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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Uva e Vinho. |
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Data corrente: |
23/10/2017 |
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Data da última atualização: |
06/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FAJARDO, T. V. M.; SILVA, F. N.; EIRAS, M.; NICKEL, O. |
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Afiliação: |
THOR VINICIUS MARTINS FAJARDO, CNPUV; Fábio N. Silva, Universidade do Estado de Santa Catarina, Lages, SC 88520-000, Brazil; Marcelo Eiras, Instituto Biológico de São Paulo, São Paulo, SP 04014-002, Brazil; OSMAR NICKEL, CNPUV. |
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Título: |
High-throughput sequencing applied for the identification of viruses infecting grapevines in Brazil and genetic variability analysis. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Tropical Plant Pathology, v. 52, p. 250-260, 2017. |
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DOI: |
10.1007/s40858-017-0142-8 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
The application of high-throughput sequencing technologies (HTS) enables the recovery of many nucleotide sequence fragments from diseased plants and may help in pathogen identification. This study was designed to identify viruses infecting 15 grapevine (Vitis spp.) samples collected from experimental fields and vine collections and assess the genetic variability of the identified viruses. The virus-enriched dsRNAs were extracted from bark scrapings and sequenced using an Illumina platform. The paired-end reads were analyzed, assembled contigs were generated and identified as related to viruses. Contigs of 14 viruses have been identified, some of them covering large extensions of viral genomes or resulting in assembly of near-complete or complete genomes. Grapevine virus infections are usually mixed and the HTS assays were suitable to identify ten viruses already reported that traditionally infect grapevines in Brazil, one that has been recently identified (Grapevine Syrah virus 1) and others (Grapevine Cabernet Sauvignon reovirus, Grapevine Red Globe virus and Grapevine vein clearing virus) not previously reported in this country. Nucleotide identities among Brazilian isolates identified by HTS and homologous grapevine virus sequences in GenBank were high, ranging from 77% to 99%. Genetic variability analysis of viral sequences obtained by HTS and sequences available in GenBank indicated that the coding regions in the different viral species are under purifying selection, and that recombination events occurred in the majority of the viral species analyzed. The coat protein genes, generally, had lower genetic variability than the replicase and movement protein genes. Keywords Vitis . Diagnosis . HTS . Next-generation sequencing . NGS . Variability MenosThe application of high-throughput sequencing technologies (HTS) enables the recovery of many nucleotide sequence fragments from diseased plants and may help in pathogen identification. This study was designed to identify viruses infecting 15 grapevine (Vitis spp.) samples collected from experimental fields and vine collections and assess the genetic variability of the identified viruses. The virus-enriched dsRNAs were extracted from bark scrapings and sequenced using an Illumina platform. The paired-end reads were analyzed, assembled contigs were generated and identified as related to viruses. Contigs of 14 viruses have been identified, some of them covering large extensions of viral genomes or resulting in assembly of near-complete or complete genomes. Grapevine virus infections are usually mixed and the HTS assays were suitable to identify ten viruses already reported that traditionally infect grapevines in Brazil, one that has been recently identified (Grapevine Syrah virus 1) and others (Grapevine Cabernet Sauvignon reovirus, Grapevine Red Globe virus and Grapevine vein clearing virus) not previously reported in this country. Nucleotide identities among Brazilian isolates identified by HTS and homologous grapevine virus sequences in GenBank were high, ranging from 77% to 99%. Genetic variability analysis of viral sequences obtained by HTS and sequences available in GenBank indicated that the coding regions in the different viral species are under purifying selection, an... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diagnosis; HTS; Next-generation sequencing; NGS. |
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Thesaurus Nal: |
variability; Vitis. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/197010/1/Fajardo2017-Article-High-throughputSequencingAppli.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Uva e Vinho (CNPUV) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
07/01/2019 |
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Data da última atualização: |
02/05/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MATSUURA, M. I. da S. F.; SEABRA, J. E. A.; CHAGAS, M. F.; SCACHETTI, M. T.; MORANDI, M. A. B.; MOREIRA, M. M. R.; NOVAES, R. M. L.; RAMOS, N. P.; CAVALETT, O.; BONOMI, A. |
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Afiliação: |
MARILIA IEDA DA S F MATSUURA, CNPMA; JOAQUIM EUGENIO ABEL SEABRA, UNICAMP; MATEUS FERREIRA CHAGAS, CTBE; MICHELLE TEREZA SCACHETTI; MARCELO AUGUSTO BOECHAT MORANDI, CNPMA; MARCELO MELO RAMALHO MOREIRA, Agroícone; RENAN MILAGRES LAGE NOVAES, CNPMA; NILZA PATRICIA RAMOS, CNPMA; OTAVIO CAVALETT, CTBE; ANTONIO BONOMI, CTBE. |
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Título: |
