| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
21/11/2012 |
|
Data da última atualização: |
14/04/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
D'AFONSECA, V.; SOARES, S. C.; ALI, A.; SANTOS, A. R.; PINTO, A. C.; MAGALHÃES, A. A. C.; FARIA, C. de J.; BARBOSA, E.; GUIMARÃES, L. C.; ESLABÃO, M.; ALMEIDA, S. S.; ABREU, V. A. C.; ZERLOTINI, A.; CARNEIRO, A. R.; CERDEIRA, L. T.; RAMOS, R. T. J.; HIRATA JÚNIOR, R.; MATTOS-GUARALDI, A. L.; TROST, E.; TAUCH, A.; SILVA, A.; SCHNEIDER, M. P.; MIYOSHI, A.; AZEVEDO, V. |
|
Afiliação: |
VÍVIAN D’AFONSECA, UFMG; SIOMAR C. SOARES, UFMG; AMJAD ALI, UFMG; ANDERSON R. SANTOS, UFMG; ANNE C. PINTO, UFMG; ARYANE A. C. MAGALHÃES, UFMG; CÁSSIO DE JESUS FARIA, UFMG; EUDES BARBOSA, UFMG; LUIS C. GUIMARÃES, UFMG; MARCUS ESLABÃO, UFPel; SINTIA S. ALMEIDA, UFMG; VINICIUS A. C. ABREU, UFMG; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; ADRIANA R. CARNEIRO, UFPA; LOUISE T. CERDEIRA, UFPA; ROMMEL T. J. RAMOS, UFPA; RAPHAEL HIRATA JÚNIOR, UERJ; ANA L. MATTOS-GUARALDI, UERJ; EVA TROST, Bielefeld University; ANDREAS TAUCH, Bielefeld University; ARTUR SILVA, UFPA; MARIA P. SCHNEIDER, UFPA; ANDERSON MIYOSHI, UFMG; VASCO AZEVEDO, UFMG. |
|
Título: |
Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. |
|
Ano de publicação: |
2012 |
|
Fonte/Imprenta: |
Open Access Bioinformatics, v. 4, p. 1-13, 2012. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Background: The reannotation of genomes already on file is a new approach to discovering new genetic elements and to make the genomes more descriptive and current with relevant features regarding the organism?s lifestyle. Within this approach, the present study aimed to reannotate the genome of the Gram-positive human pathogen Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria. The deposit of massive amounts of information linked to other species of the genus Corynebacterium has facilitated the updating of the genomic interpretation of this microorganism. Additionally, the emergence of invasive disease by nontoxigenic strains of C. diphtheriae and the reemergence of diphtheria in partially immunized populations have given impetus to new studies in relation to its structural and functional genome. Results: In relation to structural genomics, 23 coding regions (coding sequences) were deleted and 71 new genes were added to the genome annotation. Nevertheless, all the pseudogenes were validated and ten new pseudogenes were created. In relation to functional genomics, about 57% of the genome annotation was updated and became functionally more informative. The product descriptions of 41% (973 proteins) were updated. Among them, 370 that were previously annotated as ?hypothetical proteins,? now have more informative descriptions. With the new annotation, the plasticity of the genome became evident, which shows improvements in the annotation of 13 pathogenicity islands already described in the literature. In addition, the large number of transposases and the presence of structural genes of bacteriophages make their genomic versatility evident. Contrasting with this reality, it also allowed the clarification of some aspects concerned with mechanisms used by C. diphtheriae to stop the invasion of the genome by bacteriophages, mediated by the clustered regularly interspaced short palindromic repeats region. Conclusion: The reannotation of the C. diphtheriae genome provided an improvement in annotation of the C. diphtheriae genome in several aspects, such as virulence characteristics and plasticity events. Moreover, the protocol used here can be extended to various other pathogens in order to improve the genomic information already on file in public databases and to minimize propagating errors. The reannotated archive and updated archive are available at: http://lgcm.icb.ufmg.br/pub/C_diphtheriae_reannotation.embl. MenosBackground: The reannotation of genomes already on file is a new approach to discovering new genetic elements and to make the genomes more descriptive and current with relevant features regarding the organism?s lifestyle. Within this approach, the present study aimed to reannotate the genome of the Gram-positive human pathogen Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria. The deposit of massive amounts of information linked to other species of the genus Corynebacterium has facilitated the updating of the genomic interpretation of this microorganism. Additionally, the emergence of invasive disease by nontoxigenic strains of C. diphtheriae and the reemergence of diphtheria in partially immunized populations have given impetus to new studies in relation to its structural and functional genome. Results: In relation to structural genomics, 23 coding regions (coding sequences) were deleted and 71 new genes were added to the genome annotation. Nevertheless, all the pseudogenes were validated and ten new pseudogenes were created. In relation to functional genomics, about 57% of the genome annotation was updated and became functionally more informative. The product descriptions of 41% (973 proteins) were updated. Among them, 370 that were previously annotated as ?hypothetical proteins,? now have more informative descriptions. With the new annotation, the plasticity of the genome became evident, which shows improvements in the annotation of 13 pathogenicity islands already des... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
|
Thesagro: |
Genoma; Patogenicidade. |
|
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Corynebacterium diphtheriae; Genome; Pathogenicity islands. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/70533/1/OAB-25500-re-annotation-of-the-corynebacterium-diphtheriae-nctc13129-g-022412.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03832naa a2200481 a 4500
001 1940203
005 2020-04-14
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aD'AFONSECA, V.
