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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
21/11/2012 |
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Data da última atualização: |
14/04/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
D'AFONSECA, V.; SOARES, S. C.; ALI, A.; SANTOS, A. R.; PINTO, A. C.; MAGALHÃES, A. A. C.; FARIA, C. de J.; BARBOSA, E.; GUIMARÃES, L. C.; ESLABÃO, M.; ALMEIDA, S. S.; ABREU, V. A. C.; ZERLOTINI, A.; CARNEIRO, A. R.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; HIRATA JÚNIOR, R.; MATTOS-GUARALDI, A. L.; TROST, E.; TAUCH, A.; SILVA, A.; SCHNEIDER, M. P.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. |
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Afiliação: |
VÍVIAN D’AFONSECA, UFMG; SIOMAR C. SOARES, UFMG; AMJAD ALI, UFMG; ANDERSON R. SANTOS, UFMG; ANNE C. PINTO, UFMG; ARYANE A. C. MAGALHÃES, UFMG; CÁSSIO DE JESUS FARIA, UFMG; EUDES BARBOSA, UFMG; LUIS C. GUIMARÃES, UFMG; MARCUS ESLABÃO, UFPel; SINTIA S. ALMEIDA, UFMG; VINICIUS A. C. ABREU, UFMG; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; ADRIANA R. CARNEIRO, UFPA; LOUISE T. CERDEIRA, UFPA; ROMMEL T. J. RAMOS, UFPA; RAPHAEL HIRATA JÚNIOR, UERJ; ANA L. MATTOS-GUARALDI, UERJ; EVA TROST, Bielefeld University; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ARTUR SILVA, UFPA; MARIA P. SCHNEIDER, UFPA; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG. |
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Título: |
Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Open Access Bioinformatics, v. 4, p. 1-13, 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background: The reannotation of genomes already on file is a new approach to discovering new genetic elements and to make the genomes more descriptive and current with relevant features regarding the organism?s lifestyle. Within this approach, the present study aimed to reannotate the genome of the Gram-positive human pathogen Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria. The deposit of massive amounts of information linked to other species of the genus Corynebacterium has facilitated the updating of the genomic interpretation of this microorganism. Additionally, the emergence of invasive disease by nontoxigenic strains of C. diphtheriae and the reemergence of diphtheria in partially immunized populations have given impetus to new studies in relation to its structural and functional genome. Results: In relation to structural genomics, 23 coding regions (coding sequences) were deleted and 71 new genes were added to the genome annotation. Nevertheless, all the pseudogenes were validated and ten new pseudogenes were created. In relation to functional genomics, about 57% of the genome annotation was updated and became functionally more informative. The product descriptions of 41% (973 proteins) were updated. Among them, 370 that were previously annotated as ?hypothetical proteins,? now have more informative descriptions. With the new annotation, the plasticity of the genome became evident, which shows improvements in the annotation of 13 pathogenicity islands already described in the literature. In addition, the large number of transposases and the presence of structural genes of bacteriophages make their genomic versatility evident. Contrasting with this reality, it also allowed the clarification of some aspects concerned with mechanisms used by C. diphtheriae to stop the invasion of the genome by bacteriophages, mediated by the clustered regularly interspaced short palindromic repeats region. Conclusion: The reannotation of the C. diphtheriae genome provided an improvement in annotation of the C. diphtheriae genome in several aspects, such as virulence characteristics and plasticity events. Moreover, the protocol used here can be extended to various other pathogens in order to improve the genomic information already on file in public databases and to minimize propagating errors. The reannotated archive and updated archive are available at: http://lgcm.icb.ufmg.br/pub/C_diphtheriae_reannotation.embl. MenosBackground: The reannotation of genomes already on file is a new approach to discovering new genetic