual do FR persistiu por no mínimo dois cultivos, contribuindo com ate 40 % do valor final de produtividade, quando associado a menor dose de P (TSP). Para a associação das fontes de P na forma de misturas granuladas, verificou-se que a solubilidade em água mínima necessária para a obtenção de produtividades equivalentes a do TSP e de aproximadamente 60 % do teor total de P das fontes, entretanto, este valor variou com a produtividade e com a forma de aplicação das misturas. Logo, a associação de fontes de P aparenta ser uma alternativa viável para manejar a adubação fosfatada com maior eficiência. MenosO fósforo (P) é considerado o nutriente mais Iimitante à produção de soja no Brasil. Isso porque, em geral os solos cultivados com essa cultura apresentam baixa disponibilidade natural de P, consequentemente, para a obtenção de produtividades economicamente aceitáveis, toma-se obrigatoriamente necessário o fornecimento de P via fertilização. Praticamente toda a adubação fosfatada da soja é realizada utilizando os fosfatos totalmente acidulados, que possuem elevada solubilidade em água, e quando aplicados no solo podem levar ao aumento demasiado da disponibilidade de P em um momento de baixa demanda pela cultura. Em alternativa, poder-se-ia associar a utilização dos superfosfatos com o uso dos fosfatos de rocha (FR) visando manejar a adubação, por meio da solubilidade diferenciada dessas fontes, de forma que minimizasse as perdas do P aplicado. Nesse sentido foram instalados dois experimentos de campo, sendo um no Estado do Maranhão (Balsas, com inicio em 2004) e o outro no Estado de São Paulo (Palmital, com inicio em 2005). Ambos tiveram como objetivo principal avaliar a eficiência agron6mica de fontes de P para a soja, em função da localização e da solubilidade dos fertilizantes. No experimento localizado em Balsas, as fontes utilizadas foram o Superfosfato Triplo - TSP e o FR Arad, aplicadas isoladamente ou de forma associada. A associação foi realizada de duas formas: i. aplicando-se as fontes separadamente, mas no mesmo tratamento; ii. na forma de misturas entre o TSP e ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Fertilizantes fosfatados; Fosfatados; Latossolos. |
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Thesagro: |
Aptidão Agrícola; Fertilidade do Solo; Soja. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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500 $aTese (Doutorado em Agronomia) - Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Piracicaba, 2007.
520 $aO fósforo (P) é considerado o nutriente mais Iimitante à produção de soja no Brasil. Isso porque, em geral os solos cultivados com essa cultura apresentam baixa disponibilidade natural de P, consequentemente, para a obtenção de produtividades economicamente aceitáveis, toma-se obrigatoriamente necessário o fornecimento de P via fertilização. Praticamente toda a adubação fosfatada da soja é realizada utilizando os fosfatos totalmente acidulados, que possuem elevada solubilidade em água, e quando aplicados no solo podem levar ao aumento demasiado da disponibilidade de P em um momento de baixa demanda pela cultura. Em alternativa, poder-se-ia associar a utilização dos superfosfatos com o uso dos fosfatos de rocha (FR) visando manejar a adubação, por meio da solubilidade diferenciada dessas fontes, de forma que minimizasse as perdas do P aplicado. Nesse sentido foram instalados dois experimentos de campo, sendo um no Estado do Maranhão (Balsas, com inicio em 2004) e o outro no Estado de São Paulo (Palmital, com inicio em 2005). Ambos tiveram como objetivo principal avaliar a eficiência agron6mica de fontes de P para a soja, em função da localização e da solubilidade dos fertilizantes. No experimento localizado em Balsas, as fontes utilizadas foram o Superfosfato Triplo - TSP e o FR Arad, aplicadas isoladamente ou de forma associada. A associação foi realizada de duas formas: i. aplicando-se as fontes separadamente, mas no mesmo tratamento; ii. na forma de misturas entre o TSP e 0 FR. No segundo experimento, as fontes de P (TSP e FR Argélia) foram misturadas em cinco proporções e granuladas, sendo aplicadas em uma dose a lanço e em três no sulco de semeadura. Logo, a Eficiência Agron6mica Relativa (EAR) foi avaliada em condições distintas quanta a localização e quanta a solubilidade das fontes/misturas. Em geral, a EAR das fontes de menor solubilidade em água foi maior quando as mesmas foram aplicadas a lanço e incorporadas ao solo. Por exemplo, no Maranhão o FR a lanço resultou em 77 % de EAR (media das três safras), ao passe que, quando aplicado no sulco a EAR desta fonte foi de 44 %. A utilização associada das fontes aplicando-se o FR a lanço e o TSP no sulco caracterizou-se como alternativa agronomicamente viável, pois, além de ter resultado em elevadas produtividades, o efeito residual do FR persistiu por no mínimo dois cultivos, contribuindo com ate 40 % do valor final de produtividade, quando associado a menor dose de P (TSP). Para a associação das fontes de P na forma de misturas granuladas, verificou-se que a solubilidade em água mínima necessária para a obtenção de produtividades equivalentes a do TSP e de aproximadamente 60 % do teor total de P das fontes, entretanto, este valor variou com a produtividade e com a forma de aplicação das misturas. Logo, a associação de fontes de P aparenta ser uma alternativa viável para manejar a adubação fosfatada com maior eficiência.
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