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| Registros recuperados : 391 | |
| 221. |  | LOPES, F. S. C.; SOUZA, A. M. de; OLIVEIRA, J. V. de; OLIVEIRA, J. E. de M.; OLIVEIRA, M. D. de; MENEZES, K. O. de. Cochonilhas-farinhentas associadas à formiga Dorymyrmex bicolor em agroecossistema de videira no Submédio São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 26.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 9., 2016, Maceió. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 222. | | SILVA, L. E.; CLARO, P. I. C.; SANFELICE, R. C.; GUIMARÃES JÚNIOR, M.; OLIVEIRA, J. E.; UGUCIONI, J. C.; CORREA, D. S.; TONOLI, G. H. D. Cellulose nanofibrils modification with polyaniline aiming at enhancing electrical properties for application in flexible electronics. Cellulose Chemistry and Technology, v. 53, n. 7-8, 2019. 775 - 786| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 223. | | ROQUE, A. P.; OLIVEIRA, J. A.; SCAGION, V. P.; OLIVEIRA, J. E.; DE BONI, L.; MENDONÇA, C. R.; MATTOSO, L. H. C.; CORREA, D. S. Emprego da eletrofiação na produção de micro e nanofibras de polimetilmetacrilato. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 74. Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Lucimara Aparecida Forato, Maria Alice Martins, Ladislau Marcelino Rabello, Rubens Bernardes Filho. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56)| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 224. | | PAZ, H. H. R.; MIRANDA, T. R.; SOUZA, A. M. de; MENEZES, K. O. de; FERNANDES, M. H. de A.; OLIVEIRA, J. E. de M. Eficiência do uso do óleo de laranja no controle de Tetranychus urticae Koch (Acari: Tetranychidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 25., 2014, Goiânia. Entomologia integrada à sociedade para o desenvolvimento sustentável: anais. Goiânia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2014. 1 Pen drive.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 225. | | SCAGION, V. P.; MERCANTE, L. A.; SAKAMOTO, K. Y.; OLIVEIRA, J. E.; FONSECA, F. J.; MATTOSO, L. H. C.; FERREIRA, M. D.; CORREA, D. S. An electronic tongue based on conducting electrospun nanofibers for detecting tetracycline in milk samples. RSC advances, [S. l.], v. 6, p. 103740-103746, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 226. | | SOUZA, I. D.; OLIVEIRA, J. E. de M.; OLIVEIRA, O. A.; FERNANDES, M. H. A.; SILVA, R. C. S.; PINTO JUNIOR, E. S. Eficiência de sais de potássio no manejo de população de Tetranychus urticae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 14., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 227. | | MIRANDA, T. R.; SOUZA, A. M.; MENEZES, K. O. de; PAZ, H. H. R.; FERNANDES, M. H. de A.; OLIVEIRA, J. E. de M. Eficiência do subproduto da extração do óleo de algodão no controle de fêmeas adultas de Tetranychus urticae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 25., 2014, Goiânia. Entomologia integrada à sociedade para o desenvolvimento sustentável: anais. Goiânia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2014. 1 Pen drive.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 228. | | OLIVEIRA, J. E. de M.; FERNANDES, M. H. A.; SOUZA, I. D.; OLIVEIRA, A. C.; SILVA, R. C. S.; PINTO JUNIOR, E. S. Eficiência do tiametoxan (Actara 250 WG) no controle de cochonilhas (Hemiptera: Pseudococcidae) em parreirais In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 14., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 230. | | SILVA, R. C. S.; OLIVEIRA, J. E. de M.; SOUZA, I. D.; FERNANDES, M. H. A.; OLIVEIRA, A. C.; PAZ, H. H. R.; MACÊDO, R. R. R. Eficácia do concentrado emulsionável de Azadirachta indica (Azamax®) no controle de Tetranychus urticae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 14., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 231. | | COSTA, R. G. F.; OLIVEIRA, J. E. de; PAULA, G. F. de; PICCIANI, P. H. de S.; MEDEIROS, E. S. de; RIBEIRO, C.; MATTOSO, L. H. C. Eletrofiação de polímeros em solução. Parte I: Fundamentação Teórica Polimeros, São Carlos, v. 22, n. 2, p. 170-177, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 232. | | COSTA, R. G. F.; OLIVEIRA, J. E. de; PAULA, G. F. de; PICCIANI, P. H. de S.; MEDEIROS, E. S. de; RIBEIRO, C.; MATTOSO, L. H. C. Eletrofiação de polímeros em solução. Parte II: Aplicações e Perspectivas Polimeros, São Carlos, v. 22, n. 2, p. 178-185, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 233. | | OLIVEIRA, J. E. de M.; MOREIRA, A. N.; OLIVEIRA, A. C.; SANTOS, A. C.; SOUZA, I. D. de; AMANDO, M. L. C. S. Eficiência de isca adesiva para monitoramento de populações de cochonilhas farinhentas (Hemiptera: Pseudococcidae) em parreirais no Vale do São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 23., 2010, Natal. Anais... Natal: Sociedade Brasileira de Entomologia, 2010. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 234. | | FERNANDES, M. H. A.; OLIVEIRA, J. E. de M.; OLIVEIRA, A. C.; SOUZA, I. D.; SILVA, J. G.; PINTO JUNIOR, E. S.; SILVA, C. S. B.; BORGES, R. Atratividade e mortalidade de mosca-das-frutas (Ceratitis capitata) com diferentes formulações de iscas tóxicas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 14., 2012, Curitiba. SEB - 40 anos de avanços da Ciência Entomológica Brasileira. Curitiba: SEB, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 235. | | FERNANDES, M. H. de A.; MENEZES, K. O. de; SOUZA, A. M. de; LOPES, F. S. C.; OLIVEIRA, J. E. de M.; GERVASIO, R. de C. R. G. Atividade fumigante do óleo essencial de laranja sobre o ácaro rajado Tetranychus urticae (Acari: Tetranychidae). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 26.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 9., 2016, Maceió. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 236. | | PEREIRA, V. S.; MENEZES, K. O.; PAZ, H. H. R.; OLIVEIRA, M. D. de; LOPES, F. S. C.; OLIVEIRA, J. E. de M. Associação do concentrado emulsionável de nim com óleo da casca de laranja no manejo de Tetranychus urticae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 25., 2014, Goiânia. Entomologia integrada à sociedade para o desenvolvimento sustentável: anais. Goiânia: Sociedade Entomológica do Brasil, 2014. 1 Pen drive.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 237. | | SOUZA, G. M. M. de; MENEZES, K. O. de; LOPES, F. S. C.; SANTOS, A. M. dos; BATISTA, J. de L.; OLIVEIRA, J. E. de M. Associação de inseticidas e óleo mineral visando seletividade ao predador Cryptolaemus montrouzieri Mulsant. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 26.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 9., 2016, Maceió. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 238. | | MOREIRA, A. N.; OLIVEIRA, J. V. de; OLIVEIRA, J. E. de M.; TORRES, J. B.; SOUZA, G. M. M. de; FRANÇA, S. M. de. Amostragem de Frankliniella sp em inflorescências de videira. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 27.; CONGRESSO LATINO-AMERICANO DE ENTOMOLOGIA, 10., 2018, Gramado, RS. Saúde, ambiente e agricultura: anais. Gramado: SEB, 2018. p. 949.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 239. | | MIRANDA, J. dos R.; LIMA, L. L. de; OLIVEIRA, J. E. de M.; BARBOSA, F. R.; PEREIRA, S. N.; CONCEIÇÃO, J. L. A. Amostragem de ovos de Cryptoblabes gnidiella (Millière, 1867) (Lepidoptera: Pyralidae) em diferentes idades de cachos de videira. In: SIMPÓSIO DE ENTOMOLOGIA, 1., REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE DE ENTOMOLOGIA DA PARAÍBA, 3., 2007, Campina Grande. Entomologia e biodiversidade: anais. Campina Grande: Sociedade de Entomologia da Paraíba, 2007. p. 106.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 240. | | NATARELLI, C. V. L.; CLARO, P. I. C.; MIRANDA, K. W. E.; FERREIRA, G. M. D.; OLIVEIRA, J. E.; MARCONCINI, J. M. 2,4 - Dichlorophenoxyacetic acid adsorption on montmorillonite organoclay for controlled release applications. SN Applied Science, n. 1, art. 1212, 2019 13 p. Published online 13 september 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| Registros recuperados : 391 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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Data corrente: |
01/03/2023 |
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Data da última atualização: |
01/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
FREIRE, R. P.; HERNANDEZ-GONZALEZ, J. E.; LIMA, E. R.; SUZUKI, M. F.; OLIVEIRA, J. E. de; TORATI, L. S.; BARTOLINI, P.; SOARES, C. R. J. |
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Afiliação: |
