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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
Data corrente: |
03/03/2017 |
Data da última atualização: |
04/10/2021 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
VALDISSER, P. A. M. R.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; MENEZES, I. P. P. de; MÜLLER, B. S. F.; PEREIRA, W. J.; NARCISO, M. G.; BRONDANI, C.; SOUZA, T. L. P. O.; BORBA, T. C. O.; VIANELLO, R. P. |
Afiliação: |
PAULA ARIELLE M RIBEIRO VALDISSER, CNPAF; GEORGIOS J. PAPPAS JUNIOR, UNB; IVANDILSON P. P. DE MENEZES, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Urutaí-GO; BARBARA S. F. MULLER, UNB; WENDELL J. PEREIRA, UFG; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF; CLAUDIO BRONDANI, CNPAF; THIAGO LIVIO PESSOA OLIV DE SOUZA, CNPAF; TEREZA CRISTINA DE OLIVEIRA BORBA, CNPAF; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF. |
Título: |
SNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016. |
ISSN: |
1617-4623 |
DOI: |
10.1007/s00438-016-1182-3 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Researchers have made great advances into the development and application of genomic approaches for common beans, creating opportunities to driving more real and applicable strategies for sustainable management of the genetic resource towards plant breeding. This work provides useful polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for high-throughput common bean genotyping developed by RAD (restriction site-associated DNA) sequencing. The RAD tags were generated from DNA pooled from 12 common bean genotypes, including breeding lines of different gene pools and market classes. The aligned sequences identified 23,748 putative RAD-SNPs, of which 3357 were adequate for genotyping; 1032 RADSNPs with the highest ADT (assay design tool) score are presented in this article. The RAD-SNPs were structurally annotated in different coding (47.00 %) and non-coding (53.00 %) sequence components of genes. A subset of 384 RAD-SNPs with broad genome distribution was used to genotype a diverse panel of 95 common bean germplasms and revealed a successful amplification rate of 96.6 %, showing 73 % of polymorphic SNPs within the Andean group and 83 % in the Mesoamerican group. A slightly increased He (0.161, n = 21) value was estimated for the Andean gene pool, compared to the Mesoamerican group (0.156, n = 74). For the linkage disequilibrium (LD) analysis, from a group of 580 SNPs (289 RAD-SNPs and 291 BARC-SNPs) genotyped for the same set of genotypes, 70.2 % were in LD, decreasing to 0.10 %in the Andean group and 0.77 % in the Mesoamerican group. Haplotype patterns spanning 310 Mb of the genome (60 %) were characterized in samples from different origins. However, the haplotype frameworks were under-represented for the Andean (7.85 %) and Mesoamerican (5.55 %) gene pools separately. In conclusion, RAD sequencing allowed the discovery of hundreds of useful SNPs for broad genetic analysis of common bean germplasm. From now, this approach provides an excellent panel of molecular tools for whole genome analysis, allowing integrating and better exploring the common bean breeding practices. MenosResearchers have made great advances into the development and application of genomic approaches for common beans, creating opportunities to driving more real and applicable strategies for sustainable management of the genetic resource towards plant breeding. This work provides useful polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for high-throughput common bean genotyping developed by RAD (restriction site-associated DNA) sequencing. The RAD tags were generated from DNA pooled from 12 common bean genotypes, including breeding lines of different gene pools and market classes. The aligned sequences identified 23,748 putative RAD-SNPs, of which 3357 were adequate for genotyping; 1032 RADSNPs with the highest ADT (assay design tool) score are presented in this article. The RAD-SNPs were structurally annotated in different coding (47.00 %) and non-coding (53.00 %) sequence components of genes. A subset of 384 RAD-SNPs with broad genome distribution was used to genotype a diverse panel of 95 common bean germplasms and revealed a successful amplification rate of 96.6 %, showing 73 % of polymorphic SNPs within the Andean group and 83 % in the Mesoamerican group. A slightly increased He (0.161, n = 21) value was estimated for the Andean gene pool, compared to the Mesoamerican group (0.156, n = 74). For the linkage disequilibrium (LD) analysis, from a group of 580 SNPs (289 RAD-SNPs and 291 BARC-SNPs) genotyped for the same set of genotypes, 70.2 % were in LD, decreasing to 0.10 %... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
DNA; Feijão; Phaseolus vulgaris. |
Thesaurus Nal: |
Beans; Fabaceae; Genetic variation; Haplotypes; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
Marc: |