245 $aReannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria.$h[electronic resource]
260 $c2012
520 $aBackground: The reannotation of genomes already on file is a new approach to discovering new genetic elements and to make the genomes more descriptive and current with relevant features regarding the organism?s lifestyle. Within this approach, the present study aimed to reannotate the genome of the Gram-positive human pathogen Corynebacterium diphtheriae, which causes diphtheria. The deposit of massive amounts of information linked to other species of the genus Corynebacterium has facilitated the updating of the genomic interpretation of this microorganism. Additionally, the emergence of invasive disease by nontoxigenic strains of C. diphtheriae and the reemergence of diphtheria in partially immunized populations have given impetus to new studies in relation to its structural and functional genome. Results: In relation to structural genomics, 23 coding regions (coding sequences) were deleted and 71 new genes were added to the genome annotation. Nevertheless, all the pseudogenes were validated and ten new pseudogenes were created. In relation to functional genomics, about 57% of the genome annotation was updated and became functionally more informative. The product descriptions of 41% (973 proteins) were updated. Among them, 370 that were previously annotated as ?hypothetical proteins,? now have more informative descriptions. With the new annotation, the plasticity of the genome became evident, which shows improvements in the annotation of 13 pathogenicity islands already described in the literature. In addition, the large number of transposases and the presence of structural genes of bacteriophages make their genomic versatility evident. Contrasting with this reality, it also allowed the clarification of some aspects concerned with mechanisms used by C. diphtheriae to stop the invasion of the genome by bacteriophages, mediated by the clustered regularly interspaced short palindromic repeats region. Conclusion: The reannotation of the C. diphtheriae genome provided an improvement in annotation of the C. diphtheriae genome in several aspects, such as virulence characteristics and plasticity events. Moreover, the protocol used here can be extended to various other pathogens in order to improve the genomic information already on file in public databases and to minimize propagating errors. The reannotated archive and updated archive are available at: http://lgcm.icb.ufmg.br/pub/C_diphtheriae_reannotation.embl.
650 $aBioinformatics
650 $aCorynebacterium diphtheriae
650 $aGenome
650 $aPathogenicity islands
650 $aGenoma
650 $aPatogenicidade
653 $aBioinformática
700 1 $aSOARES, S. C.
700 1 $aALI, A.
700 1 $aSANTOS, A. R.
700 1 $aPINTO, A. C.
700 1 $aMAGALHÃES, A. A. C.
700 1 $aFARIA, C. de J.
700 1 $aBARBOSA, E.
700 1 $aGUIMARÃES, L. C.
700 1 $aESLABÃO, M.
700 1 $aALMEIDA, S. S.
700 1 $aABREU, V. A. C.
700 1 $aZERLOTINI, A.
700 1 $aCARNEIRO, A. R.
700 1 $aCERDEIRA, L. T.
700 1 $aRAMOS, R. T. J.
700 1 $aHIRATA JÚNIOR, R.
700 1 $aMATTOS-GUARALDI, A. L.
700 1 $aTROST, E.
700 1 $aTAUCH, A.
