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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Acre. |
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Data corrente: |
25/10/2023 |
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Data da última atualização: |
13/05/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; CAMPOS, T. de. |
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Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
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Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross-species transferability and varietal identification. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 42, p. 183-192, Mar. 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC=0.70) and discriminatory power (D=0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC=0.70) and discriminatory power (D=0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Amendoim forrageiro; Anotação funcional; Cacahuetes forrajeros; Fitomejoramiento; Forage peanut; Identificación de especies; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; RNA-Seq; Transcriptoma; Transferencia de genes. |
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Thesagro: |
Arachis Hypogaea; Genoma; Identificação de Estirpe; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Arachis pintoi; Gene transfer; Genetic markers; Genome; Microsatellite repeats; Plant breeding; Species identification; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Acre (CPAF-AC) |
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| Registros recuperados : 20 | |
| 2. |  | OLIVEIRA, R. R. de; CHAGAS, P. C.; MOURA, E. A. de; CHAGAS, E. A. Desenvolvimento e maturação de frutos de ata. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2015, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 3. | | MOURA, E. A. de; CHAGAS, P. C.; RODRIGUES, R. O.; CHAGAS, E. A. Estudo fenológico e qualidade de produção de ata em cultivo comercial nas condições de cerrado de Roraima. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 14., 2015, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 4. | | MOURA, E. A. de; BACELAR-LIMA, C. G.; CHAGAS, E. A.; SILVA, M. L. da; SANTOS, V. A. dos. Avaliação da influência de diferentes coberturas na germinação e emergência de plântulas de cupuaçu (Theobroma grandiflorum (Willd. ex spreng.) Shum). In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 11., 2012, Boa Vista. Resumos... Boa Vista, RR: UFRR, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 5. | | OLIVEIRA, R. R. de; CHAGAS, P. C.; MOURA, E. A. de; CHAGAS, E. A.; SILVA, M. L. da. Avaliação vegetativa e reprodutiva do cultivo comercial de ata em condições de cerrado. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 13., 2014, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 6. | | COSTA, A. T.; RODRIGUES, W. F.; PRIORI, D.; MOURA, E. A. de; BARBIERI, R. L.; BOEF, W. de. Conservação on farm no município de Tavares (RS). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais... Salvador: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 7. | | SILVA, A. V. de S.; CHAGAS, P. C.; MOURA, E. A. de; SAKASAKI, R. T.; CHAGAS, E. A. Qualidade de mudas de pinheira em função da adubação foliar. CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 24., 2016, São Luis. Fruticultura: fruteiras nativas e sustentabilidade. São Luis, MA: SBF, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 8. | | MOURA, E. A. de; CHAGAS, P. C.; CHAGAS, E. A.; MOURA, M. L. da S.; SOUZA, D. L. Influência de diferentes substratos na emergência de plântulas de três espécies anonaceaes. In: ENCONTRO DO PROGRAMA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 13., 2014, Boa Vista, RR. Anais... Boa Vista, RR: UFRR, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 9. | | SILVA, M. L. da; CHAGAS, E. A.; VILACA, R.; SMIDERLE, O. J.; MOURA, E. A. de; CHAGAS, P. C. Osmopriming duration in Araçá-boi seeds germination. Revista Agro@mbiente On-line, v. 10, n. 1, p. 17 - 21, 2016| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 10. | | MOURA, E. A. de; SANTOS, V. A. dos; CHAGAS, P. C.; CHAGAS, E. A.; SILVA, M. L. da; MOTA FILHO, A. B. Acumulo de massa seca em mudas de cupuaçuzeiro com uso de fertilizante foliar. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOTÂNICA APLICADA, 2.; SIMPÓSIO NACIONAL DE FRUTÍFERAS E ORNAMENTAIS DO NORTE E NORDESTE, 2., 2013, Manaus. Anais... Manaus: Ufam, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 11. | | MOURA, M. L. da S.; CHAGAS, E. A.; SMIDERLE, O. J.; VILACA, R.; CHAGAS, P. C.; MOURA, E. A. de; FARIAS, E. E. Biometric characterization, water absorption curve and vigor on araçá-boi seeds. International Journal of Plant Biology, v.7, n.6265, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 12. | | GRIGIO, M. L.; MOURA, E. A. de; CHAGAS, E. A.; DURIGAN, M. F. B.; CHAGAS, P. C.; CARVALHO, G. F. de; ZANCHETTA, J. J. Bioactive compounds in and antioxidant activity of camu-camu fruits harvested at different maturation stages during postharvest storage. Acta Scientiarum Agronomy, v. 43, e50997, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 13. | | SILVA, M. L.; CHAGAS, E. A.; ARAÚJO, M. da C. da R.; COUCEIRO, M. A.; SILVA, S. da; MOURA, E. A. de. Cultivo In Vitro de sementes de camu-camu sob diferentes concentrações do meio MS de sacarose. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 14. | | MOURA, E. A. de; CHAGAS, E. A.; BACELAR-LIMA, C. G.; SILVA, M. L. da; ARAÚJO, M. da C. R.; MESQUITA, O. Desenvolvimento inicial de plântulas de cupuaçu cultivadas em diferentes substratos sob condição de sombreamento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 15. | | CHAGAS, P. C.; CRANE, J.; CHAGAS, E. A.; VENDRAME, W.; COSTA, B. N. S.; RUBIO NETO, A.; MOURA, E. A. de. Determining the preliminary performance of selected Annonaceae cultivars in subtropical conditions. Comunicata Scientiae, v. 13, e3832, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 17. | | MOURA, E. A. de; CHAGAS, P. C.; CHAGAS, E. A.; OLIVEIRA, R. R. de; ARAÚJO, W. F.; SOBRAL, S. T. M.; TAVEIRA, D. L. L. Phenological study of sugar apple (Annona squamosa L.) in dystrophic yellow latosol under the savanna conditions of Roraima. Australian Journal of Crop Science, v. 13, n. 09, p. 1467-1472, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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| 18. | | MOURA, E. A. de; CHAGAS, E. A.; BACELAR-LIMA, C. G.; SILVA, M. L. da; SANTOS, V. A. dos; RIBEIRO, I. G. Germinação de sementes de cupuaçu cultivadas sob diferentes tipos de coberturas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | MOURA, E. A. de; SANTOS, V. A. dos; CHAGAS, E. A.; ALBUQUERQUE, T. C. S. de; SILVA, M. L. da; CHAGAS, P. C. Uso de fertilizante via foliar no desenvolvimento inicial de mudas de cupuaçuzeiro. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOTÂNICA APLICADA, 2.; SIMPÓSIO NACIONAL DE FRUTÍFERAS E ORNAMENTAIS DO NORTE E NORDESTE, 2., 2013, Manaus. Anais... Manaus: Ufam, 2013.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | ARAÚJO, M. da C. da R.; CHAGAS, E. A.; VENDRAME, W.; RIBEIRO, M. I. G.; MOURA, E. A. de; TAVEIRA, D. L. L.; CHAGAS, P. C.; GRIGIO, M. L. Callus induction and pro-embryogenic mass formation in Myrciaria dubia, an important medicinal and nutritional plant. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 21, N. 3, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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