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| 541. |  | CARANHATO, A. L. H.; BRAGA, P.; BARBOSA, D. A.; MOLINARI, M. D. C.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARIN, S. R. R.; OLIVEIRA, M. F.; MERTZ-HENNING, L. M.; MELO, C. L. P.; NEPOMUCENO, A. L. Respostas fisiológicas para a tolerância a seca em diferentes genótipos de soja obtidos a partir da introgressão da construção 35S:AtAREB1FL. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 8., 2018, Goiânia. Inovação, tecnologias digitais e sustentabilidade da soja: anais. Brasília, DF: Embrapa, 2018. P. 700-702.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 542. | | STOLF, R.; LEMOS, E. G. de M.; CARARETO-ALVES, L.; PEREIRA, R.; KISHI, L.; MARCONDES, J.; PEREIRA, S. dos S.; ROLLA, A. A. de P.; YAMANAKA, N.; OLIVEIRA, M. C. N. de; BINNECK, E.; ABDELNOOR, R. V.; FARIAS, J. R. B.; NEPOMUCENO, A. L. Identificação de genes de soja diferencialmente expressos durante a seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. 1 CD-ROM. Pdf. 411.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 543. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M. R.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica funcional em plantas de soja submetidas a estresses bióticos e abióticos. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 113-114. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 544. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A.; BASSOI, M. C.; ALMEIDA, A. M.; MORALES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C.; WENDLAND, A. Genômica Funcional: Tolerância à seca e resistência a nematóides em soja. Brazilian Journal of Plant Physiology, Campinas, v.15, p.80, 2003. Suplemento. Resumo apresentado no IX Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, Atibaia, 2003.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 545. | | NEPOMUCENO, A. L.; SILVA, J. F. V.; LEMOS, E. G. M.; BINNECK, E.; CARNEIRO, N.; MARIN, S. R.; SILVEIRA, C. A; WENDLAND, A.; BASSOI, M. C.; ALMIEDA, A. M.; MORAES, A.; BENEVENTI, M. A.; GIACOMINI, N.; STOLF, R.; FUGANTI, R.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A.; MOLINA, J. C. Genoma funcional de raízes de soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 24., 2003, Petrolina. [ Anais...]. Petrolina: Sociedade Brasileira de Nematologia: Embrapa Semi-Árido, 2003. p. 53-55. Editado por Wellington Antonio Moreira, Lúcia Helena Piedade Kiill.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 546. | | WINCK, J. E. M.; SARMENTO, L. F. V.; FOLONI, J. S. S.; MERTZ-HENNING, L. M.; NEPOMUCENO, A. L.; MELO, C. L. P. de; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; BARBOSA, A. de M.; CATUCHI, T. A.; ZANON, A. J.; STRECK, N. A. Growth and transpiration of soybean genotypes with AtAREB1 transcription factor for tolerance to water deficit. Plant Growth Regulation, v. 103, p. 193-208, 2024.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 547. | | YAMANAKA, N.; SILVA, D. C. G. da; PASSIANOTTO, A. L. de L.; NOGUEIRA, L. M.; POLIZEL, A. M.; PEREIRA, S. dos S.; SANTOS, J. V. M. dos; BROGIN, R. L.; ARIAS, C. A. A.; HOFFMANN-CAMPO, C. B.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V. Identification of DNA markers and characterization of the genes for resistance against asian soybean rust. In: KUDO, H.; SUENAGA, K.; SOARES, R. M.; TOLEDO, A. (Ed.). Facing the challenge of soybean rust in South America. Tsukuba: JIRCAS; Londrina: Embrapa Soybean, 2008. p. 99-107. (JIRCAS Working Report, 58).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 548. | | KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERAO, M. P.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R. Identification of novel soybean microRNAs involved in abiotic and biotic stresses. BMC Genomics, v. 12, n. 307, jun. 2011. 17 p.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 549. | | KULCHESKI, F. R.; OLIVEIRA, L. F. V.; MOLINA, L. G.; ALMERÃO, M.; RODRIGUES, F. A.; MARCOLINO, J.; BARBOSA, J. F.; STOLF-MOREIRA, R.; NEPOMUCENO, A. L.; MARCELINO, F. C.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; MARGIS, R. Identification of novel soybean microRNAs involved in abiotic and biotic stresses. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON PLANT MOLECULAR BIOLOGY, 3., 2011, Ilhéus. [Abstracts...]. [Ribeirão Preto]: SBG, 2011. 1 p. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 550. | | DUARTE, K E. D.; BASSO, M. F.; OLIVEIRA, N. G. de; SILVA, J. C. F. da; GARCIA, B. de O.; DIAS, B. B. A.; CARDOSO, T. B.; NEPOMUCENO, A. L.; KOBAYASHI, A. K.; SANTIAGO, T. R.; SOUZA, W. R. de; MOLINARI, H. B. C. MicroRNAs expression profiles in early responses to different levels of water deficit in Setaria viridis. Physiology and Molecular Biology of Plants, v. 28, n. 8, p. 1607-1624, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia; Embrapa Soja. |
