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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
09/05/2023 |
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Data da última atualização: |
22/08/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, C. S.; SILVA, M. V. G. B.; QUINTAO, C. C. R.; OTTO, P. I.; ALONSO, R. V.; FERES, L. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; CAMARGO, L. S. de A. |
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Afiliação: |
CLARA SLADE OLIVEIRA, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; CAROLINA CAPOBIANGO ROMANO QUINTAO, CNPGL; PAMELA ITAJARA OTTO, Universidade Federal de Santa Maria; RODRIGO VITORIO ALONSO, Nelore Myo Genetica Bovina; LUIZ FERNANDO FERES, Universidade Jose do Rosario Vellano-UNIFENAS; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; LUIZ SERGIO DE ALMEIDA CAMARGO, CNPGL. |
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Título: |
Imputation accuracy for genomic selection using embryo biopsy samples in Gir. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Reproductive Biology, v. 23, 100765, 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.repbio.2023.100765 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to establish a platform for genomic selection of in vitro-fertilized (IVF) Gir embryos. Multiple displacement amplification (MDA)-based embryo biopsy samples were genotyped, and genomic estimated breeding values (GEBV) for milk yield (305MY) were calculated. The concordance of GEBV and accuracy between embryo biopsies and the respective liveborn were assessed. Imputation was performed using two panels (Z-Chip and Bovine HD, Illumina) based on a database of 73,110 lactating cow's database and pedigree files from 147,131 animals. Biopsied embryos had similar pregnancy rates (39% vs 40%), pregnancy loss rates (18% vs 20%), and pregnancy length compared to Control embryos. After genotyping, low call rate means were detected for biopsy samples compared to the respective calf samples (0.80 vs 0.98). Imputation presented 0.83 (Z-Chip) and 0.96 (HD) accuracy (CORRanim). Embryo GEBV accuracy levels were higher in BovineHD imputation (0.82) than Z-Chip imputation (0.55) or no imputation (0.62), and the correlation between embryo/calf pairs' accuracy was 0.85 for BovineHD imputation, 0.11 for Z-Chip imputation, and 0.02 for no imputation. GEVB estimates correlation between embryo/calf pairs was 0.87 for BovineHD imputation, 0.80 for Z-Chip imputation, and 0.41 before imputation. The call rate of embryo samples did not affect the correlation between embryo/calf pairs for accuracy and GEBV before and after BovineHD imputation. Embryos obtained on the same farm presented GEBV 305MY differences of up to 800 kg, emphasizing the expected impact of embryo genomic selection for the Gir breed. MenosThe aim of this study was to establish a platform for genomic selection of in vitro-fertilized (IVF) Gir embryos. Multiple displacement amplification (MDA)-based embryo biopsy samples were genotyped, and genomic estimated breeding values (GEBV) for milk yield (305MY) were calculated. The concordance of GEBV and accuracy between embryo biopsies and the respective liveborn were assessed. Imputation was performed using two panels (Z-Chip and Bovine HD, Illumina) based on a database of 73,110 lactating cow's database and pedigree files from 147,131 animals. Biopsied embryos had similar pregnancy rates (39% vs 40%), pregnancy loss rates (18% vs 20%), and pregnancy length compared to Control embryos. After genotyping, low call rate means were detected for biopsy samples compared to the respective calf samples (0.80 vs 0.98). Imputation presented 0.83 (Z-Chip) and 0.96 (HD) accuracy (CORRanim). Embryo GEBV accuracy levels were higher in BovineHD imputation (0.82) than Z-Chip imputation (0.55) or no imputation (0.62), and the correlation between embryo/calf pairs' accuracy was 0.85 for BovineHD imputation, 0.11 for Z-Chip imputation, and 0.02 for no imputation. GEVB estimates correlation between embryo/calf pairs was 0.87 for BovineHD imputation, 0.80 for Z-Chip imputation, and 0.41 before imputation. The call rate of embryo samples did not affect the correlation between embryo/calf pairs for accuracy and GEBV before and after BovineHD imputation. Embryos obtained on the same farm p... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Genotipagem. |
