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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
04/12/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, F. C. de; BORGES, C. C. H.; ALMEIDA, F. N.; SILVA, F. F. e; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A. |
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Afiliação: |
FABRÍZZIO CONDÉ DE OLIVEIRA, UFJF; CARLOS CRISTIANO HASENCLEVER BORGES, UFJF; FERNANDA NASCIMENTO ALMEIDA, FAPEMIG; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; RUI DA SILVA VERNEQUE, CNPGL; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL. |
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Título: |
SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 15, article S4, 2014. |
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Páginas: |
15 p. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Suppl. 7. |
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Conteúdo: |
Introduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction and accuracy of the model on the real database without quality control filters. The PUK demonstrated that it can replicate the performance of linear and RBF kernels. MenosIntroduction - This paper proposes a new methodology to simultaneously select the most relevant SNPs markers for the characterization of any measurable phenotype described by a continuous variable using Support Vector Regression with Pearson Universal kernel as fitness function of a binary genetic algorithm. The proposed methodology is multi-attribute towards considering several markers simultaneously to explain the phenotype and is based jointly on statistical tools, machine learning and computational intelligence. Results- The suggested method has shown potential in the simulated database 1, with additive effects only, and real database. In this simulated database, with a total of 1,000 markers, and 7 with major effect on the phenotype and the other 993 SNPs representing the noise, the method identified 21 markers. Of this total, 5 are relevant SNPs between the 7 but 16 are false positives. In real database, initially with 50,752 SNPs, we have reduced to 3,073 markers, increasing the accuracy of the model. In the simulated database 2, with additive effects and interactions (epistasis), the proposed method matched to the methodology most commonly used in GWAS. Conclusions- The method suggested in this paper demonstrates the effectiveness in explaining the real phenotype (PTA for milk), because with the application of the wrapper based on genetic algorithm and Support Vector Regression with Pearson Universal, many redundant markers were eliminated, increasing the prediction ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs); SNPs markers; Support Vector Regression with Pearson Universal. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 28 | |
| 2. |  | SOARES, A. T.; SALLES, H. O.; MOURA SOBRINHO, P. A.; AZEVEDO, H. C. Determinação da idade gestacional em caprinos com base nas dimensões embrionárias. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 25.; CONGRESSO DE MEDICINA VETERINÁRIA DO CONE SUL, 2.; CONGRESSO ESTADUAL DE MEDICINA VETERINÁRIA, 13., 1997, Gramado, RS. "A integração cientifica da medicina veterinária no Cone Sul": anais. Porto Alegre: Sociedade de Veterinária do Rio Grande do Sul, 1997. p. 251. Resumo REP-055.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 3. | | ANDRIOLI, A.; BISCEGLI, C. I.; SOARES, A. T.; MOURA SOBRINHO, P. A. Detector de prenhez por efeito doppler para caprinos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE REPRODUÇÃO ANIMAL, 12., ago. 1997, Caxambu, MG. Revista brasileira de reprodução animal, Belo Horizonte, v. 21, n. 2, p. 148-149, 1997.| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| 4. | | ANDRIOLI, A.; BISCEGLI, C. I.; SOARES, A. T.; MOURA SOBRINHO, P. A. Detector de prenhez por efeito Doppler para caprinos. Revista Brasileira de Reprodução Animal, Belo Horizonte, v. 21, n. 2, p. 148-149, 1997. Edição dos Resumos do 12o. Congresso Brasileiro de Reprodução Animal, Congresso Brasileiro de Reprodução animal, Caxambu, MG, ago. 1997.