700 1 $aSILVA, A.
700 1 $aSCHNEIDER, M. P.
700 1 $aMIYOSHI, A.
700 1 $aAZEVEDO, V.
773 $tOpen Access Bioinformatics$gv. 4, p. 1-13, 2012.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 208 | |
| 202. |  | TONIETTO, J.; GUERRA, C. C.; MANDELLI, F.; SILVA, G. A. da; MELLO, L. M. R. de; ZANUS, M. C.; HOFF, R.; FLORES, C. A.; FALCADE, I.; HASENACK, H.; WEBER, E.; CALZA, A. A.; FAÉ, R. Monte Belo: características da identidade regional para uma indicação geográfica de vinhos. Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2008. 16 p. il., color. (Embrapa Uva e Vinho. Circular Técnica, 76). Disponível também no formato online.| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Uva e Vinho. |
|    |
| 203. | | LOPES, D. B.; OLIVEIRA, Y. M. M. de; SAMPAIO, M. J. A. M.; FOGACA, F. H. dos S.; MELLO, L. M. R. de; FREITAS, M. H. A. de; MELO, P. E. de; COSTA, J. R. da; COSTA, P. da; MOZZER, G. B.; DIAS, T. A. B.; COSTA, J. L. da S.; ARZABE, C.; SANTOS, A. C. C. dos; HAMMES, V. S.; PIEROZZI JUNIOR, I. Challenges and opportunities for Embrapa. In: HAMMES, V. S.; LOPES, D. B.; SANTOS, A. C. C. dos; COSTA, J. R. da; OLIVEIRA, Y. M. M. de (Ed.). Agricultural research and innovation in the 2030 Agenda: contributions of Embrapa and partners. Brasília, DF: Embrapa, 2021. Cap. 3. p. 45-55. (Sustainable development goals, 18).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Unidades Centrais; Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 204. | | LIMA, M. A. C. de; LEAO, P. C. de S.; RITSCHEL, P. S.; MAIA, J. D. G.; MELO, G. W. B. de; ZALAMENA, J.; SANTOS, H. P. dos; SILVA, L. C. DA; BARBOSA, M. A. G.; MELLO, L. M. R. de; GUERRA, C. C.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; OLIVEIRA, J. E. de M.; BOTTON, M. Grapes. In: MANDAL, D.; WERMUND, U.; PHAVAPHUTANON L.; CRONJE, R. Tropical and subtropical fruit Crops. Boca Raton: CRC Press, 2023. cap. 4, p. 201-350. (Innovations in Horticultural Sciences)| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido; Embrapa Uva e Vinho. |
|  |
| 205. | | LOPES, D. B.; OLIVEIRA, Y. M. M. de; SAMPAIO, M. J. A. M.; FOGACA, F. H. dos S.; MELLO, L. M. R. de; FREITAS, M. H. A. de; MELO, P. E. de; COSTA, J. R. da; COSTA, P. da; MOZZER, G. B.; DIAS, T. A. B.; COSTA, J. L. da S.; ARZABE, C.; SANTOS, A. C. C. dos; HAMMES, V. S.; PIEROZZI JUNIOR, I. Desafios e oportunidades para a Embrapa. In: HAMMES, V. S.; LOPES, D. B.; SANTOS, A. C. C. dos; COSTA, J. R. da; OLIVEIRA, Y. M. M. de (Ed.). Pesquisa e inovação agropecuária na agenda 2030: contribuições da Embrapa e parceiros. Brasília, DF: Embrapa, 2018. E-book. Cap. 3. 80-105 (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 18) Ação gerencial: ODS: Internalização dos Objetivos de Desenvolvimento Sustentável e definição de estratégias de ação.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Roraima; Embrapa Unidades Centrais; Embrapa Uva e Vinho. |
| |
