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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
17/12/2013 |
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Data da última atualização: |
15/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
McCLURE, M. C.; SONSTEGARD, T. S.; WIGGANS, G. R.; EENENNAAM, A. L. V.; WEBER, K. L.; PENEDO, C. T.; BERRY, D. P.; FLYNN, J.; GARCIA, J. F.; CARMO, A. S.; REGITANO, L. C. de A.; ALBUQUERQUE, M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; COFFEY, M.; MOORE, K.; BOSCHER, M. Y.; GENESTOUT, L.; MAZZA, R.; TAYLOR, J. F.; SCHNABEL, R. D.; SIMPSON, B.; MARQUES, E.; McEWAN, J. C.; CROMIE, A.; COUTINHO, L. L.; KUEHN, L. A.; KEELE, J. W.; PIPER, E. K.; COOK, J.; WILLIAMS, R.; TASSELL, C. P. V. |
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Afiliação: |
MATTHEW C. McCLURE, USDA; TAD S. SONSTEGARD, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA; ALISON L. VAN EENENNAAM, University of California - Davis; KRISTINA L. WEBER, University of California-Davis; CECILIA T. PENEDO, University of California-Davis; DONAGH P. BERRY, Animal and Grassland Research and Innovation Centre, Ireland; JOHN FLYNN, Weatherbys DNA Laboratory, Ireland; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; ADRIANA S. CARMO, Deoxi Biotecnologia, Araçatuba; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; MILLA ALBUQUERQUE, USP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MIKE COFFEY, SRUC, Scotland; KIRSTY MOORE, SRUC, Scotland; MARIE-YVONNE BOSCHER, LABOGENA, France; LUCIE GENESTOUT, LABOGENA, France; RAFFAELE MAZZA, Italian Breeders Association, Roma; JEREMY F. TAYLOR, University of Missouri-Columbia; ROBERT D. SCHNABEL, University of Missouri-Columbia; BARRY SIMPSON, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; ELISA MARQUES, GeneSeek, Neogen Company, Lincoln, USA; JOHN C. McEWAN, AgResearch, Invermay Agricultural Centre, New Zealand; ANDREW CROMIE, Irish Cattle Breeding Federation, Ireland; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ/USP; LARRY A. KUEHN, USDA-ARS; JOHN W. KEELE, USDA-ARS; EMILY K. PIPER, University of Queensland, Australia; JIM COOK, University of New England, Australia; ROBERT WILLIAMS, American-International Charolais Association, USA; CURTIS P. VAN TASSELL, USDA. |
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Título: |
Imputation of microsatellite alleles from dense SNP genotypes for parentage verification across multiple Bos taurus and Bos indicus breeds. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 4, n. 176, 2013. |
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Páginas: |
11 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
To assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS genotypes, this figure was 96% for our reference animals, indicating potential errors in the reported MS genotypes. The workflow we suggest autocorrects for genotyping errors and rare haplotypes, by MS genotyping animals whose imputed MS alleles fail parentage verification, and then incorporating those animals into the reference dataset. MenosTo assist cattle producers transition from microsatellite (MS) to single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for parental verification we previously devised an effective and inexpensive method to impute MS alleles from SNP haplotypes. While the reported method was verified with only a limited data set (N = 479) from Brown Swiss, Guernsey, Holstein, and Jersey cattle, some of the MS-SNP haplotype associations were concordant across these phylogenetically diverse breeds. This implied that some haplotypes predate modern breed formation and remain in strong linkage disequilibrium. To expand the utility of MS allele imputation across breeds, MS and SNP data from more than 8000 animals representing 39 breeds (Bos taurus and B. indicus) were used to predict 9410 SNP haplotypes, incorporating an average of 73 SNPs per haplotype, for which alleles from 12 MS markers could be accurately be imputed. Approximately 25% of the MS-SNP haplotypes were present in multiple breeds (N = 2 to 36 breeds). These shared haplotypes allowed for MS imputation in breeds that were not represented in the reference population with only a small increase in Mendelian inheritance inconsistancies. Our reported reference haplotypes can be used for any cattle breed and the reported methods can be applied to any species to aid the transition from MS to SNP genetic markers. While ~91% of the animals with imputed alleles for 12 MS markers had ≤1 Mendelian inheritance conflicts with their parents' reported MS ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Imputation; Microsatellite; Parentage verification; SNP; STR. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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| Registros recuperados : 276 | |