RenovaCalc: a calculadora do Programa RenovaBio. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO SOBRE GESTÃO DO CICLO DE VIDA, 6., 2018, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Ibict, 2018. |
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Páginas: |
p. 162-167. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Resumo: O RenovaBio é uma política pública que tem como objetivo promover a expansão dos biocombustíveis no Brasil a partir de modelos de produção mais sustentáveis, estimulando a redução de emissões de gases de efeito estufa (GEE), contribuindo para o cumprimento dos compromissos assumidos pelo País na COP21. Para apoiar este Programa, foi estabelecido um referencial metodológico e uma ferramenta para o cálculo da intensidade de carbono dos biocombustíveis, que têm como base a Avaliação de Ciclo de Vida atribucional, ?do berço ao túmulo?, com alocação por critério energético. Aqui é apresentada a RenovaCalc, ferramenta estruturada para avaliar diferentes rotas de produção de biocombustíveis: etanol de cana-de-açúcar de primeira e de segunda geração, etanol de milho, biodiesel, biometano e bioquerosene. Para cada rota, dados de inventário de ciclo de vida de processos de background, advindos da base de dados ecoinvent, são agregados aos parâmetros técnicos da produção agrícola e industrial informados pelo produtor de biocombustível. As emissões de GEE de cada processo do ciclo de vida do biocombustível são estimadas segundo o IPCC (2006). A somatória destas emissões resulta na intensidade de carbono do biocombustível em g CO2eq/MJ que, subtraída da intensidade de carbono do seu combustível fóssil equivalente, gera a nota de eficiência energético-ambiental do biocombustível, e dá acesso a créditos de descarbonização, com valor de mercado. Com este instrumento, o governo brasileiro pretende distinguir produtores que invistam na melhoria do desempenho ambiental dos seus processos, promovendo a redução de emissões de GEE. MenosResumo: O RenovaBio é uma política pública que tem como objetivo promover a expansão dos biocombustíveis no Brasil a partir de modelos de produção mais sustentáveis, estimulando a redução de emissões de gases de efeito estufa (GEE), contribuindo para o cumprimento dos compromissos assumidos pelo País na COP21. Para apoiar este Programa, foi estabelecido um referencial metodológico e uma ferramenta para o cálculo da intensidade de carbono dos biocombustíveis, que têm como base a Avaliação de Ciclo de Vida atribucional, ?do berço ao túmulo?, com alocação por critério energético. Aqui é apresentada a RenovaCalc, ferramenta estruturada para avaliar diferentes rotas de produção de biocombustíveis: etanol de cana-de-açúcar de primeira e de segunda geração, etanol de milho, biodiesel, biometano e bioquerosene. Para cada rota, dados de inventário de ciclo de vida de processos de background, advindos da base de dados ecoinvent, são agregados aos parâmetros técnicos da produção agrícola e industrial informados pelo produtor de biocombustível. As emissões de GEE de cada processo do ciclo de vida do biocombustível são estimadas segundo o IPCC (2006). A somatória destas emissões resulta na intensidade de carbono do biocombustível em g CO2eq/MJ que, subtraída da intensidade de carbono do seu combustível fóssil equivalente, gera a nota de eficiência energético-ambiental do biocombustível, e dá acesso a créditos de descarbonização, com valor de mercado. Com este instrumento, o governo brasi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Avaliação do ciclo de vida; Intensidade de carbono; RenovaBio; RenovaCalc. |
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Thesagro: |
Biocombustível. |
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Thesaurus NAL: |
Biofuels; Life cycle assessment. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/196899/1/Marilia-renovacalc.pdf
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Marc: |
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300 $ap. 162-167.
520 $aResumo: O RenovaBio é uma política pública que tem como objetivo promover a expansão dos biocombustíveis no Brasil a partir de modelos de produção mais sustentáveis, estimulando a redução de emissões de gases de efeito estufa (GEE), contribuindo para o cumprimento dos compromissos assumidos pelo País na COP21. Para apoiar este Programa, foi estabelecido um referencial metodológico e uma ferramenta para o cálculo da intensidade de carbono dos biocombustíveis, que têm como base a Avaliação de Ciclo de Vida atribucional, ?do berço ao túmulo?, com alocação por critério energético. Aqui é apresentada a RenovaCalc, ferramenta estruturada para avaliar diferentes rotas de produção de biocombustíveis: etanol de cana-de-açúcar de primeira e de segunda geração, etanol de milho, biodiesel, biometano e bioquerosene. Para cada rota, dados de inventário de ciclo de vida de processos de background, advindos da base de dados ecoinvent, são agregados aos parâmetros técnicos da produção agrícola e industrial informados pelo produtor de biocombustível. As emissões de GEE de cada processo do ciclo de vida do biocombustível são estimadas segundo o IPCC (2006). A somatória destas emissões resulta na intensidade de carbono do biocombustível em g CO2eq/MJ que, subtraída da intensidade de carbono do seu combustível fóssil equivalente, gera a nota de eficiência energético-ambiental do biocombustível, e dá acesso a créditos de descarbonização, com valor de mercado. Com este instrumento, o governo brasileiro pretende distinguir produtores que invistam na melhoria do desempenho ambiental dos seus processos, promovendo a redução de emissões de GEE.
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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