| 206. | | HICKEL, E.; CALEGARIO, F. F.; MELO, G. W. B. de; KUNH, G. B.; NACHTIGAL, J. C.; MAIA, J. D. G.; PROTAS, J. F. da S.; MELLO, L. M. R. de; GARRIDO, L. da R.; CONCEIÇÃO, M. A. F.; BOTTON, M.; SÔNEGO, O. R.; NAVES, R. de L.; SORIA, S. de J.; FAJARDO, T. V. M.; CAMARDO, U. A. UVAS sem sementes: cultivares BRS Morena, BRS Clara e BRS Linda. Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, 2005. (Embrapa Uva e Vinho. Sistemas de Produção, 8).| Tipo: Sistema de Produção |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
|  |
| 207. | | ARZABE, C.; COSTA, J. R. da; LOPES, D. B.; NALERIO, E. S.; ANTUNES, E.; DINIZ, F. H.; FOGACA, F. H. dos S.; MOZZER, G. B.; ARAUJO, G. P. de; ALMEIDA, J. S. S. E.; NOGUEIRA, J. D.; MELLO, L. M. R. de; KIILL, L. H. P.; FREITAS, M. H. A. de; SAMPAIO, M. J. A. M.; SILVA, M. S. L. da; COSTA, P. da; MELO, P. E. de; GAMBETTA, R.; DIAS, T. A. B.; OLIVEIRA, Y. M. M. de; BUENO, Y. M.; HAMMES, V. S.; SANTOS, A. C. C. dos; PIEROZZI JUNIOR, I.; SILVA, A. C. da; ALARCAO, A. L. L.; REIS, A. E. G. dos; TORRES, D. A. P.; CONTINI, E.; PRADO, H. A. do; COSTA, J. L. da S.; DUARTE, J. A. M.; VILELA FILHO, O.; NASCIMENTO, P. P.; MENEZES, R. A. de L.; RAMOS, R. G. C.; BELTRAO, S. L. L.; ARAUJO, S. C. B. de; PEREIRA, V. da F. Contributions of Embrapa to the 5 Ps: people, prosperity, planet, partnership and peace. In: HAMMES, V. S.; LOPES, D. B.; SANTOS, A. C. C. dos; COSTA, J. R. da; OLIVEIRA, Y. M. M. de (Ed.). Agricultural research and innovation in the 2030 Agenda: contributions of Embrapa and partners. Brasília, DF: Embrapa, 2021. Cap. 2. p. 25-44. (Sustainable development goals, 18).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido; Embrapa Solos; Embrapa Unidades Centrais; Embrapa Uva e Vinho. MenosEmbrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido; Embrapa Solos... Mostrar Todas |
| |
| 208. | | ARZABE, C.; COSTA, J. R. da; LOPES, D. B.; NALERIO, E. S.; ANTUNES, E.; DINIZ, F. H.; FOGACA, F. H. dos S.; MOZZER, G. B.; ARAUJO, G. P. de; ALMEIDA, J. S. S. E.; NOGUEIRA, J. D.; MELLO, L. M. R. de; KIILL, L. H. P.; FREITAS, M. H. A. de; SAMPAIO, M. J. A. M.; SILVA, M. S. L. da; COSTA, P. da; MELO, P. E. de; GAMBETTA, R.; DIAS, T. A. B.; OLIVEIRA, Y. M. M. de; BUENO, Y. M.; HAMMES, V. S.; SANTOS, A. C. C. dos; PIEROZZI JUNIOR, I.; SILVA, A. C. da; ALARCAO, A. L. L.; REIS, A. E. G. dos; TORRES, D. A. P.; CONTINI, E.; PRADO, H. A. do; COSTA, J. L. da S.; DUARTE, J. A. M.; VILELA FILHO, O.; NASCIMENTO, P. P.; MENEZES, R. A. de L.; RAMOS, R. G. C.; BELTRAO, S. L. L.; ARAUJO, S. C. B. de; PEREIRA, V. da F. Contribuições da Embrapa para os 5 Ps: pessoas, prosperidade, planeta, parceria e paz. In: HAMMES, V. S.; LOPES, D. B.; SANTOS, A. C. C. dos; COSTA, J. R. da; OLIVEIRA, Y. M. M. de (Ed.). Pesquisa e inovação agropecuária na agenda 2030: contribuições da Embrapa e parceiros. Brasília, DF: Embrapa, 2018. E-book. Cap. 2. p. 40-79. (Objetivos de Desenvolvimento Sustentável, 18).| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroenergia; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Roraima; Embrapa Semiárido; Embrapa Solos; Embrapa Uva e Vinho. MenosEmbrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroenergia; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Roraima; Embrapa Semiárido... Mostrar Todas |
| |
| Registros recuperados : 208 | |
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