LEADER 03207naa a2200361 a 4500 001 2066055 005 2021-10-04 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1617-4623 024 7 $a10.1007/s00438-016-1182-3$2DOI 100 1 $aVALDISSER, P. A. M. R. 245 $aSNP discovery in common bean by restriction-associated DNA (RAD) sequencing for genetic diversity and population structure analysis.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aResearchers have made great advances into the development and application of genomic approaches for common beans, creating opportunities to driving more real and applicable strategies for sustainable management of the genetic resource towards plant breeding. This work provides useful polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for high-throughput common bean genotyping developed by RAD (restriction site-associated DNA) sequencing. The RAD tags were generated from DNA pooled from 12 common bean genotypes, including breeding lines of different gene pools and market classes. The aligned sequences identified 23,748 putative RAD-SNPs, of which 3357 were adequate for genotyping; 1032 RADSNPs with the highest ADT (assay design tool) score are presented in this article. The RAD-SNPs were structurally annotated in different coding (47.00 %) and non-coding (53.00 %) sequence components of genes. A subset of 384 RAD-SNPs with broad genome distribution was used to genotype a diverse panel of 95 common bean germplasms and revealed a successful amplification rate of 96.6 %, showing 73 % of polymorphic SNPs within the Andean group and 83 % in the Mesoamerican group. A slightly increased He (0.161, n = 21) value was estimated for the Andean gene pool, compared to the Mesoamerican group (0.156, n = 74). For the linkage disequilibrium (LD) analysis, from a group of 580 SNPs (289 RAD-SNPs and 291 BARC-SNPs) genotyped for the same set of genotypes, 70.2 % were in LD, decreasing to 0.10 %in the Andean group and 0.77 % in the Mesoamerican group. Haplotype patterns spanning 310 Mb of the genome (60 %) were characterized in samples from different origins. However, the haplotype frameworks were under-represented for the Andean (7.85 %) and Mesoamerican (5.55 %) gene pools separately. In conclusion, RAD sequencing allowed the discovery of hundreds of useful SNPs for broad genetic analysis of common bean germplasm. From now, this approach provides an excellent panel of molecular tools for whole genome analysis, allowing integrating and better exploring the common bean breeding practices. 650 $aBeans 650 $aFabaceae 650 $aGenetic variation 650 $aHaplotypes 650 $aLinkage disequilibrium 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aDNA 650 $aFeijão 650 $aPhaseolus vulgaris 700 1 $aPAPPAS JUNIOR, G. J. 700 1 $aMENEZES, I. P. P. de 700 1 $aMÜLLER, B. S. F. 700 1 $aPEREIRA, W. J. 700 1 $aNARCISO, M. G. 700 1 $aBRONDANI, C. 700 1 $aSOUZA, T. L. P. O. 700 1 $aBORBA, T. C. O. 700 1 $aVIANELLO, R. P. 773 $tMolecular Genetics and Genomics$gv. 291, n. 3, p. 1277-1291, June 2016.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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![](/consulta/web/img/deny.png) | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agrobiologia. Para informações adicionais entre em contato com cnpab.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
Data corrente: |
20/04/1999 |
Data da última atualização: |
26/04/1999 |
Autoria: |
XAVIER, G. R.; MARTINS, L. M. V.; NEVES, M. C. P.; RUMJANEK, N. G. |
Título: |
Determinação parcial da taxonomia numerica relativa a resistencia intrinseca de antibioticos em rizobios isolados do nordeste brasileiro. |
Ano de publicação: |
1997 |
Fonte/Imprenta: |
Anais da Academia Brasileira de Ciencias, Rio de Janeiro, v. 69, n. 1, p.109-110, 1997. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Em estudos da populacao de especies de rizobio e frequentemente desejavel o uso de metodos de identificacao, que possibilitem a distincao rapida de estirpes, o que pode fornecer resultados que permitam o estudo de populacoes a nivel molecular e filogenetico. Resistencia a antibioticos e um fator que frequentemente esta correlacionado com a competitividade de uma estirpe, garantindo assim a capacidade de estabelecimento e sobrevivencia no solo. O estudo da resistencia intrinseca a antibioticos e um metodo rapido e facil, e neste estudo foi utilizado como parametro para o agrupamento da populacao de rizobio no solo capaz de nodular caupi presente na regiao do Nordeste brasileiro. O Meio Minimo de Beringer (BSM) com antibiotico (500 mg/ml) foi vertido em placa dePetri de modo a formar uma superficie inclinada. Em seguida uma quantidade semelhante de BSM foi vertida por cima da camada, garantido assim que se formasse ao longo do eixo de inclinacao um gradiente do antibiotico variando de 0 a 500 mg/ml. Os antibioticos estudados foram: Estreptomicina, Cloranfenicol, Tetraciclina, Espectinomicina e Acido nalidixico. Os isolados foram inicialmente crescidos em YMA (extrato de levedura/manitol) e riscados na placa ao longo do gradiente formado. A leitura foi realizada atraves da medicao do crescimento bacteriano. Posteriormente o agrupamento dos dados foi realizado por meio de taxonomia numerica. Estirpes apresentando similaridade maior que 85% quanto a resistencia a antibioticos foram agrupadas de acordo com analise de taxonomia numerica. Um dos grupos formados apresentou alta resistencia a Canamicina, o que nao e uma caracteristica comum para rizobios. Resistencia a cloranfenicol e acido nalidixico esta irregularmente distribuida, nao sendo uma caracteristica interessante para o agrupamento. Os isolados, que