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Thesagro: |
Biopsia; Bovino; Embrião Animal; Gado Gir. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
06/10/2010 |
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Data da última atualização: |
23/02/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
BARROS, Y. J.; MELO, V. de F.; SAUTTER, K. D.; BUSCHLE, B.; OLIVEIRA, E. B. de; AZEVEDO, J. C. R. de; SOUZA, L. C. de P.; KUMMER, L. |
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Afiliação: |
YARA JUREMA BARROS, UFPR; VANDER DE FREITAS MELO, UFPR; KLAUS DIETER SAUTER, UNICENP; BRENDA BUSCHLE, UTFPR; EDILSON BATISTA DE OLIVEIRA, CNPF; JULIO CÉSAR RODRIGUES DE AZEVEDO, UTFPR; LUIZ CLAUDIO DE PAULA SOUZA, UFPR; LARISSA KUMMER, UTFPR. |
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Título: |
Indicadores de qualidade de solos em área de mineração e metalurgia de chumbo. II - Mesofauna e plantas. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Ciência do Solo, v. 34, p. 1413-1426, 2010. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A influência do manejo ou a adição de contaminante ao solo, normalmente, induz uma resposta mais rápida sobre a mesofauna do solo do que em outros atributos pedológicos, o que torna esses organismos bons indicadores de qualidade ambiental. Os objetivos deste trabalho foram identificar e quantificar os grupos de organismos da mesofauna dos solos e determinar os teores de Pb e Zn de plantas da área de mineração e metalurgia de Pb, no município de Adrianópolis (PR), de modo que fossem gerados indicadores biológicos da qualidade desses solos. Os solos selecionados apresentaram as seguintes características em relação às formas de contaminação: solo 1 - referência (mata nativa); solo 2 - resíduos incorporados ao perfil; solos 3 e 6 - próximos às chaminés da fábrica, com potencial de aporte de material particulado; e solo 5 - grande volume de rejeitos sobre o solo. Foram utilizados funis de Berlese, coletando-se amostras na profundidade de 0 a 5 cm (20 funis x 5 solos x 1 profundidade x 4 épocas = 400 amostras). Após separação da mesofauna, procedeu-se à triagem e identificação dos organismos com o auxílio de lupa. Amostras de formiga foram digeridas com HNO3 concentrado em sistema fechado de micro-ondas, e os teores de Pb e Zn foram determinados por espectroscopia de emissão atômica com plasma indutivamente acoplado (ICPAES). Plantas da família Poaceae foram coletadas em todos os solos e, após digestão das amostras da parte aérea e da raiz pelo método nítrico-perclórico, determinaram-se os teores de Pb e Zn por ICP-AES. O número total de organismos dos 21 grupos identificados e o Índice de Qualidade Ambiental da Mesofauna não foram bons indicadores do nível de contaminação dos solos por metais pesados. A ocorrência e distribuição de espécies isoladas mostraram-se mais eficientes nesse propósito. A melhor qualidade ambiental do solo 1 (teores naturais de Pb - solo de referência) foi atestada pela maior riqueza de grupos de organismos e ocorrência de representantes dos grupos Pseudoscorpiones, Mollusca e Isopoda apenas nesse solo. Os grupos Aracnídeos e Psocoptera também foram considerados bons indicadores ambientais, com incremento de suas populações nos solos com maiores teores de metais pesados (solos 2, 3 e 5), possivelmente devido à menor ocorrência de organismos competidores/predadores desses grupos. Os teores de metais pesados nos indivíduos do grupo Formicidae tiveram relação direta com os teores de Pb extraídos com HNO3 0,5 mol L-1 no solo. Quanto ao acúmulo de metais pesados nas plantas coletadas na área, com exceção do solo 1, todas as espécies encontravamse sob efeito fitotóxico para Pb e Zn, o que sugere a proibição de pastejo na área. MenosA influência do manejo ou a adição de contaminante ao solo, normalmente, induz uma resposta mais rápida sobre a mesofauna do solo do que em outros atributos pedológicos, o que torna esses organismos bons indicadores de qualidade ambiental. Os objetivos deste trabalho foram identificar e quantificar os grupos de organismos da mesofauna dos solos e determinar os teores de Pb e Zn de plantas da área de mineração e metalurgia de Pb, no município de Adrianópolis (PR), de