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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido; Embrapa Soja. |
Data corrente: |
13/09/2023 |
Data da última atualização: |
17/01/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
FERREIRA-NETO. J. R. C.; SILVA, M. D. da; BINNECK, E.; MELO, N. F. de; SILVA, R. G. da; MELO, A. L. T. M. de; PANDOLFI, V.; BUSTAMANTE, F. de O.; VIDAL, A. C. B.; BENKO-ISEPPON, A. M. |
Afiliação: |
JOSÉ RIBAMAR COSTA FERREIRA-NETO, UFPE; MANASSÉS DANIEL DA SILVA, UFPE; ELISEU BINNECK, CNPSO; NATONIEL FRANKLIN DE MELO, CPATSA; RAHISA HELENA DA SILVA; ANA LUIZA TRAJANO MANGUEIRA DE MELO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; FERNANDA DE OLIVEIRA BUSTAMANTE, UFPE; ANA CHRISTINA BRASILEIRO-VIDAL, UFPE; ANA MARIA BENKO-ISEPPON, UFPE. |
Título: |
Bridging the gap: combining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
Plants, v. 12, 3246, 2023. |
Páginas: |
23 p. |
DOI: |
10.3390/plants12183246 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Stylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. MenosStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Aquaporinas; Bioma Caatinga; Elementos móveis; Genoma nuclear; PRR-genes; R-genes. |
Thesagro: |
Leguminosa; Stylosanthes Scabra. |
Thesaurus Nal: |
Aquaporins; Drought; Nuclear genome. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02798naa a2200385 a 4500 001 2156669 005 2024-01-17 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3390/plants12183246$2DOI 100 1 $aFERREIRA-NETO. J. R. C. 245 $aBridging the gap$bcombining genomics and transcriptomics approaches to understand Stylosanthes scabra, an orphan legume from the Brazilian Caatinga.$h[electronic resource] 260 $c2023 300 $a23 p. 520 $aStylosanthes scabra is a scientifically orphaned legume found in the Brazilian Caatinga biome (a semi-arid environment). This work utilized omics approaches to investigate some ecophysiological aspects of stress tolerance/resistance in S. scabra, study its genomic landscape, and predict potential metabolic pathways. Considering its high-confidence conceptual proteome, 1694 (~2.6%) proteins were associated with resistance proteins, some of which were found in soybean QTL regions that confer resistance to Asian soybean rust. S. scabra was also found to be a potential source of terpenes, as biosynthetic gene clusters associated with terpene biosynthesis were identified in its genome. The analysis revealed that mobile elements comprised approximately 59% of the sequenced genome. In the remaining 41% of the sections, some of the 22,681 protein-coding gene families were categorized into two informational groups: those that were specific to S. scabra and those that expanded significantly compared to their immediate ancestor. Biological process enrichment analyses indicated that hese gene families play fundamental roles in the adaptation of S. scabra to extreme environments. Additionally, phylogenomic analysis indicated a close evolutionary relationship between the genera Stylosanthes and Arachis. Finally, this study found a high number (57) of aquaporin-encoding loci in the S. scabra genome. RNA-Seq and qPCR data suggested that the PIP subfamily may play a key role in the species? adaptation to water deficit conditions. Overall, these results provide valuable insights into S. scabra biology and a wealth of gene/transcript information for future legume omics studies. 650 $aAquaporins 650 $aDrought 650 $aNuclear genome 650 $aLeguminosa 650 $aStylosanthes Scabra 653 $aAquaporinas 653 $aBioma Caatinga 653 $aElementos móveis 653 $aGenoma nuclear 653 $aPRR-genes 653 $aR-genes 700 1 $aSILVA, M. D. da 700 1 $aBINNECK, E. 700 1 $aMELO, N. F. de 700 1 $aSILVA, R. G. da 700 1 $aMELO, A. L. T. M. de 700 1 $aPANDOLFI, V. 700 1 $aBUSTAMANTE, F. de O. 700 1 $aVIDAL, A. C. B. 700 1 $aBENKO-ISEPPON, A. M. 773 $tPlants$gv. 12, 3246, 2023.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
19/12/2001 |
Data da última atualização: |
12/12/2018 |
Autoria: |
DI MAURO, A. O.; OLIVEIRA, R. C. de; OLIVEIRA, J. A. de. |
Afiliação: |
Antonio Orlando Di Mauro, Universidade Estadual Paulista - UNESP/Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - FCAV/Departamento de Produção Vegetal; Roberto Carlos de Oliveira, Universidade Estadual Paulista - UNESP/Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - FCAV/Departamento de Produção Vegetal; João Ademir de Oliveira, Universidade Estadual Paulista - UNESP/Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - FCAV/Departamento de Produção Vegetal. |
Título: |
Capacidade embriogênica de cultivar IAS-5 de soja. |
Ano de publicação: |
2001 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 36, n. 11, p. 1381-1385, nov. 2001 |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Título em inglês: Embryogenic capability of cultivar IAS-5 of soybean. |
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi estudar o controle genético da formação de embriões somáticos da cultivar IAS-5 de soja. O experimento foi conduzido em casa de vegetação, cultivando-se quatro plantas por vaso, sob fotoperíodo de 14 horas e temperatura em torno de 28°C. Efetuaram-se cruzamentos entre os parentais não-embriogênicos (cultivares IAC-6, Paraná e IAC-15) e embriogênico (cultivar IAS-5) e retrocruzamentos para obtenção das gerações F1, F2, RC1P1 e RC1P2. Cotilédones imaturos, com 4-6 mm de comprimento, derivados dos parentais das gerações F1, F2, RC1P1 e RC1P2 foram cultivados em placas de Petri contendo meio N10, por um período de 90 dias, em câmara de crescimento. Os embriões somáticos derivados da indução foram contados, e os números, usados para obtenção dos parâmetros genéticos. Os resultados obtidos mostraram que o caráter capacidade de produção de embriões somáticos da cultivar IAS-5 é de natureza quantitativa e controlado por, aproximadamente, 20 genes. |
Palavras-Chave: |
Embrião somático; Genetic control; Genetic inheritance; Herança genética. |
Thesagro: |
Controle Genético; Glycine Max; Hibridação. |
Thesaurus NAL: |
hybridization; somatic embryos. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/AI-SEDE/20958/1/1381.pdf
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Marc: |
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Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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