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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
16/11/2011 |
Data da última atualização: |
07/03/2013 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
TISKI, I.; PEREIRA, L. F. P.; POT, D.; MARRACCINI, P. R.; VIEIRA, L. G. E. |
Afiliação: |
IRIS TISKI, UEL/IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC; DAVID POT, IAPAR/CIRAD; PIERRE R. MARRACCINI, CIRAD/CENARGEN; LUIZ G. E. VIEIRA, IAPAR. |
Título: |
Análise in silico e in vivo da via de isoprenóides em café. |
Ano de publicação: |
2007 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Os diterpenos cafestol e caveol, presentes na fração lipídica em grãos de café, originam-se da via de síntese de isoprenóides. Estes compostos são sintetizados em todos os organismos, sendo abundantes em plantas com cerca de 10 mil componentes relatados. Apesar da diversidade de funções e estruturas todos os isoprenóides derivam de cinco comuns átomos de carbono, o isopentenil difosfato (IPP) e do isômero dimetilalil difosfato (DMAPP). Em vegetais superiores, duas vias localizadas em compartimentos intracelulares separados estão envolvidas na biossíntese de IPP e DMAPP. No citosol, IPP é derivado da via do ácido mevalônico (MVA) e no plastídeo, IPP é formado pela via do metileritritol fosfato (MEP ou não mevalonato). Com a disponibilidade das seqüências dos genes expressos (ESTs) pelo Projeto Genoma Café tornou-se possível a identificação in silico e o estudo funcional dos genes que codificam para as enzimas 3-hidroxi-3metilglutaril-CoA reductoisomerase (HMGR) e mevalonato difosfato decarboxilase (MPDC) para a via MVA e 1-deoxi-D-xilulose 5-fosfato reductoisomerase (DXR) e isopentenil difosfato sintase (IDS) para a via MEP. Foram obtidas 13 ESTs de HMGR, que originaram três contigs incompletos, resultando em duas isoformas. Para o gene MPDC foram encontradas 7 ESTs que clusterizaram em somente uma isoforma, diferentemente de A. thaliana onde duas isoformas são encontradas. Para os genes da via MEP foram encontrados 22 ESTs para DXR e 47 ESTs para IDS que formaram apenas um contig para cada um destes genes. Southern blots dos genes HMGR e DXR também demonstraram a presença de duas isoformas para HMGR e uma para DXR em C. arabica. Análise da expressão por Northern blots detectou transcritos do gene DXR no começo de desenvolvimento do perisperma e nas fases finais de desenvolvimento de endosperma e polpa. Transcritos da isoforma HMGR2 foram detectados em polpa, perisperma e endosperma, em todas as fases de desenvolvimento do fruto. Entretanto, HMGR1 apresentou transcritos apenas em polpa e fase inicial do desenvolvimento de perisperma e endosperma. MenosOs diterpenos cafestol e caveol, presentes na fração lipídica em grãos de café, originam-se da via de síntese de isoprenóides. Estes compostos são sintetizados em todos os organismos, sendo abundantes em plantas com cerca de 10 mil componentes relatados. Apesar da diversidade de funções e estruturas todos os isoprenóides derivam de cinco comuns átomos de carbono, o isopentenil difosfato (IPP) e do isômero dimetilalil difosfato (DMAPP). Em vegetais superiores, duas vias localizadas em compartimentos intracelulares separados estão envolvidas na biossíntese de IPP e DMAPP. No citosol, IPP é derivado da via do ácido mevalônico (MVA) e no plastídeo, IPP é formado pela via do metileritritol fosfato (MEP ou não mevalonato). Com a disponibilidade das seqüências dos genes expressos (ESTs) pelo Projeto Genoma Café tornou-se possível a identificação in silico e o estudo funcional dos genes que codificam para as enzimas 3-hidroxi-3metilglutaril-CoA reductoisomerase (HMGR) e mevalonato difosfato decarboxilase (MPDC) para a via MVA e 1-deoxi-D-xilulose 5-fosfato reductoisomerase (DXR) e isopentenil difosfato sintase (IDS) para a via MEP. Foram obtidas 13 ESTs de HMGR, que originaram três contigs incompletos, resultando em duas isoformas. Para o gene MPDC foram encontradas 7 ESTs que clusterizaram em somente uma isoforma, diferentemente de A. thaliana onde duas isoformas são encontradas. Para os genes da via MEP foram encontrados 22 ESTs para DXR e 47 ESTs para IDS que formaram apenas um c... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Analysis; Coffee; In silico; In vivo; MEP; MVA. |
Thesagro: |
Análise; Café. |
Thesaurus Nal: |
Coffea. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/46687/1/Analise-in-silico-e-in-vivo.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
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URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Rondônia; Embrapa Roraima. |
Data corrente: |
28/06/2021 |
Data da última atualização: |
29/11/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
