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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
21/10/2011 |
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Data da última atualização: |
21/10/2011 |
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Autoria: |
PENA, G. F.; CAIXETA, E. T.; FERREIRA, J. L.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S. |
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Afiliação: |
Guilherme Ferreira Pena, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; Juliano Lino Ferreira, Bolsista Embrapa Café/Universidade Federal de Viçosa; Eunize Maciel Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; Laércio Zambolim, Universidade Federal de Viçosa; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Universidade Federal de Viçosa. |
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Título: |
Identificação e caracterização de microssatélites provenientes de sequências expressas do projeto brasileiro de genoma café. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Dentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs. MenosDentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% do... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
EST-SSR; SSR. |
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Thesagro: |
Marcador Molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/44115/1/Identificacao-e-caracterizacao-de-microssatelites.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café$c2009
520 $aDentre os marcadores genéticos disponíveis, os microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats) têm sido os escolhidos para diferentes estudos genéticos por apresentarem características que agregam simplicidade técnica, grande poder de resolução e alto nível de polimorfismo. Com a disponibilidade das seqüências ESTs (Expressed Sequence Tags), geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café, surgiu a oportunidade de desenvolver esses marcadores, de forma direta e eficiente, por meio de análise eletrônica. Visando o desenvolvimento futuro de marcadores SSRs para café, nesse trabalho foram identificados e caracterizados microssatélites nas seqüências expressas do genoma do cafeeiro. A mineração dos dados foi realizada utilizando-se todas as combinações de di-, tri- e tetranucleotídeos formadores dos microssatélites, perfazendo um total de 46 combinações (quatro de dinucleotídeos, 10 de trinucleotídeos e 32 de tetranucleotídeos). Foram considerados os microssatélites perfeitos e com tamanho mínimo de 12 pares de bases. Do total de 130.792 ESTs proveniente de C. arabica foram identificadas 37.826 contendo microssatélites, que após a clusterização resultou em 24.031 EST-SSR. Dentre estas, 45,11% apresentaram tetranucleotídeos, 36,67% trinucleotídeos e 18,23% dinucleotídeos. As unidades repetitivas mais abundantes dentro de cada categoria de EST-SSR foram (AG)n encontrada em 57,08% das sequências contendo dinucleotídeos, (AGG)n com 30,79% dos trinucleotídeos e (AGGG)n com 33,24% dos tetranucleotídeos. A grande quantidade de SSRs identificada nas seqüências transcritas do genoma do cafeeiro demonstra que essas são fontes valiosas para o desenvolvimento dos marcadores moleculares EST-SSRs.
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700 1 $aZAMBOLIM, L.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
02/03/2016 |
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Data da última atualização: |
22/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
WATANABE, I. A. M.; SILVA, F. de C.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; SOUZA, T. L. P. O. de; CARVALHO, H. W. L. de; COSTA, A. F. da; MELO, C. L. de; ALMEIDA, V. M. de; AGUIAR, M. S. de; MAGALDI, M. C. de S.; PEREIRA, H. S. |
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Afiliação: |
IKIO ALINE MONTEIRO WATANABE, UFG; FERNANDA DE CÁSSIA SILVA, UFG; LEONARDO CUNHA MELO, CNPAF; LUIS CLAUDIO DE FARIA, CNPAF; THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; HELIO WILSON LEMOS DE CARVALHO, CPATC; ANTÔNIO FÉLIX DA COSTA, IPA; CARLOS LASARO PEREIRA DE MELO, CPAO; VÁLTER MARTINS DE ALMEIDA, EMPAER; MARCELO SFEIR DE AGUIAR, CNPAF; MARIANA CRUZICK DE S MAGALDI, CNPAF; HELTON SANTOS PEREIRA, CNPAF. |
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Título: |
Qualidade comercial dos grãos em linhagens de feijoeiro carioca com ciclo precoce. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 9., 2015, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2015. |
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Páginas: |
p. 74. |
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Série: |
(Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 309). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo desse trabalho foi identificar linhagens de feijoeiro tipo carioca de ciclo precoce, com alta estabilidade e adaptabilidade para produtividade de grãos, porcentagem de grãos com tamanho comercial (PGC) e massa de 100 grãos (M100). |
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Palavras-Chave: |
Ciclo precoce. |
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Thesagro: |
Comercialização; Feijão; Melhoramento vegetal; Phaseolus vulgaris; Qualidade. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/141521/1/CNPAF-2015-p74.pdf
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Marc: |
LEADER 01353nam a2200337 a 4500
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100 1 $aWATANABE, I. A. M.
245 $aQualidade comercial dos grãos em linhagens de feijoeiro carioca com ciclo precoce.$h[electronic resource]
260 $aIn: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 9., 2015, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão$c2015
300 $ap. 74.
490 $a(Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 309).
520 $aO objetivo desse trabalho foi identificar linhagens de feijoeiro tipo carioca de ciclo precoce, com alta estabilidade e adaptabilidade para produtividade de grãos, porcentagem de grãos com tamanho comercial (PGC) e massa de 100 grãos (M100).
650 $aComercialização
650 $aFeijão
650 $aMelhoramento vegetal
650 $aPhaseolus vulgaris
650 $aQualidade
653 $aCiclo precoce
700 1 $aSILVA, F. de C.
700 1 $aMELO, L. C.
700 1 $aFARIA, L. C. de
700 1 $aSOUZA, T. L. P. O. de
700 1 $aCARVALHO, H. W. L. de
700 1 $aCOSTA, A. F. da
700 1 $aMELO, C. L. de
700 1 $aALMEIDA, V. M. de
700 1 $aAGUIAR, M. S. de
700 1 $aMAGALDI, M. C. de S.
700 1 $aPEREIRA, H. S.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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