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 7. | | BISCEGLI, C. I.; ANDRIOLI, A.; MOURA SOBRINHO, P. A.; SOARES, A. T. Detector de prenhez por ultra-som para pequenos ruminantes. In: SIMPÓSIO NACIONAL DE INSTRUMENTAÇÃOO AGROPECUÁRIA - SIAGRO, 1., 1996, São Carlos, SP. Anais do I SIAGRO. Brasilia, DF: EMBRAPA-CNPDIA / EMBRAPA-SPI, 1997. p. 137-139.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 8. | | SALLES, H. O.; SOARES, A. T.; ANDRIOLI, A.; MOURA SOBRINHO, P. A. de; AZEVEDO, H. C. Diferentes posologias de flunixin meglumine na prevenção da regressão prematura de corpos lúteos em cabras superovuladas. Ciência Animal, Fortaleza, v. 8, n. 2, p. 69-74, 1998.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - C |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 12. | | SALLES, H. O.; ANDRIOLI, A.; SOARES, A. T.; MOURA SOBRINHO, P. A. Resposta superovulatória em caprinos soropositivos para o virus da artrite encefalite caprina. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 25.; CONGRESSO DE MEDICINA VETERINÁRIA DO CONE SUL, 2.; CONGRESSO ESTADUAL DE MEDICINA VETERINÁRIA, 13., 1997, Gramado, RS. "A integração cientifica da medicina veterinária no Cone Sul": anais. Porto Alegre: Sociedade de Veterinária do Rio Grande do Sul, 1997. p. 252. Resumo REP-058.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 13. | | ANDRIOLI, A.; GOUVEIA, A. M. G.; MOURA SOBRINHO, P. A.; PINHEIRO, R. R.; SALLES, H. O. Transferência de embriões em cabras naturalmente infectadas pelo lentivírus caprino. Revista Brasileira de Medicina Veterinária, Rio de Janeiro, v. 24, n. 5, p. 215-220, 2002.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 14. | | SALLES, H. O.; ANDRIOLI, A.; SOARES, A. T.; MOURA SOBRINHO, P. A. Taxa de ovulação e viabilidade embrionária em caprinos superovulados com folltropin-V e super-OV. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MEDICINA VETERINÁRIA, 25.; CONGRESSO DE MEDICINA VETERINÁRIA DO CONE SUL, 2.; CONGRESSO ESTADUAL DE MEDICINA VETERINÁRIA, 13., 1997, Gramado, RS. "A integração cientifica da medicina veterinária no Cone Sul": anais. Porto Alegre: Sociedade de Veterinária do Rio Grande do Sul, 1997. p. 253. Resumo REP-061.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 16. | | ANDRIOLI, A.; SALLES, H. O.; MOURA SOBRINHO, P. A.; SOARES, A. T.; MARQUES, M. A. J.; MORAES, J. B. Fatores relevantes para implantação de um programa de transferência de embriões em caprinos. Arquivos da Faculdade de Veterinária UFRGS, v. 24, supl., p. 193, 1996. Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Transferência de Embrião, 11, 1996, Canela. [Anais]. Porto Alegre: UFRGS, 1996.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 17. | | SOARES, A. T.; SIMPLICIO, A. A.; ANDRIOLI, A.; SALLES, H. O.; MOURA SOBRINHO, P. A.; AZEVEDO, H. C. Eficiência do flunixin meglumine no controle da regressão lútea prematuras em cabras superovuladas. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 50, n. 1, p. 35-39, 1998.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 18. | | SALLES, H. O.; ANDRIOLI, A.; MOURA SOBRINHO, P. A.; SOARES, A. T.; MORAES, J. B.; MARQUES, M. A. J. Doses e vias de aplicação da gonadotrofina coriônica equina (eCG) para sincronização do estro em caprinos. ARS Veterinária, Jaboticabal, v. 15, n. 2, p. 84-88, 1999.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
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| 19. | | SALLES, H. O.; SOARES, A. T.; AZEVEDO, H. C.; MOURA SOBRINHO, P. A.; VIANA, A. K. D. S. Diagnóstico precoce de prenhez em caprinos através de ultra-sonografia transretal. Revista Brasileira de Reprodução Animal, v. 21, n. 2, p. 19-20, 1997. Edição dos Anais do XII Congresso Brasileiro de Reprodução Animal, 1997.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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