BRESEGHELLO, F.; MELLO, R. N. de; PINHEIRO, P. V.; SOARES, D. M.; LOPES JUNIOR, S.; RANGEL, P. H. N.; GUIMARÃES, E. P.; CASTRO, A. P. de; COLOMBARI FILHO, J. M.; MAGALHÃES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; NEVES, P. de C. F.; FURTINI, I. V.; UTUMI, M. M.; PEREIRA, J. A.; CORDEIRO, A. C. C.; SILVEIRA FILHO, A.; ABREU, G. B.; MOURA NETO, F. P.; PIETRAGALLA, J.; VARGAS HERNÁNDEZ, M.; CROSSA, J. |
Afiliação: |
FLAVIO BRESEGHELLO, CNPAF; RAQUEL NEVES DE MELLO, CNPAF; PATRICIA VALLE PINHEIRO, CNPAF; DINO MAGALHAES SOARES, CNPAF; SERGIO LOPES JUNIOR, CNPAF; PAULO HIDEO NAKANO RANGEL, CNPAF; ELCIO PERPETUO GUIMARAES, CNPAF; ADRIANO PEREIRA DE CASTRO, CNPAF; JOSE MANOEL COLOMBARI FILHO, CNPAF; ARIANO MARTINS DE MAGALHAES JUNIOR, CPACT; PAULO RICARDO REIS FAGUNDES, CPACT; PERICLES DE CARVALHO FERREIRA NEVES, CNPAF; ISABELA VOLPI FURTINI, CNPAF; MARLEY MARICO UTUMI, CPAF-RO; JOSE ALMEIDA PEREIRA, CPAMN; ANTONIO CARLOS CENTENO CORDEIRO, CPAF-RR; AUSTRELINO SILVEIRA FILHO, CPATU; GUILHERME BARBOSA ABREU, CPACP; FRANCISCO PEREIRA MOURA NETO, CNPAF; JULIAN PIETRAGALLA, INTEGRATED BREEDING PLATFORM, Texcoco, Mexico; MATEO VARGAS HERNÁNDEZ, CIMMYT, Texcoco-Mexico; JOSE CROSSA, CIMMYT, Texcoco-Mexico. |
Título: |
Building the Embrapa rice breeding dataset for efficient data reuse. |
Ano de publicação: |
2021 |
Fonte/Imprenta: |
Crop Science, v. 61, n. 5, p. 3445-3457, Sept./Oct. 2021. |
ISSN: |
0011-183X |
DOI: |
https://doi.org/10.1002/csc2.20550 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Embrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysis, genome-wide association studies and genomic prediction. MenosEmbrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysi... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Banco de dados. |
Thesagro: |
Arroz; Fenótipo; Melhoramento Genético Vegetal; Oryza Sativa. |
Thesaurus NAL: |
Databases; Genetics; Plant breeding; Rice. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224093/1/cropscience-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 02975naa a2200505 a 4500 001 2132588 005 2021-11-29 008 2021 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a0011-183X 024 7 $ahttps://doi.org/10.1002/csc2.20550$2DOI 100 1 $aBRESEGHELLO, F. 245 $aBuilding the Embrapa rice breeding dataset for efficient data reuse.$h[electronic resource] 260 $c2021 520 $aEmbrapa has led breeding programs for irrigated and upland rice (Oryza sativa L.) since 1977, generating a large amount of pedigree and phenotypic data. However, there were no systematic standards for data recording nor long-term data preservation and reuse strategies. With the new aim of making data reuse practical, we recovered all data available and structured it into the Embrapa Rice Breeding Dataset (ERBD). In its current version, the ERBD includes 20,504 crosses involving 9,974 parents, the pedigrees of most of the 4,532 inbred lines that took part in advanced field trials, and phenotypic data from 2,711 field trials (1,118 irrigated, 1,593 upland trials), representing 226,458 field plots. Those trials were conducted over 38 years (1982-2019), in 247 locations, in latitudes ranging from 3°N to 33°S. Phenotypic traits included grain yield, days to flowering, plant height, canopy lodging, and five important fungal diseases: leaf blast, panicle blast, brown spot, leaf scald, and grain discoloration. The total number of data points surpasses 1.27 million. Descriptive statistics were computed over the dataset, split by cropping systems (irrigated or upland). The mean heritability of grain yield was high for both systems, at around .7, whereas the mean coefficient of variation was 13.9% for irrigated trials and 18.7% for upland trials. The ERBD offers the possibility of conducting studies on different aspects of rice breeding and genetics, including genetic gain, G×E analysis, genome-wide association studies and genomic prediction. 650 $aDatabases 650 $aGenetics 650 $aPlant breeding 650 $aRice 650 $aArroz 650 $aFenótipo 650 $aMelhoramento Genético Vegetal 650 $aOryza Sativa 653 $aBanco de dados 700 1 $aMELLO, R. N. de 700 1 $aPINHEIRO, P. V. 700 1 $aSOARES, D. M. 700 1 $aLOPES JUNIOR, S. 700 1 $aRANGEL, P. H. N. 700 1 $aGUIMARÃES, E. P. 700 1 $aCASTRO, A. P. de 700 1 $aCOLOMBARI FILHO, J. M. 700 1 $aMAGALHÃES JUNIOR, A. M. de 700 1 $aFAGUNDES, P. R. R. 700 1 $aNEVES, P. de C. F. 700 1 $aFURTINI, I. V. 700 1 $aUTUMI, M. M. 700 1 $aPEREIRA, J. A. 700 1 $aCORDEIRO, A. C. C. 700 1 $aSILVEIRA FILHO, A. 700 1 $aABREU, G. B. 700 1 $aMOURA NETO, F. P. 700 1 $aPIETRAGALLA, J. 700 1 $aVARGAS HERNÁNDEZ, M. 700 1 $aCROSSA, J. 773 $tCrop Science$gv. 61, n. 5, p. 3445-3457, Sept./Oct. 2021.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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