em sua maioria, nao resistiram a espectinomicina, formaram um outro grupo que apresentou sensibilidade aos antibioticos testados. Neste grupo foram encontrados 70% das bacterias do Sertao e 43% dos isolados na Zona da Mata. Por outro lado, 23% dods isolados de crescimento lento formaram um grupo caracteristico por alta resistencia aos antibioticos testados, exceto para canamicina. MenosEm estudos da populacao de especies de rizobio e frequentemente desejavel o uso de metodos de identificacao, que possibilitem a distincao rapida de estirpes, o que pode fornecer resultados que permitam o estudo de populacoes a nivel molecular e filogenetico. Resistencia a antibioticos e um fator que frequentemente esta correlacionado com a competitividade de uma estirpe, garantindo assim a capacidade de estabelecimento e sobrevivencia no solo. O estudo da resistencia intrinseca a antibioticos e um metodo rapido e facil, e neste estudo foi utilizado como parametro para o agrupamento da populacao de rizobio no solo capaz de nodular caupi presente na regiao do Nordeste brasileiro. O Meio Minimo de Beringer (BSM) com antibiotico (500 mg/ml) foi vertido em placa dePetri de modo a formar uma superficie inclinada. Em seguida uma quantidade semelhante de BSM foi vertida por cima da camada, garantido assim que se formasse ao longo do eixo de inclinacao um gradiente do antibiotico variando de 0 a 500 mg/ml. Os antibioticos estudados foram: Estreptomicina, Cloranfenicol, Tetraciclina, Espectinomicina e Acido nalidixico. Os isolados foram inicialmente crescidos em YMA (extrato de levedura/manitol) e riscados na placa ao longo do gradiente formado. A leitura foi realizada atraves da medicao do crescimento bacteriano. Posteriormente o agrupamento dos dados foi realizado por meio de taxonomia numerica. Estirpes apresentando similaridade maior que 85% quanto a resistencia a antibioticos for... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Bacterias; Brasil; Methods; RE sistance to chemicals. |
Thesagro: |
Antibiótico; Bactéria; Método; Resistência a Produtos Químicos; Rhizobium; Taxonomia. |
Thesaurus NAL: |
antibiotics; Brazil; taxonomy. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 03136naa a2200313 a 4500 001 1621079 005 1999-04-26 008 1997 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aXAVIER, G. R. 245 $aDeterminação parcial da taxonomia numerica relativa a resistencia intrinseca de antibioticos em rizobios isolados do nordeste brasileiro. 260 $c1997 520 $aEm estudos da populacao de especies de rizobio e frequentemente desejavel o uso de metodos de identificacao, que possibilitem a distincao rapida de estirpes, o que pode fornecer resultados que permitam o estudo de populacoes a nivel molecular e filogenetico. Resistencia a antibioticos e um fator que frequentemente esta correlacionado com a competitividade de uma estirpe, garantindo assim a capacidade de estabelecimento e sobrevivencia no solo. O estudo da resistencia intrinseca a antibioticos e um metodo rapido e facil, e neste estudo foi utilizado como parametro para o agrupamento da populacao de rizobio no solo capaz de nodular caupi presente na regiao do Nordeste brasileiro. O Meio Minimo de Beringer (BSM) com antibiotico (500 mg/ml) foi vertido em placa dePetri de modo a formar uma superficie inclinada. Em seguida uma quantidade semelhante de BSM foi vertida por cima da camada, garantido assim que se formasse ao longo do eixo de inclinacao um gradiente do antibiotico variando de 0 a 500 mg/ml. Os antibioticos estudados foram: Estreptomicina, Cloranfenicol, Tetraciclina, Espectinomicina e Acido nalidixico. Os isolados foram inicialmente crescidos em YMA (extrato de levedura/manitol) e riscados na placa ao longo do gradiente formado. A leitura foi realizada atraves da medicao do crescimento bacteriano. Posteriormente o agrupamento dos dados foi realizado por meio de taxonomia numerica. Estirpes apresentando similaridade maior que 85% quanto a resistencia a antibioticos foram agrupadas de acordo com analise de taxonomia numerica. Um dos grupos formados apresentou alta resistencia a Canamicina, o que nao e uma caracteristica comum para rizobios. Resistencia a cloranfenicol e acido nalidixico esta irregularmente distribuida, nao sendo uma caracteristica interessante para o agrupamento. Os isolados, que em sua maioria, nao resistiram a espectinomicina, formaram um outro grupo que apresentou sensibilidade aos antibioticos testados. Neste grupo foram encontrados 70% das bacterias do Sertao e 43% dos isolados na Zona da Mata. Por outro lado, 23% dods isolados de crescimento lento formaram um grupo caracteristico por alta resistencia aos antibioticos testados, exceto para canamicina. 650 $aantibiotics 650 $aBrazil 650 $ataxonomy 650 $aAntibiótico 650 $aBactéria 650 $aMétodo 650 $aResistência a Produtos Químicos 650 $aRhizobium 650 $aTaxonomia 653 $aBacterias 653 $aBrasil 653 $aMethods 653 $aRE sistance to chemicals 700 1 $aMARTINS, L. M. V. 700 1 $aNEVES, M. C. P. 700 1 $aRUMJANEK, N. G. 773 $tAnais da Academia Brasileira de Ciencias, Rio de Janeiro$gv. 69, n. 1, p.109-110, 1997.
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Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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