modo que fossem gerados indicadores biológicos da qualidade desses solos. Os solos selecionados apresentaram as seguintes características em relação às formas de contaminação: solo 1 - referência (mata nativa); solo 2 - resíduos incorporados ao perfil; solos 3 e 6 - próximos às chaminés da fábrica, com potencial de aporte de material particulado; e solo 5 - grande volume de rejeitos sobre o solo. Foram utilizados funis de Berlese, coletando-se amostras na profundidade de 0 a 5 cm (20 funis x 5 solos x 1 profundidade x 4 épocas = 400 amostras). Após separação da mesofauna, procedeu-se à triagem e identificação dos organismos com o auxílio de lupa. Amostras de formiga foram digeridas com HNO3 concentrado em sistema fechado de micro-ondas, e os teores de Pb e Zn foram determinados por espectroscopia de emissão atômica com plasma indutivamente acoplado (ICPAES). Plantas da família Poaceae foram coletadas em todos os solos e, após digestão das amostras da parte aérea e da raiz pelo método nítrico-perclórico, determina... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioindicador; Contaminação ambiental. |
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Thesagro: |
Metal Pesado. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/27960/1/37.pdf
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Marc: |
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245 $aIndicadores de qualidade de solos em área de mineração e metalurgia de chumbo. II - Mesofauna e plantas.$h[electronic resource]
260 $c2010
520 $aA influência do manejo ou a adição de contaminante ao solo, normalmente, induz uma resposta mais rápida sobre a mesofauna do solo do que em outros atributos pedológicos, o que torna esses organismos bons indicadores de qualidade ambiental. Os objetivos deste trabalho foram identificar e quantificar os grupos de organismos da mesofauna dos solos e determinar os teores de Pb e Zn de plantas da área de mineração e metalurgia de Pb, no município de Adrianópolis (PR), de modo que fossem gerados indicadores biológicos da qualidade desses solos. Os solos selecionados apresentaram as seguintes características em relação às formas de contaminação: solo 1 - referência (mata nativa); solo 2 - resíduos incorporados ao perfil; solos 3 e 6 - próximos às chaminés da fábrica, com potencial de aporte de material particulado; e solo 5 - grande volume de rejeitos sobre o solo. Foram utilizados funis de Berlese, coletando-se amostras na profundidade de 0 a 5 cm (20 funis x 5 solos x 1 profundidade x 4 épocas = 400 amostras). Após separação da mesofauna, procedeu-se à triagem e identificação dos organismos com o auxílio de lupa. Amostras de formiga foram digeridas com HNO3 concentrado em sistema fechado de micro-ondas, e os teores de Pb e Zn foram determinados por espectroscopia de emissão atômica com plasma indutivamente acoplado (ICPAES). Plantas da família Poaceae foram coletadas em todos os solos e, após digestão das amostras da parte aérea e da raiz pelo método nítrico-perclórico, determinaram-se os teores de Pb e Zn por ICP-AES. O número total de organismos dos 21 grupos identificados e o Índice de Qualidade Ambiental da Mesofauna não foram bons indicadores do nível de contaminação dos solos por metais pesados. A ocorrência e distribuição de espécies isoladas mostraram-se mais eficientes nesse propósito. A melhor qualidade ambiental do solo 1 (teores naturais de Pb - solo de referência) foi atestada pela maior riqueza de grupos de organismos e ocorrência de representantes dos grupos Pseudoscorpiones, Mollusca e Isopoda apenas nesse solo. Os grupos Aracnídeos e Psocoptera também foram considerados bons indicadores ambientais, com incremento de suas populações nos solos com maiores teores de metais pesados (solos 2, 3 e 5), possivelmente devido à menor ocorrência de organismos competidores/predadores desses grupos. Os teores de metais pesados nos indivíduos do grupo Formicidae tiveram relação direta com os teores de Pb extraídos com HNO3 0,5 mol L-1 no solo. Quanto ao acúmulo de metais pesados nas plantas coletadas na área, com exceção do solo 1, todas as espécies encontravamse sob efeito fitotóxico para Pb e Zn, o que sugere a proibição de pastejo na área.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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