| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pecuária Sul. Para informações adicionais entre em contato com cppsul.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sul. |
|
Data corrente: |
23/01/2019 |
|
Data da última atualização: |
23/01/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
NICIURA, S. C. M.; CRUVINEL, G. G.; MORAES, C. V.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; BENAVIDES, M. V.; CHAGAS, A. C. de S. |
|
Afiliação: |
SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; Giovanna Gabrielle Cruvinel, UNICEP; Caroline Valério Moraes, UFSCar; FLAVIA ALINE BRESSANI DONATONI, CPPSE; WILSON MALAGO JUNIOR, CPPSE; MAGDA VIEIRA BENAVIDES, CPPSUL; ANA CAROLINA DE SOUZA CHAGAS, CPPSE. |
|
Título: |
PCR-based genotyping of SNP markers in sheep. |
|
Ano de publicação: |
2018 |
|
Fonte/Imprenta: |
Molecular Biology Reports, v. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays. |
|
Palavras-Chave: |
PCR RFLP; Resistência nematódeo gastrintestinal; Tetra primer ARMS PCR. |
|
Thesagro: |
Marcador Molecular; Ovino. |
|
Thesaurus Nal: |
Genome. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
Marc: |
LEADER 02277naa a2200277 a 4500
001 2104694
005 2019-01-23
008 2018 bl --- 0-- u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s11033-018-4206-8$2DOI
100 1 $aNICIURA, S. C. M.
245 $aPCR-based genotyping of SNP markers in sheep.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) are the main type of variation in genome, enabling them to be associated with traits of economic importance in livestock. Genome-wide association studies (GWAS) have led to the discovery of SNPs associated with desirable traits in sheep. However, in these studies, SNPs are genotyped by high-throughput methods in genome scale, which are expensive and require sophisticated equipment and analysis methods. Therefore, the goal of this study was to develop a reliable, rapid, and inexpensive polymerase chain reaction (PCR)-based method to genotype a medium number of animals for a few candidate SNPs previously associated with desirable phenotypes in sheep by GWAS, using markers associated with gastrointestinal nematode resistance as a model. DNA extracted from white-blood cells of 150 sheep was submitted to PCR amplification followed by agarose gel electrophoresis and determination of banding pattern. Tetra-primer ARMS-PCR was successfully optimized after changes in annealing temperature; annealing and extension times; concentration of MgCl2 and DNA; ratios of inner, outer, forward and reverse primer; and addition of adjuvants, for genotyping the OAR2_14765360, OAR6_81718546, OAR11_62887032, and OAR12_69606944 SNPs in sheep. An extensive optimization of tetra-primer ARMS-PCR resulted in a suitable, simple, cost-effective PCR-based method of genotyping four SNP markers previously detected by chip arrays.
650 $aGenome
650 $aMarcador Molecular
650 $aOvino
653 $aPCR RFLP
653 $aResistência nematódeo gastrintestinal
653 $aTetra primer ARMS PCR
700 1 $aCRUVINEL, G. G.
700 1 $aMORAES, C. V.
700 1 $aDONATONI, F. A. B.
700 1 $aMALAGO JUNIOR, W.
700 1 $aBENAVIDES, M. V.
700 1 $aCHAGAS, A. C. de S.
773 $tMolecular Biology Reports$gv. 45, n. 4, p. 651-654, Aug. 2018.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sul (CPPSUL) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | MONTEIRO, E. M. M.; BRASIL, E. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; OLIVEIRA, C. do S. B. de; COSTA, E. de J. F. Avaliação da composição bromatológica da forrageira Brachiaria humidicola adubada com dois resíduos orgânicos oriundos da siderurgia e criação avícola. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE SISTEMAS DE PRODUÇÃO, 8., 2010, São Luís. Agricultura familiar: crise alimentar e mudanças climáticas globais: anais. São Luís, MA: UEMA: Embrapa, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|    |
| 3. | | MONTEIRO, E. M. M.; BRASIL, E. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; OLIVEIRA, C. do S. B. de; COSTA, E. de J. F. Composição química da forrageira Panicum maximum cv. mombaça adubada com fertilizantes orgânicos oriundos da siderurgia e criação avícola. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE SISTEMAS DE PRODUÇÃO, 8., 2010, São Luís. Agricultura familiar: crise alimentar e mudanças climáticas globais: anais. São Luís, MA: UEMA: Embrapa, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 4. | | MONTEIRO, E. M. M.; BRASIL, E. C.; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; COSTA, N. A. da; OLIVEIRA, C. do S. B. de; COSTA, E. de J. F. Influência da aplicação de adubos orgânicos e fósforo sobre a produtividade do Panicum maximum cv. Mombaça. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Fortaleza: SBCS, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 5. | | MONTEIRO, E. M. M.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; BRASIL, E. C.; ASSUNÇÃO, E. A.; OLIVEIRA, C. do S. B. de. Influência da aplicação de resíduo da siderurgia sobre teores de matéria seca, matéria orgânica e proteína bruta do Panicum maximum CV. Mombaça. In: ENCONTRO AMAZÔNICO DE AGRÁRIAS, 4., 2012, Belém, PA. Agricultura familiar: mecanismos de desenvolvimento no cenário amazônico: anais. Belém, PA: UFRA, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 6. | | MONTEIRO, E. M. M.; BRASIL, E. C.; LOURENÇO JÚNIOR, J. de B.; COSTA, N. A. da; OLIVEIRA, C. do S. B. de; COSTA, E. de J. F. Dinâmica da produção da forragem Brachiaria humidicola em função da aplicação de produtos orgânicos e fósforo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Fortaleza: SBCS, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 7. | | MONTEIRO, E. M. M.; BRASIL, E. C.; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; OLIVEIRA, C. do S. B. de; ALMEIDA, E. A. Resíduo siderúrgico 'pó de balão' em combinação com nitrogênio e fósforo na composição mineral de Brachiaria humidicola. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 33., 2011, Uberlândia. Solos nos biomas brasileiros: sustentabilidade e mudanças climáticas: anais. [Uberlândia]: SBCS: UFU, ICIAG, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 8. | | BRASIL, E. C.; OLIVEIRA, C. do S. B. de; LOURENÇO JUNIOR, J. de B.; MONTEIRO, E. M. M.; COSTA, E. de J. F.; ASSUNÇÃO, E. A.; FERREIRA, V. T. G. Influência da aplicação combinada de pó de balão com nitrogênio e fósforo sobre a produção de biomassa aérea de capim mombaça. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
|  |
| Registros recuperados : 8 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
