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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
Data corrente: |
30/11/2023 |
Data da última atualização: |
30/11/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
CRUZ, J. N.; SILVA, S. G.; PEREIRA, D. S.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; OLIVEIRA, M. S. de; LIMA, R. R.; ANDRADE, E. H. de A. |
Afiliação: |
JORDDY NEVES CRUZ, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; SEBASTIÃO GOMES SILVA, MUSEU PARAENSE EMÍLIO GOELDI; DANIEL SANTIAGO PEREIRA, CPATU; ANTONIO PEDRO DA SILVA SOUZA FILHO, CPATU; MOZANIEL SANTANA DE OLIVEIRA, MUSEU PARAENSE EMÍLIO GOELDI; RAFAEL RODRIGUES LIMA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ; ELOISA HELENA DE AGUIAR ANDRADE, MUSEU PARAENSE EMÍLIO GOELDI. |
Título: |
In silico evaluation of the antimicrobial activity of thymol—major compounds in the essential oil of Lippia thymoides Mart. & Schauer (Verbenaceae). |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Molecules, v. 27, n. 15, 4768, 2022. |
DOI: |
https://doi.org/10.3390/molecules27154768 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
In this paper, we evaluated the drug-receptor interactions responsible for the antimicrobial activity of thymol, the major compound present in the essential oil (EO) of Lippia thymoides (L. thymoides) Mart. & Schauer (Verbenaceae). It was previously reported that this EO exhibits antimicrobial activity against Candida albicans (C. albicans), Staphylococcus aureus (S. aureus), and Escherichia coli (E. coli). Therefore, we used molecular docking, molecular dynamics simulations, and free energy calculations to investigate the interaction of thymol with pharmacological receptors of interest to combat these pathogens. We found that thymol interacted favorably with the active sites of the microorganisms’ molecular targets. MolDock Score results for systems formed with CYP51 (C. albicans), Dihydrofolate reductase (S. aureus), and Dihydropteroate synthase (E. coli) were −77.85, −67.53, and −60.88, respectively. Throughout the duration of the MD simulations, thymol continued interacting with the binding pocket of the molecular target of each microorganism. The van der Waals (ΔEvdW = −24.88, −26.44, −21.71 kcal/mol, respectively) and electrostatic interaction energies (ΔEele = −3.94, −11.07, −12.43 kcal/mol, respectively) and the nonpolar solvation energies (ΔGNP = −3.37, −3.25, −2.93 kcal/mol, respectively) were mainly responsible for the formation of complexes with CYP51 (C. albicans), Dihydrofolate reductase (S. aureus), and Dihydropteroate synthase (E. coli). |
Palavras-Chave: |
Atividade biológica; Biological activity; Interaction mechanism; Lippia thymoides; Mecanismo de interação; Modelagem molecular; Molecular modeling; Natural products; Produtos naturais; Timol. |
Thesagro: |
Óleo. |
Thesaurus Nal: |
Thymol. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 02591naa a2200349 a 4500 001 2158977 005 2023-11-30 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.3390/molecules27154768$2DOI 100 1 $aCRUZ, J. N. 245 $aIn silico evaluation of the antimicrobial activity of thymol—major compounds in the essential oil of Lippia thymoides Mart. & Schauer (Verbenaceae).$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aIn this paper, we evaluated the drug-receptor interactions responsible for the antimicrobial activity of thymol, the major compound present in the essential oil (EO) of Lippia thymoides (L. thymoides) Mart. & Schauer (Verbenaceae). It was previously reported that this EO exhibits antimicrobial activity against Candida albicans (C. albicans), Staphylococcus aureus (S. aureus), and Escherichia coli (E. coli). Therefore, we used molecular docking, molecular dynamics simulations, and free energy calculations to investigate the interaction of thymol with pharmacological receptors of interest to combat these pathogens. We found that thymol interacted favorably with the active