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| 551. | | BENEVENTI, M. A.; SHINOZAKI, K. Y.; NAKASHIMA, K.; NEPOMUCENO, A. L.; CORREA, F. M.; ROLLA, A. A. P. de SÁ MANDEL, S. M.; BEMQUERER, M. P.; OLIVEIRA, G. R.; NAKASU, E. Y. T.; ROCHA, T. L.; GROSSI de SÁ, M. F. Molecular analysis and biosafety of transgenic soybean drougth tolerance. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 2., 2009, Búzios. Programa e resumos. [S.l.]: SBG, 2009. p. 107.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 552. | | POLIZEL, A. M.; MEDRI, M. E.; NAKASHIMA, K.; YAMANAKA, N.; FARIAS, J. R. B.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MARIN, S. R. R.; ABDELNOOR, R. V.; MARCELINO, F. C.; FUGANTI, R.; RODRIGUES, F. A.; STOLF-MOREIRA, R.; BENEVENTI, M. A.; ROLLA, A. A. P.; NEUMAIER, N.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; CARVALHO, J. F. C.; NEPOMUCENO, A. L. Molecular, anatomical and physiological properties of a genetically modified soybean line transformed with rd29A:AtDREB1A for the improvement of drought tolerance. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 10, n. 4, p. 3641-3656, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 553. | | FUGANTI, R.; ENGELS, C.; RODRIGUES, F. A.; MARINHO, J. P.; LEITE, J. P.; GIROTTO, L.; MOLINARI, M. D. C.; KANAMORI, N.; MARIN, S. R. R.; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; OLIVEIRA, M. C. N. de; MARCELINO, F. C.; MIZOI, J.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; NEPOMUCENO, A. L. Molecular characterization by qPCR of Soybean (Glycine max L. Merril) genetically modified lines expressing AtDREB2A gene, submitted to water stress treatments. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA, 3., 2010, Fortaleza. Programa e resumos. Brasília, DF: SBBiotec, 2010. p. 188-189.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 554. | | HONNA, P. T.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; FERREIRA, L. C.; MOLINARI, M. D. C.; MARIN, S. R. R.; OLIVEIRA, M. C. N. de; FARIAS, J. R. B.; NEUMAIER, N.; MERTZ-HENNING, L. M.; KANAMORI, N.; NAKASHIMA, K.; TAKASAKI, H.; URANO, K.; SHINOZAKI, K.; YAMAGUCHI-SHINOZAKI, K.; DESIDÉRIO, J. A.; NEPOMUCENO, A. L. Molecular, physiological, and agronomical characterization, in greenhouse and in field conditions, of soybean plants genetically modified with AtGolS2 gene for drought tolerance. Molecular Breeding, v. 36, n. 11, nov. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 555. | | ALMEIDA, A. M. R.; PIUGA, F. F.; KITAJIMA, E. W.; GASPAR, J. O.; VALENTIN, N.; BENATO, L. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; OLIVEIRA, T. G.; BELINTANI, P.; GUERZONI, R. A.; NUNES JR. J.; HOFFMANN, L.; NORA, P. S.; NEPOMUCENO, A. L.; MEYER, M. C.; ALMEIDA, L. A. Necrose da haste da soja. Londrina, PR: Embrapa Soja, 2003. 44 p. (Embrapa Soja. Documentos, 221).| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Cerrados; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 556. | | ALMEIDA, A. M. R.; PIUGA, F. F.; KITAJIMA, E. W.; GASPAR, J. O.; VALENTIN, N.; BENATO, L. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; OLIVEIRA, T. G. de; BELINTANI, P.; GUERZONI, R. A.; NUNES JUNIOR, J.; HOFFMANN, L.; NORA, P. S.; NEPOMUCENO, A. L.; MEYER, M. C. Necrose da haste da soja. Londrina: Embrapa Soja, 2003. 44 p. (Embrapa Soja. Documentos, 221).| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 557. | | ALMEIDA, A. M. R.; PIUGA, F. F.; KITAJIMA, E. W.; GASPAR, J. O.; VALENTIN, N.; BENATO, L. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; OLIVEIRA, T. G. de; BELINTANI, P.; GUERZONI, R. A.; NUNES JUNIOR, J.; HOFFMANN, L.; NORA, P. S.; NEPOMUCENO, A. L.; MEYER, M. C.; ALMEIDA, L. A. Necrose da haste da soja. Londrina: Embrapa Soja, 2003. 44 p. (Embrapa Soja. Documentos, 221).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 558. | | ALMEIRA, AL. M. R.; PIUGA, F. F.; KITAJIMA, E. W.; GASPAR, J. O.; VALENTIN, N.; BENATO, L. C.; MARIN, S. R. R.; BINNECK, E.; OLIVEIRA, T. G. de; BELANTINI, P.; GUERZONI, R. A.; NUNES JUNIOR, J.; HOFFMANN, L.; NORA, P. S.; NEPOMUCENO, A. L.; MEYER, M. C.; ALMEIDA, L. A. Necrose da haste da soja. Londrina: Embrapa Soja, 2003. 44 p. (Embrapa Solos. Documentos, 221).| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 559. | | HOFFMANN-CAMPO, C.B.; OLIVEIRA, L. J.; BUENO, A. F.; SOARES, R. M.; DIAS, W.; ARIAS, C. A. A.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; FRIGHETTO, R. T. S.; MELLO, I. S. de; VALARINI, P. J.; BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; VIANA, P. A.; RIBEIRO, P. E. de A.; LEVY, S.; ZARBIN, P. H. G. Substâncias químicas constitutivas e induzidas em plantas de soja e milho envolvidas nos mecanismos de resistência a estresses bióticos e abióticos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2008.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 560. | | HOFFMANN-CAMPO, C. B.; OLIVEIRA, L. J.; BUENO, A. F.; SOARES, R. M.; DIAS, W.; ARIAS, C. A. A.; BINNECK, E.; NEPOMUCENO, A. L.; FRIGHETTO, R. T. S.; MELO, I. S. de; VALARINI, P. J.; BORGES, M.; MORAES, M. C. B.; VIANA, P. A.; RIBEIRO, P. E. de A.; LEVY, S.; ZARBIN, P. H. G. Substâncias químicas constitutivas e induzidas em plantas de soja e milho envolvidas nos mecanismos de resistência a estresses bióticos e abióticos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008; SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Trabalhos apresentados e documentos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. 1 DVD.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