elements and to make the genomes more descriptive and current with relevant features regarding the organism?s lifestyle. Within this approach, the present study aimed to reannotate the genome of the Gram-positive human pathogen Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria. The deposit of massive amounts of information linked to other species of the genus Corynebacterium has facilitated the updating of the genomic interpretation of this microorganism. Additionally, the emergence of invasive disease by nontoxigenic strains of C. diphtheriae and the reemergence of diphtheria in partially immunized populations have given impetus to new studies in relation to its structural and functional genome. Results: In relation to structural genomics, 23 coding regions (coding sequences) were deleted and 71 new genes were added to the genome annotation. Nevertheless, all the pseudogenes were validated and ten new pseudogenes were created. In relation to functional genomics, about 57% of the genome annotation was updated and became functionally more informative. The product descriptions of 41% (973 proteins) were updated. Among them, 370 that were previously annotated as ?hypothetical proteins,? now have more informative descriptions. With the new annotation, the plasticity of the genome became evident, which shows improvements in the annotation of 13 pathogenicity islands already des... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Genoma; Patogenicidade. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Corynebacterium diphtheriae; Genome; Pathogenicity islands. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/70533/1/OAB-25500-re-annotation-of-the-corynebacterium-diphtheriae-nctc13129-g-022412.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 3. |  | POMA, B. A.; MALUF, W. R.; GOUVEIA, B. T.; OLIVEIRA, A. M. S. de; FERREIRA, R. de P. D. Fruit color and post-harvest shelf life in tomato affected by the ogc, norA, and rin alleles. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 52, n. 9, p. 743-750, ago. 2017. Título em português: Coloração e conservação pós-colheita de frutos de tomateiro influenciadas pelos alelos ogc, norA e rin.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 4. | | OLIVEIRA, A. M. S. DE; GOMIDE, C. A. de M.; PACHECO, V. S.; ARAUJO, E. S.; COSTA, I. A.; ANJOS, A. J. DOS. Caracteristicas morfogenicas de três gramineas forrageiras ao longo das estações do ano. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | MOREIRA, M. A. B.; LIRA, M. A.; TALAMINI, V.; CARVALHO, H. W. L. de; ALVES, M. C. S.; ESPINOLA SOBRINHO, E.; OLIVEIRA, A. M. S. Avaliação de genótipos de girassol quanto à infestação do besouro amarelo, Ciclocephala melanocephala no estado do Rio Grande do Norte. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DO GIRASSOL, 18., SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 6., 2009. Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2009. 388 p. Editado por Ana Claudia Barneche de Oliveira, Ana Paula Afonso Scheneid da Rosa e Márcia Vizzotto. p. 154-159. Artigo em anais.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 6. | | MOREIRA, M. A. B.; LIRA, M. A.; TALAMINI, V.; CARVALHO, H. W. L. de; ALVES, M. C. S.; SOBRINHO, E. E.; OLIVEIRA, A. M. S. Avaliação de genótipos de girassol quanto a infestação do besouro amarelo, Ciclocephala melanocephala no estado do Rio Grande do Norte. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DO GIRASSOL, 18., SIMPÓSIO NACIONAL SOBRE A CULTURA DO GIRASSOL, 6., 2009. Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2009. p. 154-159. Editado por Ana Claudia Barneche de Oliveira, Ana Paula Afonso Scheneid da Rosa e Márcia Vizzotto.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | OLIVEIRA, A. M. S. DE; GOMIDE, C. A. de M.; ARAUJO, E. S.; PACHECO, V. S.; ANJOS, A. J. DOS; COSTA, I. A. Caracteristicas estruturais dos capins-marandu, mombaça e tansania conforme as estações do ano. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 8. | | OLIVEIRA, A. M. S.; SALGADO, E. A.; CAMPANA, L. L.; GAMA, D. S.; COSTA, I. A.; GOMIDE, C. A. de M.; PACIULLO, D. S. C. Crescimento de três gramineas forrageiras em resposta ao acumulo de temperatura. Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, 13., 2011, Buzios. Resumos... p. 235| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | ANJOS, A. J. DOS; GOMIDE, C. A. de M.; RIBEIRO, K. G.; OLIVEIRA, A. M. S. DE; MORENZ, M. J. F.; PACIULLO, D. S. C. Produtividade e composição morfológica do capim-marandu sob lotação intermitente com período de descanso variavel ou fixo. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 11. | | ANJOS, A. J. DOS; GOMIDE, C. A. de M.; RIBEIRO, K. G.; OLIVEIRA, A. M. S. DE; MORENZ, M. J. F.; PACIULLO, D. S. C.; COSTA, I. A.; PACHECO, V. S. Características estruturais do dossel do capim marandu sob lotação intermitente com periodo de descanso variável ou fixo. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 12. | | CHAVES, C. S.; GOMIDE, C. A. de M.; RIBEIRO, K. G.; COSTA, I. de A.; GAMA, D. de S.; CAMPANA, L. L.; OLIVEIRA, A. M. S. de; PACIULLO, D. S. C. Composição bromatológica de capim-elefante anão sob estratégias de lotação intermitente. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais... Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal; UFERSA, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 13. | | GAMA, D. de S.; GOMIDE, C. A. de M.; CHAVES, C. S.; PACIULLO, D. S. C.; CAMPANA, L. L.; OLIVEIRA, A. M. S. de; LEDO, F. J. da S. Valor nutritivo do capim-elefante anão sob estratégias de lotação rotacionada. In: CASTRO, C. R. T. de; MACHADO, M. A.; GOMES, F. T. Programa Institucional de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite: produção científica resultante da capacitação de acadêmicos pelo corpo técnico da Unidade no período de 07/2009 a 06/2010. Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. p. 35-38.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 14. | | OLIVEIRA, A. M. S. DE; GOMIDE, C. A. de M.; SALGADO, E. A.; ANJOS, A. J. DOS; CAMPANA, L. L.; GAMA, D. S.; COSTA, I. DE A.; PACIULLO, D. S. C. Crescimento de três gramíneas forrageiras em resposta ao acúmulo de temperatura. In: Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite, 8., 2011, Juiz de Fora. Anais... Documentos, 151| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 15. | | CHAVES, C. S.; GOMIDE, C. A. de M.; RIBEIRO, K. G.; COSTA, I. de A.; GAMA, D. de S.; CAMPANA, L. L.; OLIVEIRA, A. M. S. de; PACIULLO, D. S. C. Produção e taxa de acúmulo de forragem de clones de capim-elefante anão. In: CONGRESSO NORDESTINO DE PRODUÇÃO ANIMAL, 6.; SIMPÓSIO NORDESTINO DE ALIMENTAÇÃO DE RUMINANTES, 7.; FÓRUM DE COORDENADORES DE PÓS GRADUAÇÃO EM PRODUÇÃO ANIMAL DO NORDESTE, 1.; FÓRUM DE AGROECOLOGIA RO RIO GRANDE DO NORTE, 1., 2010, Mossoró. Anais... Mossoró: Sociedade Nordestina de Producao Animal; UFERSA, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | OLIVEIRA, A. M. S. de; GOMIDE, C. A. de M.; COSTA, I. de A.; GAMA, D. de S.; CAMPANA, L. L.; PACIULLO, D. S. C.; LEDO, F. J. da S. Produção de clones de capim-elefante de porte baixo sob estratégias de manejo. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 5., 2010, Juiz de Fora, MG. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 141.). p. 15-18.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | CAMPANA, L. L.; GOMIDE, C. A. de M.; COSTA, I. de A.; GAMA, D. de S.; PACIULLO, D. S. C.; CASTRO, C. R. T. de; OLIVEIRA, A. M. S. de. Morfogênese de clones de capim-elefante de porte baixo. In: WORKSHOP DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE LEITE, 5., 2010, Juiz de Fora, MG. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2010. 1 CD-ROM. (Embrapa Gado de Leite. Documentos, 141.). P. 23-26.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | GOMIDE, C. A. de M.; COSTA, I. de A.; OLIVEIRA, A. M. S. de; GAMA, C. de S.; CAMPANA, L. L.; PACIULLO, D. S. C.; LEDO, F. J. da S. Massa de forragem de clones de capim-elefante de porte baixo sob estratégias de manejo. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 47., 2010, Salvador. Empreendedorismo e progresso científico na zootecnia brasileira: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2010. 3 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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