RENAN PASSOS FREIRE, IPEN-CNEN; JORGE ENRIQUE HERNANDEZ-GONZALEZ, UNESP-São Paulo, SP; ELIANA ROSA LIMA, IPEN-CNEN; MIRIAM FUSSAE SUZUKI, IPEN-CNEN; JOÃO EZEQUIEL DE OLIVEIRA, IPEN-CNEN; LUCAS SIMON TORATI, CNPASA; PAOLO BARTOLINI, IPEN-CNEN; CARLOS ROBERTO JORGE SOARES, IPEN-CNEN. |
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Título: |
Molecular cloning and AlphaFold modeling of Thyrotropin (ag-TSH) from the amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas). |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics and Biology Insights, v. 17, p. 1-13, 2023. |
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ISSN: |
1177-9322 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1177/11779322231154148 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Arapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recombinant expression in HEK293F cells reached a yield of 25mg/L, characterized via chromatographic and physical-chemical techniques. This work shows that other Arapaima gigas proteins could be studied in a similar way, using the combination of these techniques, recovering more information from its genome and improving the reproduction and preservation of this prehistoric fish. MenosArapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recom... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Peixe; Pirarucu. |
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Thesaurus NAL: |
Arapaima gigas; Fish; Molecular cloning; Prediction; Thyrotropin. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1152025/1/bbi-2023.pdf
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Marc: |
LEADER 02800naa a2200313 a 4500
001 2152025
005 2023-03-01
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022 $a1177-9322
024 7 $ahttps://doi.org/10.1177/11779322231154148$2DOI
100 1 $aFREIRE, R. P.
245 $aMolecular cloning and AlphaFold modeling of Thyrotropin (ag-TSH) from the amazonian fish pirarucu (Arapaima gigas).$h[electronic resource]
260 $c2023
520 $aArapaima gigas, known as Pirarucu in Brazil, is one of the largest freshwater fish in the world. Some individuals could reach 3m in length and weight up to 200kg. Due to extinction risks and its economic value, the species has been a focus for preservation and reproduction studies. Thyrotropin (TSH) is a glycoprotein hormone formed by 2 subunits a and b whose main activity is related to the synthesis of thyroid hormones (THs)?T3 and T4. In this work, we present a combination of bioinformatics tools to identify Arapaima gigas bTSH (ag-bTSH), modeling its molecular structure and express the recombinant heterodimer form in mammalian cells. Using the combination of computational biology, based on genome-related information, in silico molecular cloning and modeling led to confirm results of the ag-bTSH sequence by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and transient expression in human embryonic kidney (HEK293F) cells. Molecular cloning of ag-bTSH retrieved 146 amino acids with a signal peptide of 21 amino acid residues and 6 disulfide bonds. The sequence has a similarity to 39 fish species, ranging between 43.1% and 81.6%, whose domains are extremely conserved, such as cystine knot motif and N-glycosylation site. The Arapaima gigas thyrotropin (ag-TSH) model, solved by AlphaFold, was used in molecular dynamics simulations with Scleropages formosus receptor, providing similar values of free energy AGbind and AGPMF in comparison with Homo sapiens model. The recombinant expression in HEK293F cells reached a yield of 25mg/L, characterized via chromatographic and physical-chemical techniques. This work shows that other Arapaima gigas proteins could be studied in a similar way, using the combination of these techniques, recovering more information from its genome and improving the reproduction and preservation of this prehistoric fish.
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650 $aPrediction
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700 1 $aSOARES, C. R. J.
773 $tBioinformatics and Biology Insights$gv. 17, p. 1-13, 2023.
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Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
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