07/04/2004 |
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Data da última atualização: |
27/07/2007 |
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Autoria: |
BINNECK, E.; SILVA, J. F. V.; NEUMAIER, N.; FARIAS, J. R. B.; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, A. M. R.; MARIN, S. R. R.; WENDLAND, A.; SILVEIRA, C. A. da; MOLINA, J. C.; LEMOS, N. G.; FUGANTI, R.; STOLF, R.; NEPOMUCENO, A. L. |
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Título: |
Bioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
In: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004. |
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Páginas: |
p. 248-249. |
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Série: |
(Embrapa Soja. Documentos, 228). |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Editado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi. |
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Conteúdo: |
Worldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa. MenosWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches li... Mostrar Tudo |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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245 $aBioinformatics tools for sequence analysis and annotation applied to soybean functional genome.
260 $c2004
300 $ap. 248-249.
490 $a(Embrapa Soja. Documentos, 228).
500 $aEditado por Flávio Moscardi, Clara Beatriz Hoffmann-Campo, Odilon Ferreira Saraiva, Paulo Roberto Galerani, Francisco Carlos Krzyzanowski, Mercedes Concordia Carrão-Panizzi.
520 $aWorldwide functional genomics studies are making an important role on biotechnology for the identification of genes that can be use in the improvement of specific biological processes in plants. Large-scale gene discovery projects like that depend on high accuracy of the data. The data should not only be trustworthy but should be correctly annotated for various features it contains. In this work we report a bioinformatics system designed to process and annotate the expressed sequence tags (ESTs) obtained by the project Functional Genome of Soybean Roots at Embrapa Soybean (http://www.cnpso.embrapa.br/bioinformatica). The system is made of Perl and PHP scripts, which performs the automated sequence analysis and support the annotation process based on a MySQL database. Various Perl scripts was written to assist the sequence analysis process that includes basecalling, clustering and assembling the reads, filtering of contaminating, repetitive and low quality sequences, identification of sequence features, BLASTing and reports generation. BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402) outputs are processed and disposed on a way that is easily accessed by the personal that performs the massive handle of the data for annotation. Also, PHP scripts was written to make a friendly annotation interface through dynamical Web pages that perform the database operations needed for the complete annotation of the genes, whish comprise data retrieval aided by query searches linked to key words, data insertion, update, and generation of intuitive reports describing the results. These tools are helping to direct our work on identification, cloning and characterization of genes and regulatory sequences potentially useful in the improvement of soybean through genetic engineering. As results nearly 8,000 ESTs was obtained form cDNA clones derived from soybean roots in drought stress and nematode infection conditions. Consensus sequences are being functionally annotated and used to construct cDNA microarrays that will be useful for analyze gene expression under a broad variety of conditions. Initially we are studying drought stress and nematode infection conditions. Analysis of interactions of soybean roots with this defiance conditions will be used do identify new possible sources of resistance and tolerance. Candidate genes will be deeply studied and can be used on the production of transgenic plants. This work was supported by grants from CNPq, PRODETAB, Jircas and Embrapa.
700 1 $aSILVA, J. F. V.
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773 $tIn: WORLD SOYBEAN RESEARCH CONFERENCE, 7.; INTERNATIONAL SOYBEAN PROCESSING AND UTILIZATION CONFERENCE, 4.; CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 3., 2004, Foz do Iguassu. Abstracts of contributed papers and posters. Londrina: Embrapa Soybean, 2004.
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Embrapa Soja (CNPSO) |
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