sites of the microorganisms’ molecular targets. MolDock Score results for systems formed with CYP51 (C. albicans), Dihydrofolate reductase (S. aureus), and Dihydropteroate synthase (E. coli) were −77.85, −67.53, and −60.88, respectively. Throughout the duration of the MD simulations, thymol continued interacting with the binding pocket of the molecular target of each microorganism. The van der Waals (ΔEvdW = −24.88, −26.44, −21.71 kcal/mol, respectively) and electrostatic interaction energies (ΔEele = −3.94, −11.07, −12.43 kcal/mol, respectively) and the nonpolar solvation energies (ΔGNP = −3.37, −3.25, −2.93 kcal/mol, respectively) were mainly responsible for the formation of complexes with CYP51 (C. albicans), Dihydrofolate reductase (S. aureus), and Dihydropteroate synthase (E. coli). 650 $aThymol 650 $aÓleo 653 $aAtividade biológica 653 $aBiological activity 653 $aInteraction mechanism 653 $aLippia thymoides 653 $aMecanismo de interação 653 $aModelagem molecular 653 $aMolecular modeling 653 $aNatural products 653 $aProdutos naturais 653 $aTimol 700 1 $aSILVA, S. G. 700 1 $aPEREIRA, D. S. 700 1 $aSOUZA FILHO, A. P. da S. 700 1 $aOLIVEIRA, M. S. de 700 1 $aLIMA, R. R. 700 1 $aANDRADE, E. H. de A. 773 $tMolecules$gv. 27, n. 15, 4768, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Volume |
Status |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
10/05/2024 |
Data da última atualização: |
13/05/2024 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
PARANATINGA, I. L. D.; SOUZA, D. A. T.; SOUZA, S. F. de; TOKUSATO, T. T.; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; LOPES, M. T. G. |
Afiliação: |
IASMIN LAÍS DAMASCENO PARANATINGA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; DIULIO ANDREW TORRES SOUZA, INSTITUTO CHICO MENDES DE BIODIVERSIDADE; SAMUEL FREITAS DE SOUZA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; TAIS TIYOKO TOKUSATO, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; MARCOS SILVEIRA WREGE, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF; RICARDO LOPES, CPAA; SANTIAGO LINORIO FERREYRA RAMOS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; CARLOS HENRIQUE SALVINO GADÊLHA MENESES, UNIVERSIDADE ESTADUAL DA PARAÍBA; MARIA TERESA GOMES LOPES, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS. |
Título: |
Modelagem da distribuição potencial de angelim pedra aplicada a conservação e uso dos recursos genéticos. |
Ano de publicação: |
2024 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi estimar a distribuição potencial atual e futura do angelim pedra na Amazônia brasileira para a conservação e uso sustentável de seus recursos genéticos. |
Palavras-Chave: |
Distribuição Potencial; Hymenolobium excelsum. |
Thesagro: |
Angelim Pedra; Conservação; Mudança Climática; Recurso Genético. |
Categoria do assunto: |
-- K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1164238/1/SMCCRGA-2024-Wrege-et-al-3.pdf
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Marc: |
LEADER 01164nam a2200289 a 4500 001 2164238 005 2024-05-13 008 2024 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aPARANATINGA, I. L. D. 245 $aModelagem da distribuição potencial de angelim pedra aplicada a conservação e uso dos recursos genéticos.$h[electronic resource] 260 $aIn: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM$c2024 520 $aO objetivo deste trabalho foi estimar a distribuição potencial atual e futura do angelim pedra na Amazônia brasileira para a conservação e uso sustentável de seus recursos genéticos. 650 $aAngelim Pedra 650 $aConservação 650 $aMudança Climática 650 $aRecurso Genético 653 $aDistribuição Potencial 653 $aHymenolobium excelsum 700 1 $aSOUZA, D. A. T. 700 1 $aSOUZA, S. F. de 700 1 $aTOKUSATO, T. T. 700 1 $aWREGE, M. S. 700 1 $aAGUIAR, A. V. de 700 1 $aLOPES, R. 700 1 $aFERREYRA RAMOS, S. L. 700 1 $aMENESES, C. H. S. G. 700 1 $aLOPES, M. T. G.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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