| 101. |  | THOMAZINI, M. J.; SILVA, E. O.; GONCALVES, R. C.; COSTA, V. A.; OLIVEIRA, M. R. V. Inimigos naturais de moscas-brancas (Hemiptera: Aleyrodidae) no estado do Acre. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. 1 p. 1 CD ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 103. | | PAIVA, I. F.; SILVEIRA, C. C.; LIRA, G. S.; FERNANDES, R. E.; OLIVEIRA, M. R. V. Estudo do efeito do uso de inseticidas naturais (Nim, Unha-de-cão e saboneteira), em relação ao desenvolvimento da mosca-branca (Bemisia tabaci), no melão (Cucumis melo l.). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 6., 2001, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2001. p. 96.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 104. | | PAULA-MORAES, S. V.; NÁVIA, D.; PINHEIRO, F.; OLIVEIRA, M. R. V. de. Eldana saccharina (Walker). In: OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA MORAES, S. V. de (Ed.). Lepidópteras quarentenárias para o Brasil: subsídios para identificação e análise de risco de pragas. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 295 p. p. 142-148.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 105. | | SANTOS, E. A.; GOMES, L. O.; ICUMA, I. M.; OLIVEIRA, M. R. V. Estudo comparativo do ciclo de vida e da capacidade predatória de Chrysoperla externa e Ceraeochrysa claveri.(Neuroptera: chrysopidae) sobre ovos de Bemisia tabaci Biótipo b (hemiptera: aleyrodidae). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 6., 2001, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2001. p. 95.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 108. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA-MORAES, S. V.; NÁVIA, D.; PINHEIRO, F. Crytophlebia leucotreta (Meyrick). In: OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA MORAES, S. V. de (Ed.). Lepidópteras quarentenárias para o Brasil: subsídios para identificação e análise de risco de pragas. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 295 p. p. 79-86.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 110. | | RABELLO, A. R.; QUEIROZ, P. R.; LIMA, L. H. C.; OLIVEIRA, M. R. V.; MEHTA, A. Diversidade genética em biótipos de Bemisia tabaci utilizando marcadores PCR-RFLP da região ITS1 r DNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 12.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 112. | | PAULA-MORAES, S. V.; OLIVEIRA, M. R. V. de; PINHEIRO, F.; NÁVIA, D. Cydia janthiana (Duponchel). In: OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA MORAES, S. V. de (Ed.). Lepidópteras quarentenárias para o Brasil: subsídios para identificação e análise de risco de pragas. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 295 p. p. 100-102.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 114. | | PAULA-MORAES, S. V.; OLIVEIRA, M. R. V. de; NÁVIA, D.; PINHEIRO, F. Carposina niponensis (Walsingham). In: OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA MORAES, S. V. de (Ed.). Lepidópteras quarentenárias para o Brasil: subsídios para identificação e análise de risco de pragas. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 295 p. p. 51-56.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 115. | | VILARINHO, K. R.; SILVA, S. F.; OLIVEIRA, M. R. V.; MONNERAT, R. Monitoramento das populações de Anthonomus grandis (Coleoptera: Curculionidae), na cultura do algodoeiro em Brasília-DF. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 234.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 120. | | OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA-MORAES, S. V.; NÁVIA, D.; PINHEIRO, F. Ostrinia furnacalis (Guenée). In: OLIVEIRA, M. R. V. de; PAULA MORAES, S. V. de (Ed.). Lepidópteras quarentenárias para o Brasil: subsídios para identificação e análise de risco de pragas. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2007. 295 p. p. 201-207.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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